MODELLER 9.16, 2016/01/07, r10745 PROTEIN STRUCTURE MODELLING BY SATISFACTION OF SPATIAL RESTRAINTS Copyright(c) 1989-2016 Andrej Sali All Rights Reserved Written by A. Sali with help from B. Webb, M.S. Madhusudhan, M-Y. Shen, G.Q. Dong, M.A. Marti-Renom, N. Eswar, F. Alber, M. Topf, B. Oliva, A. Fiser, R. Sanchez, B. Yerkovich, A. Badretdinov, F. Melo, J.P. Overington, E. Feyfant University of California, San Francisco, USA Rockefeller University, New York, USA Harvard University, Cambridge, USA Imperial Cancer Research Fund, London, UK Birkbeck College, University of London, London, UK Kind, OS, HostName, Kernel, Processor: 4, Linux sunflower.rnet.missouri.edu 2.6.32-431.23.3.el6.x86_64 x86_64 Date and time of compilation : 2016/01/07 10:19:44 MODELLER executable type : i386-intel8 Job starting time (YY/MM/DD HH:MM:SS): 2016/04/05 22:42:17 openf___224_> Open $(LIB)/restyp.lib openf___224_> Open ${MODINSTALL9v16}/modlib/resgrp.lib rdresgr_266_> Number of residue groups: 2 openf___224_> Open ${MODINSTALL9v16}/modlib/sstruc.lib Dynamically allocated memory at amaxlibraries [B,KiB,MiB]: 191562 187.072 0.183 Dynamically allocated memory at amaxlibraries [B,KiB,MiB]: 192090 187.588 0.183 openf___224_> Open ${MODINSTALL9v16}/modlib/resdih.lib Dynamically allocated memory at amaxlibraries [B,KiB,MiB]: 240690 235.049 0.230 rdrdih__263_> Number of dihedral angle types : 9 Maximal number of dihedral angle optima: 3 Dihedral angle names : Alph Phi Psi Omeg chi1 chi2 chi3 chi4 chi5 openf___224_> Open ${MODINSTALL9v16}/modlib/radii.lib Dynamically allocated memory at amaxlibraries [B,KiB,MiB]: 253990 248.037 0.242 openf___224_> Open ${MODINSTALL9v16}/modlib/radii14.lib openf___224_> Open ${MODINSTALL9v16}/modlib/af_mnchdef.lib rdwilmo_274_> Mainchain residue conformation classes: APBLE openf___224_> Open ${MODINSTALL9v16}/modlib/mnch.lib rdclass_257_> Number of classes: 5 openf___224_> Open ${MODINSTALL9v16}/modlib/mnch1.lib openf___224_> Open ${MODINSTALL9v16}/modlib/mnch2.lib openf___224_> Open ${MODINSTALL9v16}/modlib/mnch3.lib openf___224_> Open ${MODINSTALL9v16}/modlib/xs4.mat rdrrwgh_268_> Number of residue types: 21 openf___224_> Open ../atom_files/pdb1is4.ent Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 265684 259.457 0.253 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 265760 259.531 0.253 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 265931 259.698 0.254 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 266781 260.528 0.254 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 268039 261.757 0.256 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 269943 263.616 0.257 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 269983 263.655 0.257 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 270073 263.743 0.258 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 272929 266.532 0.260 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 272989 266.591 0.260 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 273124 266.723 0.260 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 277408 270.906 0.265 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 277496 270.992 0.265 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 277694 271.186 0.265 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 284120 277.461 0.271 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 284252 277.590 0.271 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 284549 277.880 0.271 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 294171 287.276 0.281 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 294371 287.472 0.281 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 294821 287.911 0.281 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 309271 302.022 0.295 Dynamically allocated memory at amaxmodel [B,KiB,MiB]: 412263 402.601 0.393 read_mo_297_> Segments, residues, atoms: 1 134 1078 read_mo_298_> Segment: 1 2 A 135 A 1078 Dynamically allocated memory at amaxalignment [B,KiB,MiB]: 416120 406.367 0.397 Dynamically allocated memory at amaxstructure [B,KiB,MiB]: 494726 483.131 0.472 Uncompressing compressed file with system command: gzip -d -c ../atom_files/pdb1uld.ent.gz > /tmp/pdb1uld.ent.RFIIFY openf___224_> Open ../atom_files/pdb1uld.ent Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 505679 493.827 0.482 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 505755 493.901 0.482 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 505926 494.068 0.482 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 506776 494.898 0.483 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 508034 496.127 0.484 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 509938 497.986 0.486 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 512794 500.775 0.489 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 512834 500.814 0.489 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 512924 500.902 0.489 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 512984 500.961 0.489 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 513119 501.093 0.489 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 517403 505.276 0.493 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 517491 505.362 0.494 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 517689 505.556 0.494 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 524115 511.831 0.500 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 524247 511.960 0.500 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 524544 512.250 0.500 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 534166 521.646 0.509 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 534366 521.842 0.510 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 534816 522.281 0.510 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 549266 536.393 0.524 Dynamically allocated memory at amaxmodel [B,KiB,MiB]: 652258 636.971 0.622 read_mo_297_> Segments, residues, atoms: 1 150 1188 read_mo_298_> Segment: 1 1 D 150 D 1188 Dynamically allocated memory at amaxalignment [B,KiB,MiB]: 496704 485.062 0.474 Dynamically allocated memory at amaxstructure [B,KiB,MiB]: 584058 570.369 0.557 Uncompressing compressed file with system command: gzip -d -c ../atom_files/pdb1ulf.ent.gz > /tmp/pdb1ulf.ent.0ZNKFY openf___224_> Open ../atom_files/pdb1ulf.ent Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 595011 581.065 0.567 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 595087 581.140 0.568 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 595258 581.307 0.568 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 596108 582.137 0.568 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 597366 583.365 0.570 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 599270 585.225 0.572 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 602126 588.014 0.574 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 602166 588.053 0.574 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 602256 588.141 0.574 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 602316 588.199 0.574 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 602451 588.331 0.575 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 606735 592.515 0.579 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 606823 592.601 0.579 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 607021 592.794 0.579 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 613447 599.069 0.585 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 613579 599.198 0.585 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 613876 599.488 0.585 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 623498 608.885 0.595 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 623698 609.080 0.595 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 624148 609.520 0.595 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 638598 623.631 0.609 Dynamically allocated memory at amaxmodel [B,KiB,MiB]: 741590 724.209 0.707 read_mo_297_> Segments, residues, atoms: 1 150 1188 read_mo_298_> Segment: 1 1 B 150 B 1188 Dynamically allocated memory at amaxalignment [B,KiB,MiB]: 585572 571.848 0.558 Dynamically allocated memory at amaxstructure [B,KiB,MiB]: 672926 657.154 0.642 openf___224_> Open ../atom_files/pdb1ulg.ent Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 683879 667.851 0.652 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 683955 667.925 0.652 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 684126 668.092 0.652 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 684976 668.922 0.653 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 686234 670.150 0.654 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 688138 672.010 0.656 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 690994 674.799 0.659 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 691034 674.838 0.659 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 691124 674.926 0.659 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 691184 674.984 0.659 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 691319 675.116 0.659 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 695603 679.300 0.663 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 695691 679.386 0.663 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 695889 679.579 0.664 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 702315 685.854 0.670 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 702447 685.983 0.670 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 702744 686.273 0.670 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 712366 695.670 0.679 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 712566 695.865 0.680 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 713016 696.305 0.680 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 727466 710.416 0.694 Dynamically allocated memory at amaxmodel [B,KiB,MiB]: 830458 810.994 0.792 read_mo_297_> Segments, residues, atoms: 1 150 1188 read_mo_298_> Segment: 1 1 B 150 B 1188 Dynamically allocated memory at amaxalignment [B,KiB,MiB]: 674440 658.633 0.643 Dynamically allocated memory at amaxstructure [B,KiB,MiB]: 761794 743.939 0.727 openf___224_> Open ../atom_files/pdb1is5.ent Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 772747 754.636 0.737 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 772823 754.710 0.737 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 772994 754.877 0.737 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 773844 755.707 0.738 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 775102 756.936 0.739 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 777006 758.795 0.741 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 777046 758.834 0.741 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 777136 758.922 0.741 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 779992 761.711 0.744 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 780052 761.770 0.744 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 780187 761.901 0.744 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 784471 766.085 0.748 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 784559 766.171 0.748 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 784757 766.364 0.748 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 791183 772.640 0.755 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 791315 772.769 0.755 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 791612 773.059 0.755 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 801234 782.455 0.764 Dynamically allocated memory at amaxsequence [B,KiB,MiB]: 801434 782.650 0.764 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 801884 783.090 0.765 Dynamically allocated memory at amaxcoordinates [B,KiB,MiB]: 816334 797.201 0.779 Dynamically allocated memory at amaxmodel [B,KiB,MiB]: 919326 897.779 0.877 read_mo_297_> Segments, residues, atoms: 1 134 1078 read_mo_298_> Segment: 1 2 A 135 A 1078 Dynamically allocated memory at amaxalignment [B,KiB,MiB]: 763308 745.418 0.728 Dynamically allocated memory at amaxstructure [B,KiB,MiB]: 841914 822.182 0.803 ALIGN_CODES : 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A Atom type for alignment (FIT_ATOMS) : CA FIT : T IMPROVE_ALIGNMENT : T WATER_IO, HETATM_IO, HYDROGEN_IO : F F F NO_TER : F OUTPUT : ALIGNMENT QUALITY FIT_ON_FIRST : F WRITE_FIT : F FIT_PDBNAM : T WRITE_WHOLE_PDB : T CURRENT_DIRECTORY : T Feature weights (FEATURE_WEIGHTS) : 1.0000 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 0.0000 NORMALIZE_PP_SCORES : F Gap initiation penalty (GAP_PENALTIES[1]) : -450.0000 Gap extension penalty (GAP_PENALTIES[2]) : -50.0000 Break-break bonus : 10000.0000 Gap_function (align2d flag) : F 2-D Gap penalties : 3.50 3.50 3.50 0.20 4.00 6.50 2.00 0.00 GAP-GAP_SCORE : 0.0000 GAP-RESIDUE_SCORE : 0.0000 Perform gap-residue and gap-gap correction : T Residue type - residue type file (RR_FILE) : $(LIB)/as1.sim.mat OFF_DIAGONAL : 100 OVERHANG : 30 LOCAL_ALIGNMENT : F MATRIX_OFFSET : 0.0000 N_SUBOPT : 0 SUBOPT_OFFSET : 0.0000 Gap introduction penalty (GAP_PENALTIES_3D_1) : 0.0000 Gap extension penalty (GAP_PENALTIES_3D_2) : 3.0000 Max dist for equiv (2 * GAP_PENALTIES_3D_2) : 6.0000 ALIGN3D_TRF : F RMS_CUTOFF : 3.5 salign__276_> 'align_block' changed to 1. openf___224_> Open $(LIB)/as1.sim.mat rdrrwgh_268_> Number of residue types: 20 SALIGN______> Matrix of pairwise protein distances for the initial tree: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0.000 0.478 0.478 0.478 0.066 1uldD 0.478 0.000 0.072 0.073 0.478 1ulfB 0.478 0.072 0.000 0.072 0.478 1ulgB 0.478 0.073 0.072 0.000 0.478 1is5A 0.066 0.478 0.478 0.478 0.000 SALIGN____> Matrix of pairwise equivalences: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 46 44 49 134 1uldD 0 0 150 150 46 1ulfB 0 0 0 150 44 1ulgB 0 0 0 0 49 1is5A 0 0 0 0 0 openf___224_> Open 1is3A.tree .--- 1is4A 0.0661 | .---------------------------------------------------------- 1is5A 0.4781 | | .---- 1uldD 0.0722 | | | .---- 1ulfB 0.0728 | | .------------------------------------------------------------ 1ulgB +----+----+----+----+----+----+----+----+----+----+----+----+ 0.4945 0.4204 0.3462 0.2721 0.1979 0.1237 0.0496 0.4575 0.3833 0.3091 0.2350 0.1608 0.0867 SALIGN_____> adding the next group to the alignment; iteration 1 Current alignment total score: 8.851 pos_scr ... position-position dissimilarity from the dynamic programming matrix avr_avr ... distance between the two averages avr_dst ... for all aligned structures, average distance to the average structure std_dev ... for all aligned structures, standard deviation of distance to ave str group: 1 2 N pos_scr avr_ave avr_dst std_dev 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A ------------------------------------------------------------------------------ 1 0.08 0.43 0.21 0.00 * D 2 A D 2 A 2 0.08 0.33 0.17 0.00 * R 3 A R 3 A 3 0.08 0.11 0.05 0.00 * A 4 A A 4 A 4 0.08 0.07 0.03 0.00 * E 5 A E 5 A 5 0.06 0.06 0.03 0.00 * V 6 A V 6 A 6 0.07 0.06 0.03 0.00 * R 7 A R 7 A 7 0.10 0.07 0.04 0.00 * N 8 A N 8 A 8 0.07 0.05 0.03 0.00 * I 9 A I 9 A 9 0.04 0.07 0.04 0.00 * P 10 A P 10 A 10 0.05 0.04 0.02 0.00 * F 11 A F 11 A 11 0.08 0.03 0.02 0.00 * K 12 A K 12 A 12 0.06 0.08 0.04 0.00 * L 13 A L 13 A 13 0.03 0.21 0.11 0.00 * G 14 A G 14 A 14 0.11 0.10 0.05 0.00 * M 15 A M 15 A 15 0.05 0.10 0.05 0.00 * Y 16 A Y 16 A 16 0.05 0.06 0.03 0.00 * L 17 A L 17 A 17 0.07 0.09 0.04 0.00 * T 18 A T 18 A 18 0.06 0.06 0.03 0.00 * V 19 A V 19 A 19 0.02 0.06 0.03 0.00 * G 20 A G 20 A 20 0.03 0.04 0.02 0.00 * G 21 A G 21 A 21 0.06 0.09 0.05 0.00 * V 22 A V 22 A 22 0.06 0.07 0.03 0.00 * V 23 A V 23 A 23 0.10 0.08 0.04 0.00 * N 24 A N 24 A 24 0.06 0.16 0.08 0.00 * S 25 A S 25 A 25 0.10 0.07 0.03 0.00 * N 26 A N 26 A 26 0.07 0.04 0.02 0.00 * A 27 A A 27 A 27 0.07 0.10 0.05 0.00 * T 28 A T 28 A 28 0.07 0.09 0.04 0.00 * R 29 A R 29 A 29 0.05 0.03 0.02 0.00 * F 30 A F 30 A 30 0.06 0.05 0.02 0.00 * S 31 A S 31 A 31 0.07 0.07 0.03 0.00 * I 32 A I 32 A 32 0.10 0.09 0.04 0.00 * N 33 A N 33 A 33 0.07 0.05 0.03 0.00 * V 34 A V 34 A 34 0.03 0.16 0.08 0.00 * G 35 A G 35 A 35 0.08 0.24 0.12 0.00 * E 36 A E 36 A 36 0.07 0.22 0.11 0.00 * S 37 A S 37 A 37 0.07 0.20 0.10 0.00 * T 38 A T 38 A 38 0.06 0.09 0.05 0.00 * D 39 A D 39 A 39 0.06 0.04 0.02 0.00 * S 40 A S 40 A 40 0.07 0.03 0.01 0.00 * I 41 A I 41 A 41 0.08 0.11 0.06 0.00 * A 42 A A 42 A 42 0.12 0.10 0.05 0.00 * M 43 A M 43 A 43 0.08 0.16 0.08 0.00 * H 44 A H 44 A 44 0.11 0.09 0.05 0.00 * M 45 A M 45 A 45 0.07 0.04 0.02 0.00 * D 46 A D 46 A 46 0.07 0.02 0.01 0.00 * H 47 A H 47 A 47 0.07 0.12 0.06 0.00 * R 48 A R 48 A 48 0.06 0.12 0.06 0.00 * F 49 A F 49 A 49 0.06 0.10 0.05 0.00 * S 50 A S 50 A 50 0.05 0.05 0.03 0.00 * Y 51 A Y 51 A 51 0.03 0.09 0.04 0.00 * G 52 A G 52 A 52 0.07 0.15 0.07 0.00 * A 53 A A 53 A 53 0.06 0.13 0.06 0.00 * D 54 A D 54 A 54 0.07 0.07 0.03 0.00 * Q 55 A Q 55 A 55 0.10 0.07 0.04 0.00 * N 56 A N 56 A 56 0.06 0.12 0.06 0.00 * V 57 A V 57 A 57 0.05 0.15 0.08 0.00 * L 58 A L 58 A 58 0.06 0.13 0.06 0.00 * V 59 A V 59 A 59 0.05 0.06 0.03 0.00 * L 60 A L 60 A 60 0.09 0.10 0.05 0.00 * N 61 A N 61 A 61 0.07 0.12 0.06 0.00 * S 62 A S 62 A 62 0.06 0.17 0.08 0.00 * L 63 A L 63 A 63 0.07 0.11 0.06 0.00 * V 64 A V 64 A 64 0.07 0.16 0.08 0.00 * H 65 A H 65 A 65 0.10 0.14 0.07 0.00 * N 66 A N 66 A 66 0.06 0.08 0.04 0.00 * V 67 A V 67 A 67 0.02 0.12 0.06 0.00 * G 68 A G 68 A 68 0.03 0.16 0.08 0.00 * W 69 A W 69 A 69 0.07 0.23 0.12 0.00 * Q 70 A Q 70 A 70 0.07 0.40 0.20 0.00 * Q 71 A Q 71 A 71 0.07 0.29 0.15 0.00 * E 72 A E 72 A 72 0.08 0.06 0.03 0.00 * E 73 A E 73 A 73 0.07 0.07 0.04 0.00 * R 74 A R 74 A 74 0.07 0.09 0.04 0.00 * S 75 A S 75 A 75 0.08 0.25 0.12 0.00 * K 76 A K 76 A 76 0.08 0.10 0.05 0.00 * K 77 A K 77 A 77 0.06 0.08 0.04 0.00 * F 78 A F 78 A 78 0.04 0.10 0.05 0.00 * P 79 A P 79 A 79 0.05 0.10 0.05 0.00 * F 80 A F 80 A 80 0.07 0.13 0.07 0.00 * T 81 A T 81 A 81 0.08 0.10 0.05 0.00 * K 82 A K 82 A 82 0.03 0.14 0.07 0.00 * G 83 A G 83 A 83 0.06 0.09 0.05 0.00 * D 84 A D 84 A 84 0.07 0.04 0.02 0.00 * H 85 A H 85 A 85 0.06 0.13 0.07 0.00 * F 86 A F 86 A 86 0.07 0.15 0.07 0.00 * Q 87 A Q 87 A 87 0.07 0.04 0.02 0.00 * T 88 A T 88 A 88 0.07 0.17 0.09 0.00 * T 89 A T 89 A 89 0.07 0.12 0.06 0.00 * I 90 A I 90 A 90 0.07 0.21 0.11 0.00 * T 91 A T 91 A 91 0.05 0.09 0.04 0.00 * F 92 A F 92 A 92 0.06 0.06 0.03 0.00 * D 93 A D 93 A 93 0.07 0.04 0.02 0.00 * T 94 A T 94 A 94 0.07 0.04 0.02 0.00 * H 95 A H 95 A 95 0.07 0.12 0.06 0.00 * T 96 A T 96 A 96 0.05 0.06 0.03 0.00 * F 97 A F 97 A 97 0.04 0.04 0.02 0.00 * Y 98 A Y 98 A 98 0.07 0.04 0.02 0.00 * I 99 A I 99 A 99 0.07 0.12 0.06 0.00 * Q 100 A Q 100 A 100 0.05 0.14 0.07 0.00 * L 101 A L 101 A 101 0.06 0.20 0.10 0.00 * S 102 A S 102 A 102 0.10 0.14 0.07 0.00 * N 103 A N 103 A 103 0.03 0.16 0.08 0.00 * G 104 A G 104 A 104 0.08 0.13 0.07 0.00 * E 105 A E 105 A 105 0.07 0.18 0.09 0.00 * T 106 A T 106 A 106 0.06 0.15 0.07 0.00 * V 107 A V 107 A 107 0.08 0.04 0.02 0.00 * E 108 A E 108 A 108 0.06 0.10 0.05 0.00 * F 109 A F 109 A 109 0.04 0.10 0.05 0.00 * P 110 A P 110 A 110 0.09 0.08 0.04 0.00 * N 111 A N 111 A 111 0.07 0.22 0.11 0.00 * R 112 A R 112 A 112 0.10 0.14 0.07 0.00 * N 113 A N 113 A 113 0.08 0.15 0.08 0.00 * K 114 A K 114 A 114 0.06 0.16 0.08 0.00 * D 115 A D 115 A 115 0.08 0.19 0.09 0.00 * A 116 A A 116 A 116 0.08 0.12 0.06 0.00 * A 117 A A 117 A 117 0.06 0.06 0.03 0.00 * F 118 A F 118 A 118 0.10 0.06 0.03 0.00 * N 119 A N 119 A 119 0.05 0.06 0.03 0.00 * L 120 A L 120 A 120 0.07 0.08 0.04 0.00 * I 121 A I 121 A 121 0.04 0.04 0.02 0.00 * Y 122 A Y 122 A 122 0.05 0.12 0.06 0.00 * L 123 A L 123 A 123 0.07 0.11 0.05 0.00 * A 124 A A 124 A 124 0.02 0.05 0.03 0.00 * G 125 A G 125 A 125 0.06 0.09 0.05 0.00 * D 126 A D 126 A 126 0.07 0.11 0.06 0.00 * A 127 A A 127 A 127 0.07 0.02 0.01 0.00 * R 128 A R 128 A 128 0.05 0.06 0.03 0.00 * L 129 A L 129 A 129 0.07 0.01 0.01 0.00 * T 130 A T 130 A 130 0.06 0.06 0.03 0.00 * F 131 A F 131 A 131 0.06 0.07 0.03 0.00 * V 132 A V 132 A 132 0.07 0.04 0.02 0.00 * R 133 A R 133 A 133 0.05 0.09 0.04 0.00 * L 134 A L 134 A 134 0.08 0.12 0.06 0.00 * E 135 A E 135 A ------------------------------------------------------------------------------ SALIGN_____> adding the next group to the alignment; iteration 2 Current alignment total score: 10.84 pos_scr ... position-position dissimilarity from the dynamic programming matrix avr_avr ... distance between the two averages avr_dst ... for all aligned structures, average distance to the average structure std_dev ... for all aligned structures, standard deviation of distance to ave str group: 1 2 N pos_scr avr_ave avr_dst std_dev 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A ------------------------------------------------------------------------------ 1 0.11 0.24 0.12 0.00 * M 1 D M 1 B 2 0.05 0.20 0.10 0.00 * L 2 D L 2 B 3 0.05 0.15 0.08 0.00 * Y 3 D Y 3 B 4 0.07 0.13 0.06 0.00 * H 4 D H 4 B 5 0.05 0.13 0.07 0.00 * L 5 D L 5 B 6 0.06 0.13 0.06 0.00 * F 6 D F 6 B 7 0.07 0.17 0.08 0.00 * V 7 D V 7 B 8 0.10 0.17 0.09 0.00 * N 8 D N 8 B 9 0.10 0.20 0.10 0.00 * N 9 D N 9 B 10 0.07 0.10 0.05 0.00 * Q 10 D Q 10 B 11 0.06 0.15 0.07 0.00 * V 11 D V 11 B 12 0.08 0.16 0.08 0.00 * K 12 D K 12 B 13 0.06 0.16 0.08 0.00 * L 13 D L 13 B 14 0.08 0.19 0.09 0.00 * Q 14 D Q 14 B 15 0.11 0.23 0.11 0.00 * N 15 D N 15 B 16 0.07 0.03 0.02 0.00 * D 16 D D 16 B 17 0.06 0.12 0.06 0.00 * F 17 D F 17 B 18 0.08 0.24 0.12 0.00 * K 18 D K 18 B 19 0.04 0.21 0.11 0.00 * P 19 D P 19 B 20 0.08 0.23 0.12 0.00 * E 20 D E 20 B 21 0.07 0.12 0.06 0.00 * S 21 D S 21 B 22 0.07 0.11 0.06 0.00 * V 22 D V 22 B 23 0.08 0.09 0.04 0.00 * A 23 D A 23 B 24 0.08 0.08 0.04 0.00 * A 24 D A 24 B 25 0.07 0.16 0.08 0.00 * I 25 D I 25 B 26 0.07 0.12 0.06 0.00 * R 26 D R 26 B 27 0.06 0.24 0.12 0.00 * S 27 D S 27 B 28 0.07 0.27 0.13 0.00 * S 28 D S 28 B 29 0.09 0.33 0.16 0.00 * A 29 D A 29 B 30 0.09 0.46 0.23 0.00 * F 30 D F 30 B 31 0.15 0.35 0.18 0.00 * N 31 D N 31 B 32 0.09 0.53 0.26 0.00 * S 32 D S 32 B 33 0.10 0.49 0.25 0.00 * K 33 D K 33 B 34 0.04 0.15 0.07 0.00 * G 34 D G 34 B 35 0.04 0.08 0.04 0.00 * G 35 D G 35 B 36 0.08 0.04 0.02 0.00 * T 36 D T 36 B 37 0.07 0.15 0.07 0.00 * T 37 D T 37 B 38 0.07 0.22 0.11 0.00 * V 38 D V 38 B 39 0.06 0.13 0.06 0.00 * F 39 D F 39 B 40 0.10 0.21 0.10 0.00 * N 40 D N 40 B 41 0.05 0.09 0.04 0.00 * F 41 D F 41 B 42 0.05 0.11 0.06 0.00 * L 42 D L 42 B 43 0.06 0.19 0.09 0.00 * S 43 D S 43 B 44 0.08 0.22 0.11 0.00 * A 44 D A 44 B 45 0.03 0.46 0.23 0.00 * G 45 D G 45 B 46 0.08 0.30 0.15 0.00 * E 46 D E 46 B 47 0.10 0.18 0.09 0.00 * N 47 D N 47 B 48 0.07 0.05 0.03 0.00 * I 48 D I 48 B 49 0.05 0.09 0.04 0.00 * L 49 D L 49 B 50 0.05 0.13 0.06 0.00 * L 50 D L 50 B 51 0.07 0.05 0.03 0.00 * H 51 D H 51 B 52 0.08 0.08 0.04 0.00 * I 52 D I 52 B 53 0.07 0.11 0.06 0.00 * S 53 D S 53 B 54 0.08 0.20 0.10 0.00 * I 54 D I 54 B 55 0.07 0.25 0.12 0.00 * R 55 D R 55 B 56 0.05 0.40 0.20 0.00 * P 56 D P 56 B 57 0.04 0.55 0.27 0.00 * G 57 D G 57 B 58 0.09 0.57 0.29 0.00 * E 58 D E 58 B 59 0.11 0.41 0.20 0.00 * N 59 D N 59 B 60 0.07 0.19 0.09 0.00 * V 60 D V 60 B 61 0.08 0.13 0.07 0.00 * I 61 D I 61 B 62 0.07 0.10 0.05 0.00 * V 62 D V 62 B 63 0.06 0.17 0.09 0.00 * F 63 D F 63 B 64 0.11 0.12 0.06 0.00 * N 64 D N 64 B 65 0.07 0.21 0.11 0.00 * S 65 D S 65 B 66 0.08 0.46 0.23 0.00 * R 66 D R 66 B 67 0.09 0.12 0.06 0.00 * L 67 D L 67 B 68 0.10 0.37 0.18 0.00 * K 68 D K 68 B 69 0.12 1.64 0.82 0.00 * N 69 D N 69 B 70 0.06 0.33 0.16 0.00 * G 70 D G 70 B 71 0.11 0.76 0.38 0.00 * A 71 D A 71 B 72 0.04 0.53 0.26 0.00 * W 72 D W 72 B 73 0.02 0.55 0.28 0.00 * G 73 D G 73 B 74 0.04 0.38 0.19 0.00 * P 74 D P 74 B 75 0.08 0.25 0.12 0.00 * E 75 D E 75 B 76 0.08 0.28 0.14 0.00 * E 76 D E 76 B 77 0.07 0.42 0.21 0.00 * R 77 D R 77 B 78 0.07 0.36 0.18 0.00 * I 78 D I 78 B 79 0.04 0.23 0.11 0.00 * P 79 D P 79 B 80 0.06 0.18 0.09 0.00 * Y 80 D Y 80 B 81 0.09 0.27 0.13 0.00 * A 81 D A 81 B 82 0.09 0.39 0.19 0.00 * E 82 D E 82 B 83 0.09 0.22 0.11 0.00 * K 83 D K 83 B 84 0.05 0.08 0.04 0.00 * F 84 D F 84 B 85 0.07 0.13 0.06 0.00 * R 85 D R 85 B 86 0.05 0.21 0.11 0.00 * P 86 D P 86 B 87 0.04 0.14 0.07 0.00 * P 87 D P 87 B 88 0.10 0.26 0.13 0.00 * N 88 D N 88 B 89 0.04 0.20 0.10 0.00 * P 89 D P 89 B 90 0.06 0.14 0.07 0.00 * S 90 D S 90 B 91 0.07 0.16 0.08 0.00 * I 91 D I 91 B 92 0.07 0.14 0.07 0.00 * T 92 D T 92 B 93 0.07 0.04 0.02 0.00 * V 93 D V 93 B 94 0.08 0.14 0.07 0.00 * I 94 D I 94 B 95 0.08 0.16 0.08 0.00 * D 95 D D 95 B 96 0.08 0.21 0.11 0.00 * H 96 D H 96 B 97 0.03 0.31 0.15 0.00 * G 97 D G 97 B 98 0.07 0.31 0.16 0.00 * D 98 D D 98 B 99 0.08 0.23 0.12 0.00 * R 99 D R 99 B 100 0.06 0.20 0.10 0.00 * F 100 D F 100 B 101 0.08 0.13 0.07 0.00 * Q 101 D Q 101 B 102 0.08 0.08 0.04 0.00 * I 102 D I 102 B 103 0.08 0.27 0.14 0.00 * R 103 D R 103 B 104 0.07 0.13 0.06 0.00 * F 104 D F 104 B 105 0.07 0.11 0.06 0.00 * D 105 D D 105 B 106 0.05 0.36 0.18 0.00 * Y 106 D Y 106 B 107 0.04 0.21 0.10 0.00 * G 107 D G 107 B 108 0.09 0.23 0.11 0.00 * T 108 D T 108 B 109 0.08 0.17 0.09 0.00 * S 109 D S 109 B 110 0.08 0.20 0.10 0.00 * I 110 D I 110 B 111 0.05 0.21 0.11 0.00 * Y 111 D Y 111 B 112 0.05 0.13 0.07 0.00 * Y 112 D Y 112 B 113 0.10 0.15 0.08 0.00 * N 113 D N 113 B 114 0.10 0.14 0.07 0.00 * K 114 D K 114 B 115 0.12 0.39 0.20 0.00 * R 115 D R 115 B 116 0.11 0.46 0.23 0.00 * I 116 D I 116 B 117 0.09 0.91 0.45 0.00 * K 117 D K 117 B 118 0.08 0.51 0.26 0.00 * E 118 D E 118 B 119 0.10 0.23 0.11 0.00 * N 119 D N 119 B 120 0.08 0.23 0.12 0.00 * A 120 D A 120 B 121 0.08 0.06 0.03 0.00 * A 121 D A 121 B 122 0.08 0.12 0.06 0.00 * A 122 D A 122 B 123 0.08 0.09 0.04 0.00 * I 123 D I 123 B 124 0.08 0.20 0.10 0.00 * A 124 D A 124 B 125 0.05 0.19 0.09 0.00 * Y 125 D Y 125 B 126 0.11 0.26 0.13 0.00 * N 126 D N 126 B 127 0.08 0.32 0.16 0.00 * A 127 D A 127 B 128 0.08 0.18 0.09 0.00 * E 128 D E 128 B 129 0.10 0.10 0.05 0.00 * N 129 D N 129 B 130 0.07 0.18 0.09 0.00 * S 130 D S 130 B 131 0.06 0.33 0.16 0.00 * L 131 D L 131 B 132 0.06 0.32 0.16 0.00 * F 132 D F 132 B 133 0.06 0.36 0.18 0.00 * S 133 D S 133 B 134 0.07 0.25 0.13 0.00 * S 134 D S 134 B 135 0.05 0.13 0.07 0.00 * P 135 D P 135 B 136 0.07 0.14 0.07 0.00 * V 136 D V 136 B 137 0.07 0.11 0.05 0.00 * T 137 D T 137 B 138 0.08 0.16 0.08 0.00 * V 138 D V 138 B 139 0.07 0.19 0.10 0.00 * D 139 D D 139 B 140 0.07 0.21 0.10 0.00 * V 140 D V 140 B 141 0.07 0.18 0.09 0.00 * H 141 D H 141 B 142 0.03 0.16 0.08 0.00 * G 142 D G 142 B 143 0.06 0.08 0.04 0.00 * L 143 D L 143 B 144 0.07 0.24 0.12 0.00 * L 144 D L 144 B 145 0.05 0.25 0.13 0.00 * P 145 D P 145 B 146 0.05 0.43 0.21 0.00 * P 146 D P 146 B 147 0.06 0.38 0.19 0.00 * L 147 D L 147 B 148 0.05 0.52 0.26 0.00 * P 148 D P 148 B 149 0.05 0.62 0.31 0.00 * P 149 D P 149 B 150 0.08 0.62 0.31 0.00 * A 150 D A 150 B ------------------------------------------------------------------------------ SALIGN_____> adding the next group to the alignment; iteration 3 Current alignment total score: 10.92 pos_scr ... position-position dissimilarity from the dynamic programming matrix avr_avr ... distance between the two averages avr_dst ... for all aligned structures, average distance to the average structure std_dev ... for all aligned structures, standard deviation of distance to ave str group: 1 1 2 N pos_scr avr_ave avr_dst std_dev 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A ------------------------------------------------------------------------------ 1 0.11 0.17 0.12 0.04 * M 1 D M 1 B M 1 B 2 0.05 0.21 0.12 0.04 * L 2 D L 2 B L 2 B 3 0.05 0.15 0.08 0.04 * Y 3 D Y 3 B Y 3 B 4 0.07 0.24 0.11 0.05 * H 4 D H 4 B H 4 B 5 0.05 0.20 0.10 0.04 * L 5 D L 5 B L 5 B 6 0.05 0.22 0.11 0.05 * F 6 D F 6 B F 6 B 7 0.07 0.31 0.14 0.08 * V 7 D V 7 B V 7 B 8 0.10 0.29 0.15 0.04 * N 8 D N 8 B N 8 B 9 0.10 0.19 0.12 0.00 * N 9 D N 9 B N 9 B 10 0.07 0.18 0.08 0.04 * Q 10 D Q 10 B Q 10 B 11 0.06 0.12 0.08 0.02 * V 11 D V 11 B V 11 B 12 0.08 0.21 0.12 0.02 * K 12 D K 12 B K 12 B 13 0.06 0.24 0.13 0.03 * L 13 D L 13 B L 13 B 14 0.08 0.27 0.14 0.04 * Q 14 D Q 14 B Q 14 B 15 0.11 0.29 0.15 0.06 * N 15 D N 15 B N 15 B 16 0.07 0.21 0.10 0.03 * D 16 D D 16 B D 16 B 17 0.06 0.09 0.06 0.01 * F 17 D F 17 B F 17 B 18 0.09 0.08 0.10 0.04 * K 18 D K 18 B K 18 B 19 0.05 0.13 0.10 0.03 * P 19 D P 19 B P 19 B 20 0.08 0.09 0.10 0.03 * E 20 D E 20 B E 20 B 21 0.07 0.03 0.05 0.02 * S 21 D S 21 B S 21 B 22 0.07 0.12 0.07 0.00 * V 22 D V 22 B V 22 B 23 0.08 0.18 0.09 0.03 * A 23 D A 23 B A 23 B 24 0.08 0.13 0.07 0.02 * A 24 D A 24 B A 24 B 25 0.07 0.11 0.08 0.03 * I 25 D I 25 B I 25 B 26 0.08 0.16 0.09 0.02 * R 26 D R 26 B R 26 B 27 0.08 0.12 0.11 0.03 * S 27 D S 27 B S 27 B 28 0.08 0.26 0.16 0.04 * S 28 D S 28 B S 28 B 29 0.09 0.39 0.23 0.03 * A 29 D A 29 B A 29 B 30 0.07 0.32 0.24 0.05 * F 30 D F 30 B F 30 B 31 0.12 0.50 0.27 0.04 * N 31 D N 31 B N 31 B 32 0.08 0.45 0.30 0.06 * S 32 D S 32 B S 32 B 33 0.10 0.63 0.33 0.13 * K 33 D K 33 B K 33 B 34 0.04 0.48 0.22 0.07 * G 34 D G 34 B G 34 B 35 0.05 0.37 0.17 0.06 * G 35 D G 35 B G 35 B 36 0.08 0.28 0.13 0.04 * T 36 D T 36 B T 36 B 37 0.07 0.12 0.08 0.02 * T 37 D T 37 B T 37 B 38 0.06 0.08 0.09 0.03 * V 38 D V 38 B V 38 B 39 0.05 0.12 0.07 0.02 * F 39 D F 39 B F 39 B 40 0.10 0.18 0.11 0.04 * N 40 D N 40 B N 40 B 41 0.05 0.14 0.07 0.02 * F 41 D F 41 B F 41 B 42 0.05 0.17 0.09 0.02 * L 42 D L 42 B L 42 B 43 0.07 0.07 0.08 0.02 * S 43 D S 43 B S 43 B 44 0.08 0.08 0.09 0.03 * A 44 D A 44 B A 44 B 45 0.03 0.09 0.17 0.08 * G 45 D G 45 B G 45 B 46 0.09 0.28 0.18 0.01 * E 46 D E 46 B E 46 B 47 0.11 0.35 0.17 0.07 * N 47 D N 47 B N 47 B 48 0.08 0.16 0.08 0.02 * I 48 D I 48 B I 48 B 49 0.06 0.08 0.05 0.02 * L 49 D L 49 B L 49 B 50 0.05 0.18 0.10 0.03 * L 50 D L 50 B L 50 B 51 0.08 0.13 0.06 0.02 * H 51 D H 51 B H 51 B 52 0.09 0.13 0.06 0.02 * I 52 D I 52 B I 52 B 53 0.09 0.24 0.11 0.04 * S 53 D S 53 B S 53 B 54 0.09 0.13 0.10 0.03 * I 54 D I 54 B I 54 B 55 0.08 0.31 0.18 0.03 * R 55 D R 55 B R 55 B 56 0.06 0.46 0.27 0.03 * P 56 D P 56 B P 56 B 57 0.04 0.52 0.33 0.01 * G 57 D G 57 B G 57 B 58 0.10 0.37 0.29 0.03 * E 58 D E 58 B E 58 B 59 0.12 0.25 0.20 0.03 * N 59 D N 59 B N 59 B 60 0.07 0.15 0.10 0.04 * V 60 D V 60 B V 60 B 61 0.07 0.15 0.08 0.03 * I 61 D I 61 B I 61 B 62 0.06 0.16 0.08 0.02 * V 62 D V 62 B V 62 B 63 0.06 0.17 0.10 0.03 * F 63 D F 63 B F 63 B 64 0.10 0.21 0.11 0.02 * N 64 D N 64 B N 64 B 65 0.07 0.06 0.08 0.03 * S 65 D S 65 B S 65 B 66 0.08 0.20 0.20 0.06 * R 66 D R 66 B R 66 B 67 0.09 0.45 0.20 0.07 * L 67 D L 67 B L 67 B 68 0.10 0.41 0.24 0.06 * K 68 D K 68 B K 68 B 69 0.12 0.94 0.76 0.25 * N 69 D N 69 B N 69 B 70 0.06 1.02 0.46 0.18 * G 70 D G 70 B G 70 B 71 0.12 1.43 0.65 0.36 * A 71 D A 71 B A 71 B 72 0.04 0.72 0.34 0.20 * W 72 D W 72 B W 72 B 73 0.04 0.68 0.34 0.20 * G 73 D G 73 B G 73 B 74 0.05 0.68 0.32 0.15 * P 74 D P 74 B P 74 B 75 0.09 0.21 0.13 0.04 * E 75 D E 75 B E 75 B 76 0.08 0.17 0.14 0.03 * E 76 D E 76 B E 76 B 77 0.07 0.18 0.18 0.05 * R 77 D R 77 B R 77 B 78 0.07 0.21 0.18 0.03 * I 78 D I 78 B I 78 B 79 0.05 0.28 0.16 0.02 * P 79 D P 79 B P 79 B 80 0.06 0.25 0.13 0.04 * Y 80 D Y 80 B Y 80 B 81 0.10 0.81 0.38 0.13 * A 81 D A 81 B A 81 B 82 0.10 0.85 0.38 0.20 * E 82 D E 82 B E 82 B 83 0.10 0.42 0.20 0.08 * K 83 D K 83 B K 83 B 84 0.08 0.21 0.10 0.03 * F 84 D F 84 B F 84 B 85 0.08 0.22 0.11 0.02 * R 85 D R 85 B R 85 B 86 0.05 0.33 0.17 0.03 * P 86 D P 86 B P 86 B 87 0.05 0.32 0.16 0.04 * P 87 D P 87 B P 87 B 88 0.11 0.09 0.11 0.03 * N 88 D N 88 B N 88 B 89 0.04 0.08 0.09 0.03 * P 89 D P 89 B P 89 B 90 0.06 0.20 0.11 0.02 * S 90 D S 90 B S 90 B 91 0.07 0.29 0.15 0.04 * I 91 D I 91 B I 91 B 92 0.07 0.19 0.10 0.03 * T 92 D T 92 B T 92 B 93 0.07 0.12 0.05 0.02 * V 93 D V 93 B V 93 B 94 0.08 0.10 0.07 0.01 * I 94 D I 94 B I 94 B 95 0.07 0.28 0.14 0.04 * D 95 D D 95 B D 95 B 96 0.07 0.25 0.14 0.03 * H 96 D H 96 B H 96 B 97 0.03 0.28 0.18 0.03 * G 97 D G 97 B G 97 B 98 0.06 0.18 0.15 0.05 * D 98 D D 98 B D 98 B 99 0.08 0.28 0.15 0.06 * R 99 D R 99 B R 99 B 100 0.06 0.30 0.15 0.07 * F 100 D F 100 B F 100 B 101 0.08 0.35 0.17 0.05 * Q 101 D Q 101 B Q 101 B 102 0.08 0.37 0.17 0.06 * I 102 D I 102 B I 102 B 103 0.08 0.19 0.14 0.04 * R 103 D R 103 B R 103 B 104 0.06 0.16 0.09 0.01 * F 104 D F 104 B F 104 B 105 0.07 0.20 0.10 0.03 * D 105 D D 105 B D 105 B 106 0.06 0.24 0.18 0.03 * Y 106 D Y 106 B Y 106 B 107 0.04 0.53 0.26 0.07 * G 107 D G 107 B G 107 B 108 0.08 0.30 0.16 0.04 * T 108 D T 108 B T 108 B 109 0.07 0.36 0.16 0.09 * S 109 D S 109 B S 109 B 110 0.07 0.32 0.16 0.08 * I 110 D I 110 B I 110 B 111 0.05 0.17 0.11 0.03 * Y 111 D Y 111 B Y 111 B 112 0.05 0.30 0.14 0.06 * Y 112 D Y 112 B Y 112 B 113 0.10 0.34 0.16 0.06 * N 113 D N 113 B N 113 B 114 0.09 0.27 0.13 0.05 * K 114 D K 114 B K 114 B 115 0.09 0.37 0.22 0.08 * R 115 D R 115 B R 115 B 116 0.09 0.20 0.20 0.07 * I 116 D I 116 B I 116 B 117 0.09 0.19 0.35 0.16 * K 117 D K 117 B K 117 B 118 0.09 0.24 0.23 0.06 * E 118 D E 118 B E 118 B 119 0.10 0.12 0.11 0.02 * N 119 D N 119 B N 119 B 120 0.09 0.16 0.12 0.02 * A 120 D A 120 B A 120 B 121 0.08 0.24 0.11 0.04 * A 121 D A 121 B A 121 B 122 0.08 0.18 0.09 0.03 * A 122 D A 122 B A 122 B 123 0.07 0.15 0.08 0.02 * I 123 D I 123 B I 123 B 124 0.07 0.16 0.11 0.03 * A 124 D A 124 B A 124 B 125 0.05 0.17 0.11 0.03 * Y 125 D Y 125 B Y 125 B 126 0.11 0.27 0.16 0.05 * N 126 D N 126 B N 126 B 127 0.09 0.53 0.26 0.12 * A 127 D A 127 B A 127 B 128 0.10 0.46 0.22 0.07 * E 128 D E 128 B E 128 B 129 0.13 0.56 0.25 0.09 * N 129 D N 129 B N 129 B 130 0.08 0.11 0.09 0.03 * S 130 D S 130 B S 130 B 131 0.06 0.18 0.15 0.05 * L 131 D L 131 B L 131 B 132 0.06 0.18 0.15 0.04 * F 132 D F 132 B F 132 B 133 0.07 0.11 0.15 0.05 * S 133 D S 133 B S 133 B 134 0.07 0.22 0.14 0.03 * S 134 D S 134 B S 134 B 135 0.05 0.20 0.10 0.04 * P 135 D P 135 B P 135 B 136 0.07 0.12 0.08 0.02 * V 136 D V 136 B V 136 B 137 0.07 0.23 0.11 0.03 * T 137 D T 137 B T 137 B 138 0.07 0.19 0.10 0.04 * V 138 D V 138 B V 138 B 139 0.07 0.22 0.12 0.06 * D 139 D D 139 B D 139 B 140 0.07 0.15 0.11 0.03 * V 140 D V 140 B V 140 B 141 0.07 0.11 0.09 0.01 * H 141 D H 141 B H 141 B 142 0.03 0.03 0.06 0.03 * G 142 D G 142 B G 142 B 143 0.05 0.05 0.04 0.01 * L 143 D L 143 B L 143 B 144 0.06 0.06 0.10 0.04 * L 144 D L 144 B L 144 B 145 0.05 0.24 0.15 0.04 * P 145 D P 145 B P 145 B 146 0.04 0.20 0.19 0.06 * P 146 D P 146 B P 146 B 147 0.06 0.13 0.16 0.05 * L 147 D L 147 B L 147 B 148 0.05 0.25 0.24 0.05 * P 148 D P 148 B P 148 B 149 0.05 0.57 0.36 0.10 * P 149 D P 149 B P 149 B 150 0.08 0.52 0.34 0.09 * A 150 D A 150 B A 150 B ------------------------------------------------------------------------------ SALIGN_____> adding the next group to the alignment; iteration 4 Current alignment total score: 71.7 pos_scr ... position-position dissimilarity from the dynamic programming matrix avr_avr ... distance between the two averages avr_dst ... for all aligned structures, average distance to the average structure std_dev ... for all aligned structures, standard deviation of distance to ave str group: 1 1 2 2 2 N pos_scr avr_ave avr_dst std_dev 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A ------------------------------------------------------------------------------ 1 0.42 18.92 9.08 1.86 D 2 A M 1 D M 1 B M 1 B D 2 A 2 0.44 13.73 6.59 1.35 R 3 A L 2 D L 2 B L 2 B R 3 A 3 0.43 6.84 3.28 0.67 A 4 A Y 3 D Y 3 B Y 3 B A 4 A 4 0.42 4.09 1.97 0.40 E 5 A H 4 D H 4 B H 4 B E 5 A 5 0.25 5.75 2.76 0.56 V 6 A L 5 D L 5 B L 5 B V 6 A 6 0.53 10.88 5.22 1.07 R 7 A F 6 D F 6 B F 6 B R 7 A 7 0.54 17.13 8.22 1.68 N 8 A V 7 D V 7 B V 7 B N 8 A 8 0.56 19.07 9.15 1.87 I 9 A N 8 D N 8 B N 8 B I 9 A 9 0.42 16.92 8.12 1.66 P 10 A N 9 D N 9 B N 9 B P 10 A 10 0.49 13.53 6.50 1.33 F 11 A Q 10 D Q 10 B Q 10 B F 11 A 11 0.41 14.62 7.02 1.43 K 12 A V 11 D V 11 B V 11 B K 12 A 12 0.66 16.08 7.72 1.58 L 13 A K 12 D K 12 B K 12 B L 13 A 13 0.60 14.76 7.09 1.45 G 14 A L 13 D L 13 B L 13 B G 14 A 14 0.55 12.26 5.89 1.20 M 15 A Q 14 D Q 14 B Q 14 B M 15 A 15 0.65 11.54 5.54 1.13 Y 16 A N 15 D N 15 B N 15 B Y 16 A 16 0.48 10.99 5.27 1.08 L 17 A D 16 D D 16 B D 16 B L 17 A 17 0.00 0.00 0.06 0.01 - F 17 D F 17 B F 17 B - 18 0.00 0.00 0.10 0.04 - K 18 D K 18 B K 18 B - 19 0.00 0.00 0.10 0.03 - P 19 D P 19 B P 19 B - 20 0.00 0.00 0.10 0.03 - E 20 D E 20 B E 20 B - 21 0.29 8.55 4.11 0.84 T 18 A S 21 D S 21 B S 21 B T 18 A 22 0.09 8.06 3.87 0.79 * V 19 A V 22 D V 22 B V 22 B V 19 A 23 0.30 8.81 4.23 0.86 G 20 A A 23 D A 23 B A 23 B G 20 A 24 0.29 8.36 4.01 0.82 G 21 A A 24 D A 24 B A 24 B G 21 A 25 0.22 9.30 4.46 0.91 V 22 A I 25 D I 25 B I 25 B V 22 A 26 0.40 8.40 4.03 0.82 V 23 A R 26 D R 26 B R 26 B V 23 A 27 0.28 7.84 3.77 0.77 N 24 A S 27 D S 27 B S 27 B N 24 A 28 0.30 10.71 5.14 1.05 * S 25 A S 28 D S 28 B S 28 B S 25 A 29 0.44 9.88 4.75 0.97 N 26 A A 29 D A 29 B A 29 B N 26 A 30 0.46 5.57 2.68 0.55 A 27 A F 30 D F 30 B F 30 B A 27 A 31 0.36 6.85 3.29 0.68 T 28 A N 31 D N 31 B N 31 B T 28 A 32 0.61 8.42 4.05 0.83 R 29 A S 32 D S 32 B S 32 B R 29 A 33 0.78 11.12 5.34 1.09 F 30 A K 33 D K 33 B K 33 B F 30 A 34 0.39 11.52 5.53 1.13 S 31 A G 34 D G 34 B G 34 B S 31 A 35 0.53 14.21 6.82 1.39 I 32 A G 35 D G 35 B G 35 B I 32 A 36 0.36 13.04 6.26 1.28 N 33 A T 36 D T 36 B T 36 B N 33 A 37 0.31 13.61 6.53 1.33 V 34 A T 37 D T 37 B T 37 B V 34 A 38 0.55 12.03 5.78 1.18 G 35 A V 38 D V 38 B V 38 B G 35 A 39 0.66 11.67 5.60 1.14 E 36 A F 39 D F 39 B F 39 B E 36 A 40 0.47 8.38 4.02 0.83 S 37 A N 40 D N 40 B N 40 B S 37 A 41 0.85 8.88 4.26 0.87 T 38 A F 41 D F 41 B F 41 B T 38 A 42 0.80 8.10 3.89 0.80 D 39 A L 42 D L 42 B L 42 B D 39 A 43 0.29 6.85 3.29 0.67 * S 40 A S 43 D S 43 B S 43 B S 40 A 44 0.71 9.59 4.60 0.94 I 41 A A 44 D A 44 B A 44 B I 41 A 45 0.56 9.89 4.75 0.97 A 42 A G 45 D G 45 B G 45 B A 42 A 46 0.46 11.00 5.28 1.08 M 43 A E 46 D E 46 B E 46 B M 43 A 47 0.42 11.00 5.28 1.08 H 44 A N 47 D N 47 B N 47 B H 44 A 48 0.37 10.94 5.25 1.07 M 45 A I 48 D I 48 B I 48 B M 45 A 49 0.59 13.75 6.60 1.35 D 46 A L 49 D L 49 B L 49 B D 46 A 50 0.58 13.52 6.49 1.32 H 47 A L 50 D L 50 B L 50 B H 47 A 51 0.42 13.08 6.28 1.28 R 48 A H 51 D H 51 B H 51 B R 48 A 52 0.52 13.22 6.34 1.30 F 49 A I 52 D I 52 B I 52 B F 49 A 53 0.32 11.57 5.55 1.13 * S 50 A S 53 D S 53 B S 53 B S 50 A 54 0.49 7.87 3.78 0.77 Y 51 A I 54 D I 54 B I 54 B Y 51 A 55 0.69 7.31 3.51 0.71 G 52 A R 55 D R 55 B R 55 B G 52 A 56 0.52 8.31 3.99 0.82 A 53 A P 56 D P 56 B P 56 B A 53 A 57 0.67 4.47 2.16 0.45 D 54 A G 57 D G 57 B G 57 B D 54 A 58 0.56 3.90 1.88 0.40 Q 55 A E 58 D E 58 B E 58 B Q 55 A 59 0.21 3.33 1.60 0.35 * N 56 A N 59 D N 59 B N 59 B N 56 A 60 0.11 2.09 1.01 0.21 * V 57 A V 60 D V 60 B V 60 B V 57 A 61 0.20 1.70 0.82 0.17 L 58 A I 61 D I 61 B I 61 B L 58 A 62 0.08 1.00 0.48 0.11 * V 59 A V 62 D V 62 B V 62 B V 59 A 63 0.22 1.00 0.48 0.12 L 60 A F 63 D F 63 B F 63 B L 60 A 64 0.12 1.89 0.91 0.20 * N 61 A N 64 D N 64 B N 64 B N 61 A 65 0.12 2.74 1.31 0.27 * S 62 A S 65 D S 65 B S 65 B S 62 A 66 0.36 4.72 2.27 0.49 L 63 A R 66 D R 66 B R 66 B L 63 A 67 0.26 3.59 1.72 0.38 V 64 A L 67 D L 67 B L 67 B V 64 A 68 0.39 2.69 1.30 0.30 H 65 A K 68 D K 68 B K 68 B H 65 A 69 0.26 4.11 2.08 0.35 * N 66 A N 69 D N 69 B N 69 B N 66 A 70 0.47 4.07 1.96 0.52 V 67 A G 70 D G 70 B G 70 B V 67 A 71 0.28 5.56 2.69 0.71 G 68 A A 71 D A 71 B A 71 B G 68 A 72 0.06 4.16 2.01 0.45 * W 69 A W 72 D W 72 B W 72 B W 69 A 73 0.34 4.02 1.95 0.45 Q 70 A G 73 D G 73 B G 73 B Q 70 A 74 0.35 3.34 1.62 0.37 Q 71 A P 74 D P 74 B P 74 B Q 71 A 75 0.11 2.36 1.14 0.24 * E 72 A E 75 D E 75 B E 75 B E 72 A 76 0.10 1.54 0.74 0.17 * E 73 A E 76 D E 76 B E 76 B E 73 A 77 0.09 0.52 0.29 0.07 * R 74 A R 77 D R 77 B R 77 B R 74 A 78 0.38 1.68 0.82 0.17 S 75 A I 78 D I 78 B I 78 B S 75 A 79 0.41 3.06 1.47 0.32 K 76 A P 79 D P 79 B P 79 B K 76 A 80 0.44 6.90 3.32 0.68 K 77 A Y 80 D Y 80 B Y 80 B K 77 A 81 0.53 4.79 2.32 0.49 F 78 A A 81 D A 81 B A 81 B F 78 A 82 0.54 3.56 1.73 0.41 P 79 A E 82 D E 82 B E 82 B P 79 A 83 0.52 2.56 1.24 0.25 F 80 A K 83 D K 83 B K 83 B F 80 A 84 0.54 3.91 1.88 0.38 T 81 A F 84 D F 84 B F 84 B T 81 A 85 0.51 5.95 2.86 0.59 K 82 A R 85 D R 85 B R 85 B K 82 A 86 0.55 2.80 1.35 0.27 G 83 A P 86 D P 86 B P 86 B G 83 A 87 0.67 3.22 1.55 0.32 D 84 A P 87 D P 87 B P 87 B D 84 A 88 0.63 3.11 1.49 0.31 H 85 A N 88 D N 88 B N 88 B H 85 A 89 0.44 3.43 1.65 0.34 F 86 A P 89 D P 89 B P 89 B F 86 A 90 0.33 3.87 1.86 0.39 Q 87 A S 90 D S 90 B S 90 B Q 87 A 91 0.31 3.39 1.63 0.34 T 88 A I 91 D I 91 B I 91 B T 88 A 92 0.09 2.92 1.40 0.29 * T 89 A T 92 D T 92 B T 92 B T 89 A 93 0.17 2.02 0.97 0.20 I 90 A V 93 D V 93 B V 93 B I 90 A 94 0.38 2.41 1.16 0.24 T 91 A I 94 D I 94 B I 94 B T 91 A 95 0.52 2.18 1.06 0.21 F 92 A D 95 D D 95 B D 95 B F 92 A 96 0.41 4.83 2.32 0.48 D 93 A H 96 D H 96 B H 96 B D 93 A 97 0.38 5.04 2.42 0.50 T 94 A G 97 D G 97 B G 97 B T 94 A 98 0.38 3.56 1.71 0.36 H 95 A D 98 D D 98 B D 98 B H 95 A 99 0.35 1.99 0.96 0.23 T 96 A R 99 D R 99 B R 99 B T 96 A 100 0.08 1.81 0.88 0.18 * F 97 A F 100 D F 100 B F 100 B F 97 A 101 0.40 2.25 1.09 0.21 Y 98 A Q 101 D Q 101 B Q 101 B Y 98 A 102 0.09 2.01 0.98 0.19 * I 99 A I 102 D I 102 B I 102 B I 99 A 103 0.29 3.07 1.48 0.31 Q 100 A R 103 D R 103 B R 103 B Q 100 A 104 0.24 3.34 1.60 0.33 L 101 A F 104 D F 104 B F 104 B L 101 A 105 0.39 3.12 1.50 0.31 S 102 A D 105 D D 105 B D 105 B S 102 A 106 0.51 4.06 1.95 0.41 N 103 A Y 106 D Y 106 B Y 106 B N 103 A 107 0.15 6.34 3.05 0.62 * G 104 A G 107 D G 107 B G 107 B G 104 A 108 0.36 1.55 0.76 0.15 E 105 A T 108 D T 108 B T 108 B E 105 A 109 0.24 1.65 0.81 0.15 T 106 A S 109 D S 109 B S 109 B T 106 A 110 0.21 1.33 0.65 0.16 V 107 A I 110 D I 110 B I 110 B V 107 A 111 0.39 1.78 0.86 0.18 E 108 A Y 111 D Y 111 B Y 111 B E 108 A 112 0.22 1.77 0.86 0.17 F 109 A Y 112 D Y 112 B Y 112 B F 109 A 113 0.37 3.09 1.49 0.30 P 110 A N 113 D N 113 B N 113 B P 110 A 114 0.32 2.48 1.20 0.24 N 111 A K 114 D K 114 B K 114 B N 111 A 115 0.21 2.19 1.07 0.20 * R 112 A R 115 D R 115 B R 115 B R 112 A 116 0.50 2.00 0.98 0.20 N 113 A I 116 D I 116 B I 116 B N 113 A 117 0.15 0.55 0.38 0.14 * K 114 A K 117 D K 117 B K 117 B K 114 A 118 0.27 0.28 0.22 0.09 D 115 A E 118 D E 118 B E 118 B D 115 A 119 0.39 2.63 1.27 0.26 A 116 A N 119 D N 119 B N 119 B A 116 A 120 0.20 3.95 1.90 0.39 * A 117 A A 120 D A 120 B A 120 B A 117 A 121 0.48 2.22 1.07 0.23 F 118 A A 121 D A 121 B A 121 B F 118 A 122 0.46 3.08 1.48 0.30 N 119 A A 122 D A 122 B A 122 B N 119 A 123 0.37 3.25 1.56 0.32 L 120 A I 123 D I 123 B I 123 B L 120 A 124 0.33 5.35 2.57 0.52 I 121 A A 124 D A 124 B A 124 B I 121 A 125 0.12 4.39 2.11 0.43 * Y 122 A Y 125 D Y 125 B Y 125 B Y 122 A 126 0.38 6.90 3.31 0.68 L 123 A N 126 D N 126 B N 126 B L 123 A 127 0.17 5.31 2.55 0.53 * A 124 A A 127 D A 127 B A 127 B A 124 A 128 0.41 6.68 3.21 0.66 G 125 A E 128 D E 128 B E 128 B G 125 A 129 0.35 6.26 3.01 0.61 D 126 A N 129 D N 129 B N 129 B D 126 A 130 0.34 6.29 3.02 0.62 A 127 A S 130 D S 130 B S 130 B A 127 A 131 0.57 8.43 4.05 0.83 R 128 A L 131 D L 131 B L 131 B R 128 A 132 0.00 0.00 0.15 0.04 - F 132 D F 132 B F 132 B - 133 0.00 0.00 0.15 0.05 - S 133 D S 133 B S 133 B - 134 0.00 0.00 0.14 0.03 - S 134 D S 134 B S 134 B - 135 0.00 0.00 0.10 0.04 - P 135 D P 135 B P 135 B - 136 0.00 0.00 0.08 0.02 - V 136 D V 136 B V 136 B - 137 0.00 0.00 0.11 0.03 - T 137 D T 137 B T 137 B - 138 0.00 0.00 0.10 0.04 - V 138 D V 138 B V 138 B - 139 0.00 0.00 0.12 0.06 - D 139 D D 139 B D 139 B - 140 0.00 0.00 0.11 0.03 - V 140 D V 140 B V 140 B - 141 0.00 0.00 0.09 0.01 - H 141 D H 141 B H 141 B - 142 0.00 0.00 0.06 0.03 - G 142 D G 142 B G 142 B - 143 0.00 0.00 0.04 0.01 - L 143 D L 143 B L 143 B - 144 0.13 18.83 9.04 1.85 * L 129 A L 144 D L 144 B L 144 B L 129 A 145 0.37 17.31 8.31 1.70 T 130 A P 145 D P 145 B P 145 B T 130 A 146 0.49 15.65 7.52 1.53 F 131 A P 146 D P 146 B P 146 B F 131 A 147 0.29 14.36 6.90 1.41 V 132 A L 147 D L 147 B L 147 B V 132 A 148 0.48 13.95 6.70 1.37 R 133 A P 148 D P 148 B P 148 B R 133 A 149 0.49 20.15 9.68 1.97 L 134 A P 149 D P 149 B P 149 B L 134 A 150 0.37 20.33 9.76 1.99 E 135 A A 150 D A 150 B A 150 B E 135 A ------------------------------------------------------------------------------ SALIGN______> Raw QUALITY_SCORE of the multiple alignment: 86.2 QUALITY_SCORE (percentage) : 60.7 Number of unique protein pairs : 10 QUALITY_SCORE_min : 44 RMS_CUTOFF : 3.5000 QS is the average number of structurally equivalent residue pairs. Two residues are equivalent when closer than RMS_CUTOFF upon pairwise least-squares superposition given current alignment. SALIGN______> Matrix of pairwise equivalences from individual pairwise alignments: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 46 44 49 134 1uldD 0 0 150 150 46 1ulfB 0 0 0 150 44 1ulgB 0 0 0 0 49 1is5A 0 0 0 0 0 SALIGN______> Matrix of pairwise equivalences: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 46 44 49 134 1uldD 0 0 150 150 46 1ulfB 0 0 0 150 44 1ulgB 0 0 0 0 49 1is5A 0 0 0 0 0 SALIGN______> Matrix of differences in pairwise equivalences inferred from the tree and individually: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 0 0 0 0 1uldD 0 0 0 0 0 1ulfB 0 0 0 0 0 1ulgB 0 0 0 0 0 1is5A 0 0 0 0 0 SALIGN______> Matrix of %differences in pairwise equivalences inferred from the tree and individually: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 0 0 0 0 1uldD 0 0 0 0 0 1ulfB 0 0 0 0 0 1ulgB 0 0 0 0 0 1is5A 0 0 0 0 0 ALIGN_CODES : 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A Atom type for alignment (FIT_ATOMS) : CA FIT : T IMPROVE_ALIGNMENT : T WATER_IO, HETATM_IO, HYDROGEN_IO : F F F NO_TER : F OUTPUT : ALIGNMENT QUALITY FIT_ON_FIRST : F WRITE_FIT : F FIT_PDBNAM : T WRITE_WHOLE_PDB : T CURRENT_DIRECTORY : T Feature weights (FEATURE_WEIGHTS) : 1.0000 0.5000 1.0000 1.0000 1.0000 0.0000 NORMALIZE_PP_SCORES : F Gap initiation penalty (GAP_PENALTIES[1]) : -450.0000 Gap extension penalty (GAP_PENALTIES[2]) : -50.0000 Break-break bonus : 10000.0000 Gap_function (align2d flag) : F 2-D Gap penalties : 3.50 3.50 3.50 0.20 4.00 6.50 2.00 0.00 GAP-GAP_SCORE : 0.0000 GAP-RESIDUE_SCORE : 0.0000 Perform gap-residue and gap-gap correction : T Residue type - residue type file (RR_FILE) : $(LIB)/as1.sim.mat OFF_DIAGONAL : 100 OVERHANG : 30 LOCAL_ALIGNMENT : F MATRIX_OFFSET : 0.0000 N_SUBOPT : 0 SUBOPT_OFFSET : 0.0000 Gap introduction penalty (GAP_PENALTIES_3D_1) : 0.0000 Gap extension penalty (GAP_PENALTIES_3D_2) : 3.0000 Max dist for equiv (2 * GAP_PENALTIES_3D_2) : 6.0000 ALIGN3D_TRF : F RMS_CUTOFF : 3.5 salign__276_> 'align_block' changed to 1. mkapsa__637W> No residue topology library is in memory. Better radii would be used if topology.read() is called first. iup2crm_280W> No topology library in memory or assigning a BLK residue. Default CHARMM atom type assigned: N --> N This message is written only for the first such atom. iup2crm_280W> No topology library in memory or assigning a BLK residue. Default CHARMM atom type assigned: N --> N This message is written only for the first such atom. iup2crm_280W> No topology library in memory or assigning a BLK residue. Default CHARMM atom type assigned: N --> N This message is written only for the first such atom. iup2crm_280W> No topology library in memory or assigning a BLK residue. Default CHARMM atom type assigned: N --> N This message is written only for the first such atom. iup2crm_280W> No topology library in memory or assigning a BLK residue. Default CHARMM atom type assigned: N --> N This message is written only for the first such atom. openf___224_> Open $(LIB)/as1.sim.mat rdrrwgh_268_> Number of residue types: 20 Dynamically allocated memory at amaxalignment [B,KiB,MiB]: 842824 823.070 0.804 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 120 120 2.1085 2.1085 0.0442 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 2 121 122 1.7171 1.8051 0.0053 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 3 123 123 1.7916 1.7916 0.0009 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 4 124 124 1.8358 1.8358 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 5 124 124 1.8358 1.8358 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 120 120 2.2298 2.2298 0.0409 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 2 121 123 1.7519 1.9112 0.0071 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 3 123 123 1.8026 1.8026 0.0014 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 4 124 124 1.8459 1.8459 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 5 124 124 1.8459 1.8459 0.0000 Dynamically allocated memory at amaxalignment [B,KiB,MiB]: 842889 823.134 0.804 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 119 119 2.1942 2.1942 0.0409 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 2 122 124 1.7667 1.9307 0.0070 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 3 124 124 1.8458 1.8458 0.0007 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 4 124 124 1.8388 1.8388 0.0001 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 5 124 124 1.8388 1.8388 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 134 134 0.1238 0.1238 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 150 150 0.3062 0.3062 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 150 150 0.3143 0.3143 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 120 120 2.0695 2.0695 0.0463 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 2 121 122 1.7115 1.7987 0.0047 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 3 123 123 1.7820 1.7820 0.0009 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 4 124 124 1.8252 1.8252 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 5 124 124 1.8252 1.8252 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 150 150 0.4088 0.4088 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 119 119 2.2284 2.2284 0.0390 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 2 121 123 1.7527 1.9112 0.0076 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 3 123 123 1.7967 1.7967 0.0014 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 4 124 124 1.8389 1.8389 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 5 124 124 1.8389 1.8389 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 120 120 2.1047 2.1047 0.0477 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 2 122 124 1.7611 1.9248 0.0039 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 3 124 124 1.8274 1.8274 0.0010 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 4 124 124 1.8274 1.8274 0.0000 SALIGN______> Matrix of pairwise protein distances for the initial tree: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0.000 0.591 0.599 0.597 0.050 1uldD 0.591 0.000 0.072 0.073 0.600 1ulfB 0.599 0.072 0.000 0.070 0.597 1ulgB 0.597 0.073 0.070 0.000 0.594 1is5A 0.050 0.600 0.597 0.594 0.000 SALIGN____> Matrix of pairwise equivalences: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 111 110 111 134 1uldD 0 0 150 150 110 1ulfB 0 0 0 150 109 1ulgB 0 0 0 0 111 1is5A 0 0 0 0 0 openf___224_> Open 1is3A.tree .--- 1is4A 0.0501 | .---------------------------------------------------------- 1is5A 0.5959 | | .----- 1uldD 0.0727 | | | .----- 1ulfB 0.0696 | | .------------------------------------------------------------ 1ulgB +----+----+----+----+----+----+----+----+----+----+----+----+ 0.6177 0.5195 0.4212 0.3230 0.2247 0.1265 0.0282 0.5686 0.4704 0.3721 0.2739 0.1756 0.0774 SALIGN_____> adding the next group to the alignment; iteration 1 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 134 134 0.1238 0.1238 0.0000 Current alignment total score: 6.71 pos_scr ... position-position dissimilarity from the dynamic programming matrix avr_avr ... distance between the two averages avr_dst ... for all aligned structures, average distance to the average structure std_dev ... for all aligned structures, standard deviation of distance to ave str group: 1 2 N pos_scr avr_ave avr_dst std_dev 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A ------------------------------------------------------------------------------ 1 0.08 0.41 0.20 0.00 * D 2 A D 2 A 2 0.07 0.36 0.18 0.00 * R 3 A R 3 A 3 0.05 0.12 0.06 0.00 * A 4 A A 4 A 4 0.04 0.06 0.03 0.00 * E 5 A E 5 A 5 0.03 0.05 0.03 0.00 * V 6 A V 6 A 6 0.04 0.05 0.03 0.00 * R 7 A R 7 A 7 0.05 0.08 0.04 0.00 * N 8 A N 8 A 8 0.26 0.04 0.02 0.00 * I 9 A I 9 A 9 0.25 0.08 0.04 0.00 * P 10 A P 10 A 10 0.25 0.03 0.01 0.00 * F 11 A F 11 A 11 0.26 0.05 0.02 0.00 * K 12 A K 12 A 12 0.26 0.10 0.05 0.00 * L 13 A L 13 A 13 0.04 0.23 0.12 0.00 * G 14 A G 14 A 14 0.06 0.08 0.04 0.00 * M 15 A M 15 A 15 0.03 0.10 0.05 0.00 * Y 16 A Y 16 A 16 0.03 0.06 0.03 0.00 * L 17 A L 17 A 17 0.04 0.08 0.04 0.00 * T 18 A T 18 A 18 0.04 0.06 0.03 0.00 * V 19 A V 19 A 19 0.02 0.07 0.03 0.00 * G 20 A G 20 A 20 0.02 0.07 0.03 0.00 * G 21 A G 21 A 21 0.04 0.08 0.04 0.00 * V 22 A V 22 A 22 0.03 0.04 0.02 0.00 * V 23 A V 23 A 23 0.05 0.11 0.05 0.00 * N 24 A N 24 A 24 0.05 0.16 0.08 0.00 * S 25 A S 25 A 25 0.05 0.08 0.04 0.00 * N 26 A N 26 A 26 0.04 0.07 0.04 0.00 * A 27 A A 27 A 27 0.04 0.11 0.05 0.00 * T 28 A T 28 A 28 0.04 0.12 0.06 0.00 * R 29 A R 29 A 29 0.03 0.06 0.03 0.00 * F 30 A F 30 A 30 0.03 0.06 0.03 0.00 * S 31 A S 31 A 31 0.04 0.06 0.03 0.00 * I 32 A I 32 A 32 0.05 0.08 0.04 0.00 * N 33 A N 33 A 33 0.04 0.06 0.03 0.00 * V 34 A V 34 A 34 0.03 0.18 0.09 0.00 * G 35 A G 35 A 35 0.06 0.26 0.13 0.00 * E 36 A E 36 A 36 0.06 0.25 0.12 0.00 * S 37 A S 37 A 37 0.06 0.21 0.11 0.00 * T 38 A T 38 A 38 0.04 0.08 0.04 0.00 * D 39 A D 39 A 39 0.14 0.01 0.01 0.00 * S 40 A S 40 A 40 0.04 0.04 0.02 0.00 * I 41 A I 41 A 41 0.05 0.12 0.06 0.00 * A 42 A A 42 A 42 0.06 0.09 0.05 0.00 * M 43 A M 43 A 43 0.05 0.15 0.07 0.00 * H 44 A H 44 A 44 0.06 0.09 0.04 0.00 * M 45 A M 45 A 45 0.03 0.04 0.02 0.00 * D 46 A D 46 A 46 0.03 0.02 0.01 0.00 * H 47 A H 47 A 47 0.05 0.15 0.07 0.00 * R 48 A R 48 A 48 0.04 0.14 0.07 0.00 * F 49 A F 49 A 49 0.04 0.14 0.07 0.00 * S 50 A S 50 A 50 0.03 0.10 0.05 0.00 * Y 51 A Y 51 A 51 0.02 0.08 0.04 0.00 * G 52 A G 52 A 52 0.05 0.12 0.06 0.00 * A 53 A A 53 A 53 0.04 0.10 0.05 0.00 * D 54 A D 54 A 54 0.04 0.03 0.02 0.00 * Q 55 A Q 55 A 55 0.05 0.07 0.03 0.00 * N 56 A N 56 A 56 0.04 0.12 0.06 0.00 * V 57 A V 57 A 57 0.04 0.13 0.07 0.00 * L 58 A L 58 A 58 0.04 0.12 0.06 0.00 * V 59 A V 59 A 59 0.03 0.05 0.02 0.00 * L 60 A L 60 A 60 0.05 0.08 0.04 0.00 * N 61 A N 61 A 61 0.04 0.10 0.05 0.00 * S 62 A S 62 A 62 0.04 0.14 0.07 0.00 * L 63 A L 63 A 63 0.04 0.11 0.05 0.00 * V 64 A V 64 A 64 0.05 0.19 0.10 0.00 * H 65 A H 65 A 65 0.06 0.17 0.08 0.00 * N 66 A N 66 A 66 0.03 0.05 0.02 0.00 * V 67 A V 67 A 67 0.02 0.10 0.05 0.00 * G 68 A G 68 A 68 0.03 0.13 0.07 0.00 * W 69 A W 69 A 69 0.05 0.20 0.10 0.00 * Q 70 A Q 70 A 70 0.07 0.37 0.18 0.00 * Q 71 A Q 71 A 71 0.06 0.27 0.13 0.00 * E 72 A E 72 A 72 0.04 0.05 0.03 0.00 * E 73 A E 73 A 73 0.04 0.08 0.04 0.00 * R 74 A R 74 A 74 0.04 0.08 0.04 0.00 * S 75 A S 75 A 75 0.06 0.24 0.12 0.00 * K 76 A K 76 A 76 0.05 0.10 0.05 0.00 * K 77 A K 77 A 77 0.04 0.10 0.05 0.00 * F 78 A F 78 A 78 0.03 0.12 0.06 0.00 * P 79 A P 79 A 79 0.03 0.10 0.05 0.00 * F 80 A F 80 A 80 0.04 0.12 0.06 0.00 * T 81 A T 81 A 81 0.05 0.11 0.06 0.00 * K 82 A K 82 A 82 0.03 0.16 0.08 0.00 * G 83 A G 83 A 83 0.04 0.11 0.06 0.00 * D 84 A D 84 A 84 0.04 0.04 0.02 0.00 * H 85 A H 85 A 85 0.04 0.11 0.06 0.00 * F 86 A F 86 A 86 0.04 0.12 0.06 0.00 * Q 87 A Q 87 A 87 0.03 0.03 0.01 0.00 * T 88 A T 88 A 88 0.05 0.16 0.08 0.00 * T 89 A T 89 A 89 0.04 0.11 0.06 0.00 * I 90 A I 90 A 90 0.05 0.20 0.10 0.00 * T 91 A T 91 A 91 0.03 0.07 0.03 0.00 * F 92 A F 92 A 92 0.03 0.05 0.02 0.00 * D 93 A D 93 A 93 0.03 0.02 0.01 0.00 * T 94 A T 94 A 94 0.04 0.06 0.03 0.00 * H 95 A H 95 A 95 0.04 0.11 0.06 0.00 * T 96 A T 96 A 96 0.03 0.06 0.03 0.00 * F 97 A F 97 A 97 0.02 0.03 0.02 0.00 * Y 98 A Y 98 A 98 0.04 0.05 0.03 0.00 * I 99 A I 99 A 99 0.04 0.11 0.05 0.00 * Q 100 A Q 100 A 100 0.04 0.12 0.06 0.00 * L 101 A L 101 A 101 0.05 0.17 0.08 0.00 * S 102 A S 102 A 102 0.06 0.12 0.06 0.00 * N 103 A N 103 A 103 0.03 0.15 0.08 0.00 * G 104 A G 104 A 104 0.05 0.11 0.05 0.00 * E 105 A E 105 A 105 0.05 0.16 0.08 0.00 * T 106 A T 106 A 106 0.04 0.15 0.07 0.00 * V 107 A V 107 A 107 0.04 0.05 0.02 0.00 * E 108 A E 108 A 108 0.04 0.10 0.05 0.00 * F 109 A F 109 A 109 0.03 0.10 0.05 0.00 * P 110 A P 110 A 110 0.05 0.08 0.04 0.00 * N 111 A N 111 A 111 0.05 0.19 0.10 0.00 * R 112 A R 112 A 112 0.06 0.11 0.06 0.00 * N 113 A N 113 A 113 0.05 0.14 0.07 0.00 * K 114 A K 114 A 114 0.04 0.14 0.07 0.00 * D 115 A D 115 A 115 0.05 0.15 0.08 0.00 * A 116 A A 116 A 116 0.04 0.08 0.04 0.00 * A 117 A A 117 A 117 0.03 0.05 0.02 0.00 * F 118 A F 118 A 118 0.05 0.06 0.03 0.00 * N 119 A N 119 A 119 0.03 0.07 0.03 0.00 * L 120 A L 120 A 120 0.04 0.07 0.04 0.00 * I 121 A I 121 A 121 0.02 0.05 0.02 0.00 * Y 122 A Y 122 A 122 0.03 0.10 0.05 0.00 * L 123 A L 123 A 123 0.04 0.11 0.05 0.00 * A 124 A A 124 A 124 0.02 0.06 0.03 0.00 * G 125 A G 125 A 125 0.03 0.07 0.03 0.00 * D 126 A D 126 A 126 0.05 0.11 0.06 0.00 * A 127 A A 127 A 127 0.03 0.03 0.01 0.00 * R 128 A R 128 A 128 0.03 0.07 0.04 0.00 * L 129 A L 129 A 129 0.03 0.03 0.02 0.00 * T 130 A T 130 A 130 0.03 0.03 0.02 0.00 * F 131 A F 131 A 131 0.03 0.06 0.03 0.00 * V 132 A V 132 A 132 0.03 0.01 0.01 0.00 * R 133 A R 133 A 133 0.03 0.08 0.04 0.00 * L 134 A L 134 A 134 0.04 0.08 0.04 0.00 * E 135 A E 135 A ------------------------------------------------------------------------------ SALIGN_____> adding the next group to the alignment; iteration 2 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 150 150 0.4088 0.4088 0.0000 Current alignment total score: 10.44 pos_scr ... position-position dissimilarity from the dynamic programming matrix avr_avr ... distance between the two averages avr_dst ... for all aligned structures, average distance to the average structure std_dev ... for all aligned structures, standard deviation of distance to ave str group: 1 2 N pos_scr avr_ave avr_dst std_dev 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A ------------------------------------------------------------------------------ 1 0.08 0.27 0.14 0.00 * M 1 B M 1 B 2 0.05 0.29 0.15 0.00 * L 2 B L 2 B 3 0.04 0.22 0.11 0.00 * Y 3 B Y 3 B 4 0.06 0.30 0.15 0.00 * H 4 B H 4 B 5 0.05 0.25 0.12 0.00 * L 5 B L 5 B 6 0.05 0.28 0.14 0.00 * F 6 B F 6 B 7 0.07 0.39 0.20 0.00 * V 7 B V 7 B 8 0.08 0.34 0.17 0.00 * N 8 B N 8 B 9 0.07 0.22 0.11 0.00 * N 9 B N 9 B 10 0.05 0.13 0.07 0.00 * Q 10 B Q 10 B 11 0.04 0.09 0.04 0.00 * V 11 B V 11 B 12 0.06 0.25 0.12 0.00 * K 12 B K 12 B 13 0.05 0.27 0.14 0.00 * L 13 B L 13 B 14 0.06 0.23 0.11 0.00 * Q 14 B Q 14 B 15 0.07 0.21 0.11 0.00 * N 15 B N 15 B 16 0.06 0.22 0.11 0.00 * D 16 B D 16 B 17 0.03 0.07 0.04 0.00 * F 17 B F 17 B 18 0.05 0.11 0.05 0.00 * K 18 B K 18 B 19 0.03 0.08 0.04 0.00 * P 19 B P 19 B 20 0.04 0.06 0.03 0.00 * E 20 B E 20 B 21 0.03 0.04 0.02 0.00 * S 21 B S 21 B 22 0.04 0.13 0.07 0.00 * V 22 B V 22 B 23 0.05 0.16 0.08 0.00 * A 23 B A 23 B 24 0.05 0.15 0.08 0.00 * A 24 B A 24 B 25 0.05 0.18 0.09 0.00 * I 25 B I 25 B 26 0.06 0.19 0.09 0.00 * R 26 B R 26 B 27 0.05 0.12 0.06 0.00 * S 27 B S 27 B 28 0.07 0.35 0.18 0.00 * S 28 B S 28 B 29 0.09 0.44 0.22 0.00 * A 29 B A 29 B 30 0.06 0.28 0.14 0.00 * F 30 B F 30 B 31 0.11 0.52 0.26 0.00 * N 31 B N 31 B 32 0.08 0.39 0.19 0.00 * S 32 B S 32 B 33 0.09 0.46 0.23 0.00 * K 33 B K 33 B 34 0.07 0.49 0.25 0.00 * G 34 B G 34 B 35 0.06 0.39 0.20 0.00 * G 35 B G 35 B 36 0.06 0.27 0.13 0.00 * T 36 B T 36 B 37 0.05 0.18 0.09 0.00 * T 37 B T 37 B 38 0.04 0.15 0.07 0.00 * V 38 B V 38 B 39 0.04 0.17 0.09 0.00 * F 39 B F 39 B 40 0.07 0.28 0.14 0.00 * N 40 B N 40 B 41 0.04 0.17 0.09 0.00 * F 41 B F 41 B 42 0.05 0.20 0.10 0.00 * L 42 B L 42 B 43 0.04 0.09 0.05 0.00 * S 43 B S 43 B 44 0.04 0.06 0.03 0.00 * A 44 B A 44 B 45 0.04 0.24 0.12 0.00 * G 45 B G 45 B 46 0.07 0.30 0.15 0.00 * E 46 B E 46 B 47 0.08 0.29 0.14 0.00 * N 47 B N 47 B 48 0.05 0.17 0.08 0.00 * I 48 B I 48 B 49 0.03 0.05 0.03 0.00 * L 49 B L 49 B 50 0.05 0.23 0.12 0.00 * L 50 B L 50 B 51 0.05 0.15 0.07 0.00 * H 51 B H 51 B 52 0.05 0.16 0.08 0.00 * I 52 B I 52 B 53 0.06 0.21 0.10 0.00 * S 53 B S 53 B 54 0.04 0.05 0.03 0.00 * I 54 B I 54 B 55 0.07 0.30 0.15 0.00 * R 55 B R 55 B 56 0.08 0.50 0.25 0.00 * P 56 B P 56 B 57 0.08 0.61 0.30 0.00 * G 57 B G 57 B 58 0.09 0.45 0.22 0.00 * E 58 B E 58 B 59 0.09 0.36 0.18 0.00 * N 59 B N 59 B 60 0.06 0.24 0.12 0.00 * V 60 B V 60 B 61 0.06 0.20 0.10 0.00 * I 61 B I 61 B 62 0.05 0.18 0.09 0.00 * V 62 B V 62 B 63 0.05 0.23 0.12 0.00 * F 63 B F 63 B 64 0.07 0.22 0.11 0.00 * N 64 B N 64 B 65 0.04 0.06 0.03 0.00 * S 65 B S 65 B 66 0.08 0.38 0.19 0.00 * R 66 B R 66 B 67 0.10 0.48 0.24 0.00 * L 67 B L 67 B 68 0.09 0.34 0.17 0.00 * K 68 B K 68 B 69 0.25 1.71 0.86 0.00 * N 69 B N 69 B 70 0.14 0.90 0.45 0.00 * G 70 B G 70 B 71 0.26 1.80 0.90 0.00 * A 71 B A 71 B 72 0.13 0.98 0.49 0.00 * W 72 B W 72 B 73 0.12 0.95 0.48 0.00 * G 73 B G 73 B 74 0.12 0.84 0.42 0.00 * P 74 B P 74 B 75 0.08 0.32 0.16 0.00 * E 75 B E 75 B 76 0.07 0.28 0.14 0.00 * E 76 B E 76 B 77 0.07 0.30 0.15 0.00 * R 77 B R 77 B 78 0.06 0.25 0.12 0.00 * I 78 B I 78 B 79 0.05 0.30 0.15 0.00 * P 79 B P 79 B 80 0.05 0.21 0.11 0.00 * Y 80 B Y 80 B 81 0.12 0.74 0.37 0.00 * A 81 B A 81 B 82 0.16 1.04 0.52 0.00 * E 82 B E 82 B 83 0.10 0.51 0.26 0.00 * K 83 B K 83 B 84 0.06 0.24 0.12 0.00 * F 84 B F 84 B 85 0.06 0.22 0.11 0.00 * R 85 B R 85 B 86 0.06 0.32 0.16 0.00 * P 86 B P 86 B 87 0.06 0.33 0.17 0.00 * P 87 B P 87 B 88 0.06 0.12 0.06 0.00 * N 88 B N 88 B 89 0.03 0.14 0.07 0.00 * P 89 B P 89 B 90 0.05 0.23 0.11 0.00 * S 90 B S 90 B 91 0.07 0.34 0.17 0.00 * I 91 B I 91 B 92 0.06 0.23 0.12 0.00 * T 92 B T 92 B 93 0.04 0.11 0.05 0.00 * V 93 B V 93 B 94 0.05 0.13 0.06 0.00 * I 94 B I 94 B 95 0.07 0.33 0.17 0.00 * D 95 B D 95 B 96 0.07 0.32 0.16 0.00 * H 96 B H 96 B 97 0.04 0.25 0.12 0.00 * G 97 B G 97 B 98 0.07 0.34 0.17 0.00 * D 98 B D 98 B 99 0.08 0.39 0.19 0.00 * R 99 B R 99 B 100 0.07 0.39 0.19 0.00 * F 100 B F 100 B 101 0.08 0.38 0.19 0.00 * Q 101 B Q 101 B 102 0.08 0.39 0.20 0.00 * I 102 B I 102 B 103 0.06 0.30 0.15 0.00 * R 103 B R 103 B 104 0.04 0.18 0.09 0.00 * F 104 B F 104 B 105 0.06 0.23 0.12 0.00 * D 105 B D 105 B 106 0.05 0.22 0.11 0.00 * Y 106 B Y 106 B 107 0.07 0.54 0.27 0.00 * G 107 B G 107 B 108 0.07 0.37 0.19 0.00 * T 108 B T 108 B 109 0.08 0.44 0.22 0.00 * S 109 B S 109 B 110 0.08 0.42 0.21 0.00 * I 110 B I 110 B 111 0.05 0.26 0.13 0.00 * Y 111 B Y 111 B 112 0.06 0.36 0.18 0.00 * Y 112 B Y 112 B 113 0.09 0.40 0.20 0.00 * N 113 B N 113 B 114 0.07 0.33 0.16 0.00 * K 114 B K 114 B 115 0.09 0.55 0.27 0.00 * R 115 B R 115 B 116 0.08 0.43 0.22 0.00 * I 116 B I 116 B 117 0.09 0.44 0.22 0.00 * K 117 B K 117 B 118 0.09 0.42 0.21 0.00 * E 118 B E 118 B 119 0.07 0.18 0.09 0.00 * N 119 B N 119 B 120 0.05 0.14 0.07 0.00 * A 120 B A 120 B 121 0.06 0.24 0.12 0.00 * A 121 B A 121 B 122 0.05 0.16 0.08 0.00 * A 122 B A 122 B 123 0.05 0.18 0.09 0.00 * I 123 B I 123 B 124 0.06 0.24 0.12 0.00 * A 124 B A 124 B 125 0.05 0.25 0.12 0.00 * Y 125 B Y 125 B 126 0.09 0.38 0.19 0.00 * N 126 B N 126 B 127 0.34 0.68 0.34 0.00 * A 127 B A 127 B 128 0.10 0.51 0.26 0.00 * E 128 B E 128 B 129 0.12 0.59 0.29 0.00 * N 129 B N 129 B 130 0.06 0.19 0.10 0.00 * S 130 B S 130 B 131 0.06 0.34 0.17 0.00 * L 131 B L 131 B 132 0.07 0.32 0.16 0.00 * F 132 B F 132 B 133 0.06 0.24 0.12 0.00 * S 133 B S 133 B 134 0.06 0.30 0.15 0.00 * S 134 B S 134 B 135 0.05 0.25 0.13 0.00 * P 135 B P 135 B 136 0.05 0.18 0.09 0.00 * V 136 B V 136 B 137 0.06 0.26 0.13 0.00 * T 137 B T 137 B 138 0.06 0.26 0.13 0.00 * V 138 B V 138 B 139 0.06 0.31 0.16 0.00 * D 139 B D 139 B 140 0.06 0.24 0.12 0.00 * V 140 B V 140 B 141 0.05 0.17 0.08 0.00 * H 141 B H 141 B 142 0.02 0.05 0.03 0.00 * G 142 B G 142 B 143 0.03 0.07 0.04 0.00 * L 143 B L 143 B 144 0.04 0.13 0.06 0.00 * L 144 B L 144 B 145 0.06 0.34 0.17 0.00 * P 145 B P 145 B 146 0.06 0.38 0.19 0.00 * P 146 B P 146 B 147 0.06 0.27 0.14 0.00 * L 147 B L 147 B 148 0.06 0.37 0.18 0.00 * P 148 B P 148 B 149 0.11 0.81 0.40 0.00 * P 149 B P 149 B 150 0.12 0.77 0.38 0.00 * A 150 B A 150 B ------------------------------------------------------------------------------ SALIGN_____> adding the next group to the alignment; iteration 3 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 150 150 0.2335 0.2335 0.0000 Current alignment total score: 9.883 pos_scr ... position-position dissimilarity from the dynamic programming matrix avr_avr ... distance between the two averages avr_dst ... for all aligned structures, average distance to the average structure std_dev ... for all aligned structures, standard deviation of distance to ave str group: 1 2 2 N pos_scr avr_ave avr_dst std_dev 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A ------------------------------------------------------------------------------ 1 0.06 0.12 0.12 0.04 * M 1 D M 1 B M 1 B 2 0.03 0.09 0.12 0.04 * L 2 D L 2 B L 2 B 3 0.03 0.05 0.08 0.04 * Y 3 D Y 3 B Y 3 B 4 0.04 0.05 0.11 0.05 * H 4 D H 4 B H 4 B 5 0.03 0.07 0.10 0.04 * L 5 D L 5 B L 5 B 6 0.03 0.06 0.11 0.05 * F 6 D F 6 B F 6 B 7 0.03 0.03 0.14 0.08 * V 7 D V 7 B V 7 B 8 0.06 0.16 0.15 0.04 * N 8 D N 8 B N 8 B 9 0.06 0.17 0.12 0.00 * N 9 D N 9 B N 9 B 10 0.05 0.16 0.08 0.04 * Q 10 D Q 10 B Q 10 B 11 0.05 0.16 0.08 0.02 * V 11 D V 11 B V 11 B 12 0.05 0.13 0.12 0.02 * K 12 D K 12 B K 12 B 13 0.04 0.14 0.13 0.03 * L 13 D L 13 B L 13 B 14 0.06 0.24 0.14 0.04 * Q 14 D Q 14 B Q 14 B 15 0.08 0.30 0.15 0.06 * N 15 D N 15 B N 15 B 16 0.26 0.10 0.10 0.03 * D 16 D D 16 B D 16 B 17 0.26 0.12 0.06 0.01 * F 17 D F 17 B F 17 B 18 0.28 0.20 0.10 0.04 * K 18 D K 18 B K 18 B 19 0.27 0.22 0.10 0.03 * P 19 D P 19 B P 19 B 20 0.28 0.21 0.10 0.03 * E 20 D E 20 B E 20 B 21 0.04 0.11 0.05 0.02 * S 21 D S 21 B S 21 B 22 0.04 0.10 0.07 0.00 * V 22 D V 22 B V 22 B 23 0.05 0.13 0.09 0.03 * A 23 D A 23 B A 23 B 24 0.04 0.06 0.07 0.02 * A 24 D A 24 B A 24 B 25 0.04 0.08 0.08 0.03 * I 25 D I 25 B I 25 B 26 0.04 0.09 0.09 0.02 * R 26 D R 26 B R 26 B 27 0.06 0.21 0.11 0.03 * S 27 D S 27 B S 27 B 28 0.05 0.16 0.16 0.04 * S 28 D S 28 B S 28 B 29 0.07 0.30 0.23 0.03 * A 29 D A 29 B A 29 B 30 0.08 0.46 0.24 0.05 * F 30 D F 30 B F 30 B 31 0.10 0.36 0.27 0.04 * N 31 D N 31 B N 31 B 32 0.10 0.55 0.30 0.06 * S 32 D S 32 B S 32 B 33 0.12 0.65 0.33 0.13 * K 33 D K 33 B K 33 B 34 0.05 0.24 0.22 0.07 * G 34 D G 34 B G 34 B 35 0.04 0.15 0.17 0.06 * G 35 D G 35 B G 35 B 36 0.05 0.16 0.13 0.04 * T 36 D T 36 B T 36 B 37 0.04 0.08 0.08 0.02 * T 37 D T 37 B T 37 B 38 0.05 0.16 0.09 0.03 * V 38 D V 38 B V 38 B 39 0.03 0.06 0.07 0.02 * F 39 D F 39 B F 39 B 40 0.05 0.08 0.11 0.04 * N 40 D N 40 B N 40 B 41 0.03 0.06 0.07 0.02 * F 41 D F 41 B F 41 B 42 0.03 0.10 0.09 0.02 * L 42 D L 42 B L 42 B 43 0.05 0.16 0.08 0.02 * S 43 D S 43 B S 43 B 44 0.06 0.20 0.09 0.03 * A 44 D A 44 B A 44 B 45 0.05 0.35 0.17 0.08 * G 45 D G 45 B G 45 B 46 0.07 0.29 0.18 0.01 * E 46 D E 46 B E 46 B 47 0.08 0.30 0.17 0.07 * N 47 D N 47 B N 47 B 48 0.04 0.09 0.08 0.02 * I 48 D I 48 B I 48 B 49 0.04 0.10 0.05 0.02 * L 49 D L 49 B L 49 B 50 0.03 0.07 0.10 0.03 * L 50 D L 50 B L 50 B 51 0.04 0.06 0.06 0.02 * H 51 D H 51 B H 51 B 52 0.04 0.05 0.06 0.02 * I 52 D I 52 B I 52 B 53 0.06 0.19 0.12 0.04 * S 53 D S 53 B S 53 B 54 0.06 0.21 0.10 0.03 * I 54 D I 54 B I 54 B 55 0.07 0.28 0.18 0.03 * R 55 D R 55 B R 55 B 56 0.07 0.38 0.27 0.03 * P 56 D P 56 B P 56 B 57 0.07 0.47 0.33 0.01 * G 57 D G 57 B G 57 B 58 0.10 0.48 0.29 0.03 * E 58 D E 58 B E 58 B 59 0.08 0.30 0.20 0.03 * N 59 D N 59 B N 59 B 60 0.04 0.07 0.10 0.04 * V 60 D V 60 B V 60 B 61 0.04 0.07 0.08 0.03 * I 61 D I 61 B I 61 B 62 0.04 0.09 0.08 0.02 * V 62 D V 62 B V 62 B 63 0.04 0.09 0.10 0.03 * F 63 D F 63 B F 63 B 64 0.06 0.13 0.11 0.02 * N 64 D N 64 B N 64 B 65 0.05 0.19 0.08 0.03 * S 65 D S 65 B S 65 B 66 0.29 0.30 0.20 0.06 * R 66 D R 66 B R 66 B 67 0.06 0.20 0.20 0.07 * L 67 D L 67 B L 67 B 68 0.09 0.42 0.24 0.06 * K 68 D K 68 B K 68 B 69 0.14 0.84 0.76 0.25 * N 69 D N 69 B N 69 B 70 0.10 0.71 0.46 0.18 * G 70 D G 70 B G 70 B 71 0.07 0.21 0.65 0.36 * A 71 D A 71 B A 71 B 72 0.03 0.08 0.34 0.20 * W 72 D W 72 B W 72 B 73 0.03 0.10 0.34 0.20 * G 73 D G 73 B G 73 B 74 0.04 0.18 0.32 0.15 * P 74 D P 74 B P 74 B 75 0.05 0.12 0.13 0.04 * E 75 D E 75 B E 75 B 76 0.05 0.17 0.14 0.03 * E 76 D E 76 B E 76 B 77 0.07 0.31 0.18 0.05 * R 77 D R 77 B R 77 B 78 0.07 0.31 0.18 0.03 * I 78 D I 78 B I 78 B 79 0.05 0.22 0.16 0.02 * P 79 D P 79 B P 79 B 80 0.05 0.23 0.13 0.04 * Y 80 D Y 80 B Y 80 B 81 0.10 0.55 0.38 0.13 * A 81 D A 81 B A 81 B 82 0.06 0.14 0.38 0.20 * E 82 D E 82 B E 82 B 83 0.06 0.13 0.20 0.08 * K 83 D K 83 B K 83 B 84 0.04 0.09 0.10 0.03 * F 84 D F 84 B F 84 B 85 0.05 0.16 0.11 0.02 * R 85 D R 85 B R 85 B 86 0.05 0.25 0.17 0.03 * P 86 D P 86 B P 86 B 87 0.04 0.19 0.16 0.04 * P 87 D P 87 B P 87 B 88 0.07 0.22 0.11 0.03 * N 88 D N 88 B N 88 B 89 0.04 0.15 0.09 0.03 * P 89 D P 89 B P 89 B 90 0.04 0.12 0.11 0.02 * S 90 D S 90 B S 90 B 91 0.05 0.14 0.15 0.04 * I 91 D I 91 B I 91 B 92 0.04 0.10 0.10 0.03 * T 92 D T 92 B T 92 B 93 0.04 0.08 0.05 0.02 * V 93 D V 93 B V 93 B 94 0.05 0.11 0.07 0.01 * I 94 D I 94 B I 94 B 95 0.05 0.13 0.14 0.04 * D 95 D D 95 B D 95 B 96 0.05 0.15 0.14 0.03 * H 96 D H 96 B H 96 B 97 0.27 0.32 0.18 0.03 * G 97 D G 97 B G 97 B 98 0.27 0.14 0.15 0.05 * D 98 D D 98 B D 98 B 99 0.05 0.09 0.15 0.06 * R 99 D R 99 B R 99 B 100 0.03 0.07 0.15 0.07 * F 100 D F 100 B F 100 B 101 0.05 0.16 0.17 0.05 * Q 101 D Q 101 B Q 101 B 102 0.06 0.17 0.17 0.06 * I 102 D I 102 B I 102 B 103 0.05 0.15 0.14 0.04 * R 103 D R 103 B R 103 B 104 0.04 0.12 0.09 0.01 * F 104 D F 104 B F 104 B 105 0.04 0.10 0.10 0.03 * D 105 D D 105 B D 105 B 106 0.06 0.35 0.18 0.03 * Y 106 D Y 106 B Y 106 B 107 0.05 0.32 0.26 0.07 * G 107 D G 107 B G 107 B 108 0.06 0.15 0.16 0.04 * T 108 D T 108 B T 108 B 109 0.04 0.06 0.16 0.09 * S 109 D S 109 B S 109 B 110 0.04 0.07 0.16 0.08 * I 110 D I 110 B I 110 B 111 0.03 0.11 0.11 0.03 * Y 111 D Y 111 B Y 111 B 112 0.03 0.10 0.14 0.06 * Y 112 D Y 112 B Y 112 B 113 0.06 0.11 0.16 0.06 * N 113 D N 113 B N 113 B 114 0.05 0.10 0.13 0.05 * K 114 D K 114 B K 114 B 115 0.07 0.18 0.22 0.08 * R 115 D R 115 B R 115 B 116 0.07 0.25 0.20 0.07 * I 116 D I 116 B I 116 B 117 0.12 0.71 0.35 0.16 * K 117 D K 117 B K 117 B 118 0.08 0.35 0.23 0.06 * E 118 D E 118 B E 118 B 119 0.06 0.17 0.11 0.02 * N 119 D N 119 B N 119 B 120 0.06 0.23 0.12 0.02 * A 120 D A 120 B A 120 B 121 0.05 0.14 0.11 0.04 * A 121 D A 121 B A 121 B 122 0.05 0.15 0.09 0.03 * A 122 D A 122 B A 122 B 123 0.04 0.07 0.08 0.02 * I 123 D I 123 B I 123 B 124 0.05 0.11 0.11 0.03 * A 124 D A 124 B A 124 B 125 0.03 0.10 0.11 0.03 * Y 125 D Y 125 B Y 125 B 126 0.06 0.13 0.16 0.05 * N 126 D N 126 B N 126 B 127 0.16 0.12 0.26 0.12 * A 127 D A 127 B A 127 B 128 0.06 0.19 0.22 0.07 * E 128 D E 128 B E 128 B 129 0.08 0.24 0.25 0.09 * N 129 D N 129 B N 129 B 130 0.04 0.09 0.09 0.03 * S 130 D S 130 B S 130 B 131 0.04 0.16 0.15 0.05 * L 131 D L 131 B L 131 B 132 0.05 0.17 0.15 0.04 * F 132 D F 132 B F 132 B 133 0.06 0.26 0.15 0.05 * S 133 D S 133 B S 133 B 134 0.05 0.17 0.14 0.03 * S 134 D S 134 B S 134 B 135 0.03 0.06 0.10 0.04 * P 135 D P 135 B P 135 B 136 0.04 0.07 0.08 0.02 * V 136 D V 136 B V 136 B 137 0.04 0.11 0.11 0.03 * T 137 D T 137 B T 137 B 138 0.04 0.06 0.10 0.04 * V 138 D V 138 B V 138 B 139 0.04 0.06 0.12 0.05 * D 139 D D 139 B D 139 B 140 0.04 0.12 0.11 0.03 * V 140 D V 140 B V 140 B 141 0.05 0.12 0.09 0.01 * H 141 D H 141 B H 141 B 142 0.03 0.14 0.06 0.03 * G 142 D G 142 B G 142 B 143 0.03 0.06 0.04 0.01 * L 143 D L 143 B L 143 B 144 0.05 0.19 0.10 0.04 * L 144 D L 144 B L 144 B 145 0.04 0.14 0.15 0.04 * P 145 D P 145 B P 145 B 146 0.05 0.26 0.19 0.06 * P 146 D P 146 B P 146 B 147 0.06 0.26 0.16 0.05 * L 147 D L 147 B L 147 B 148 0.07 0.40 0.24 0.05 * P 148 D P 148 B P 148 B 149 0.06 0.34 0.36 0.10 * P 149 D P 149 B P 149 B 150 0.07 0.34 0.34 0.09 * A 150 D A 150 B A 150 B ------------------------------------------------------------------------------ SALIGN_____> adding the next group to the alignment; iteration 4 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 120 120 2.1786 2.1786 0.0418 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 2 121 123 1.7207 1.8843 0.0062 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 3 123 123 1.7705 1.7705 0.0014 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 4 124 124 1.8152 1.8152 0.0001 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 5 124 124 1.8143 1.8143 0.0000 Current alignment total score: 92 pos_scr ... position-position dissimilarity from the dynamic programming matrix avr_avr ... distance between the two averages avr_dst ... for all aligned structures, average distance to the average structure std_dev ... for all aligned structures, standard deviation of distance to ave str group: 1 1 2 2 2 N pos_scr avr_ave avr_dst std_dev 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A ------------------------------------------------------------------------------ 1 0.00 0.00 0.12 0.04 - M 1 D M 1 B M 1 B - 2 0.00 0.00 0.12 0.04 - L 2 D L 2 B L 2 B - 3 0.00 0.00 0.08 0.04 - Y 3 D Y 3 B Y 3 B - 4 0.00 0.00 0.11 0.05 - H 4 D H 4 B H 4 B - 5 0.00 0.00 0.10 0.04 - L 5 D L 5 B L 5 B - 6 0.00 0.00 0.11 0.05 - F 6 D F 6 B F 6 B - 7 0.00 0.00 0.14 0.08 - V 7 D V 7 B V 7 B - 8 0.57 4.10 1.97 0.40 D 2 A N 8 D N 8 B N 8 B D 2 A 9 0.48 2.54 1.23 0.26 R 3 A N 9 D N 9 B N 9 B R 3 A 10 0.71 4.79 2.30 0.47 A 4 A Q 10 D Q 10 B Q 10 B A 4 A 11 0.62 2.93 1.41 0.29 E 5 A V 11 D V 11 B V 11 B E 5 A 12 0.74 4.21 2.03 0.41 V 6 A K 12 D K 12 B K 12 B V 6 A 13 0.85 3.98 1.91 0.39 R 7 A L 13 D L 13 B L 13 B R 7 A 14 0.71 4.74 2.28 0.46 N 8 A Q 14 D Q 14 B Q 14 B N 8 A 15 0.74 3.68 1.77 0.38 I 9 A N 15 D N 15 B N 15 B I 9 A 16 0.48 1.86 0.89 0.19 P 10 A D 16 D D 16 B D 16 B P 10 A 17 0.29 1.13 0.54 0.12 * F 11 A F 17 D F 17 B F 17 B F 11 A 18 0.35 1.73 0.83 0.18 * K 12 A K 18 D K 18 B K 18 B K 12 A 19 0.41 1.16 0.56 0.11 L 13 A P 19 D P 19 B P 19 B L 13 A 20 0.26 0.52 0.25 0.11 G 14 A E 20 D E 20 B E 20 B G 14 A 21 0.32 1.28 0.62 0.13 M 15 A S 21 D S 21 B S 21 B M 15 A 22 0.43 0.59 0.29 0.06 Y 16 A V 22 D V 22 B V 22 B Y 16 A 23 0.18 0.46 0.23 0.05 L 17 A A 23 D A 23 B A 23 B L 17 A 24 0.37 0.28 0.15 0.04 T 18 A A 24 D A 24 B A 24 B T 18 A 25 0.13 0.45 0.22 0.08 V 19 A I 25 D I 25 B I 25 B V 19 A 26 0.44 0.52 0.25 0.08 G 20 A R 26 D R 26 B R 26 B G 20 A 27 0.27 1.03 0.50 0.10 G 21 A S 27 D S 27 B S 27 B G 21 A 28 0.00 0.00 0.16 0.04 - S 28 D S 28 B S 28 B - 29 0.97 2.94 1.42 0.30 V 22 A A 29 D A 29 B A 29 B V 22 A 30 0.75 3.48 1.68 0.34 V 23 A F 30 D F 30 B F 30 B V 23 A 31 0.58 2.60 1.26 0.30 * N 24 A N 31 D N 31 B N 31 B N 24 A 32 0.70 3.69 1.78 0.40 * S 25 A S 32 D S 32 B S 32 B S 25 A 33 0.32 1.75 0.87 0.24 N 26 A K 33 D K 33 B K 33 B N 26 A 34 0.25 1.04 0.54 0.09 A 27 A G 34 D G 34 B G 34 B A 27 A 35 0.35 1.53 0.75 0.14 T 28 A G 35 D G 35 B G 35 B T 28 A 36 0.29 1.06 0.51 0.15 R 29 A T 36 D T 36 B T 36 B R 29 A 37 0.22 0.20 0.12 0.03 F 30 A T 37 D T 37 B T 37 B F 30 A 38 0.30 1.36 0.65 0.15 S 31 A V 38 D V 38 B V 38 B S 31 A 39 0.29 1.50 0.72 0.15 I 32 A F 39 D F 39 B F 39 B I 32 A 40 0.17 0.97 0.47 0.10 * N 33 A N 40 D N 40 B N 40 B N 33 A 41 0.22 0.71 0.35 0.07 V 34 A F 41 D F 41 B F 41 B V 34 A 42 0.40 1.41 0.68 0.14 G 35 A L 42 D L 42 B L 42 B G 35 A 43 0.65 2.11 1.02 0.22 E 36 A S 43 D S 43 B S 43 B E 36 A 44 1.13 6.31 3.03 0.62 S 37 A A 44 D A 44 B A 44 B S 37 A 45 1.28 9.47 4.55 0.93 T 38 A G 45 D G 45 B G 45 B T 38 A 46 1.01 5.32 2.56 0.53 D 39 A E 46 D E 46 B E 46 B D 39 A 47 0.60 2.01 0.97 0.22 S 40 A N 47 D N 47 B N 47 B S 40 A 48 0.37 0.75 0.36 0.08 * I 41 A I 48 D I 48 B I 48 B I 41 A 49 0.22 0.75 0.36 0.08 A 42 A L 49 D L 49 B L 49 B A 42 A 50 0.38 0.61 0.30 0.08 M 43 A L 50 D L 50 B L 50 B M 43 A 51 0.10 0.53 0.26 0.07 * H 44 A H 51 D H 51 B H 51 B H 44 A 52 0.21 0.86 0.42 0.09 M 45 A I 52 D I 52 B I 52 B M 45 A 53 0.21 0.84 0.41 0.08 D 46 A S 53 D S 53 B S 53 B D 46 A 54 0.28 0.83 0.40 0.11 H 47 A I 54 D I 54 B I 54 B H 47 A 55 0.09 0.50 0.27 0.08 * R 48 A R 55 D R 55 B R 55 B R 48 A 56 0.29 0.84 0.45 0.12 F 49 A P 56 D P 56 B P 56 B F 49 A 57 0.39 1.29 0.66 0.19 S 50 A G 57 D G 57 B G 57 B S 50 A 58 0.00 0.00 0.05 0.00 Y 51 A - - - Y 51 A 59 0.00 0.00 0.04 0.00 G 52 A - - - G 52 A 60 0.00 0.00 0.06 0.00 A 53 A - - - A 53 A 61 0.00 0.00 0.05 0.00 D 54 A - - - D 54 A 62 0.47 1.97 0.97 0.23 Q 55 A E 58 D E 58 B E 58 B Q 55 A 63 0.25 1.39 0.67 0.18 * N 56 A N 59 D N 59 B N 59 B N 56 A 64 0.14 0.78 0.39 0.08 * V 57 A V 60 D V 60 B V 60 B V 57 A 65 0.18 0.85 0.41 0.09 L 58 A I 61 D I 61 B I 61 B L 58 A 66 0.11 0.71 0.35 0.08 * V 59 A V 62 D V 62 B V 62 B V 59 A 67 0.16 0.57 0.29 0.05 L 60 A F 63 D F 63 B F 63 B L 60 A 68 0.12 0.57 0.29 0.06 * N 61 A N 64 D N 64 B N 64 B N 61 A 69 0.13 0.68 0.33 0.09 * S 62 A S 65 D S 65 B S 65 B S 62 A 70 0.52 1.94 0.94 0.24 L 63 A R 66 D R 66 B R 66 B L 63 A 71 0.48 1.25 0.62 0.11 V 64 A L 67 D L 67 B L 67 B V 64 A 72 0.56 1.53 0.75 0.17 H 65 A K 68 D K 68 B K 68 B H 65 A 73 0.27 1.39 0.81 0.43 * N 66 A N 69 D N 69 B N 69 B N 66 A 74 0.37 1.48 0.80 0.17 V 67 A G 70 D G 70 B G 70 B V 67 A 75 0.34 1.92 1.07 0.27 G 68 A A 71 D A 71 B A 71 B G 68 A 76 0.15 1.12 0.61 0.16 * W 69 A W 72 D W 72 B W 72 B W 69 A 77 0.28 1.14 0.61 0.21 Q 70 A G 73 D G 73 B G 73 B Q 70 A 78 0.26 0.96 0.54 0.13 Q 71 A P 74 D P 74 B P 74 B Q 71 A 79 0.12 0.65 0.33 0.11 * E 72 A E 75 D E 75 B E 75 B E 72 A 80 0.12 0.70 0.34 0.10 * E 73 A E 76 D E 76 B E 76 B E 73 A 81 0.12 0.71 0.37 0.09 * R 74 A R 77 D R 77 B R 77 B R 74 A 82 0.25 0.72 0.36 0.10 S 75 A I 78 D I 78 B I 78 B S 75 A 83 0.39 1.90 0.92 0.22 K 76 A P 79 D P 79 B P 79 B K 76 A 84 0.99 5.16 2.48 0.51 K 77 A Y 80 D Y 80 B Y 80 B K 77 A 85 0.81 3.14 1.54 0.29 F 78 A A 81 D A 81 B A 81 B F 78 A 86 0.51 2.48 1.24 0.21 P 79 A E 82 D E 82 B E 82 B P 79 A 87 0.98 4.72 2.27 0.47 F 80 A K 83 D K 83 B K 83 B F 80 A 88 1.36 6.10 2.93 0.60 T 81 A F 84 D F 84 B F 84 B T 81 A 89 1.54 9.82 4.71 0.96 K 82 A R 85 D R 85 B R 85 B K 82 A 90 1.03 7.12 3.42 0.70 G 83 A P 86 D P 86 B P 86 B G 83 A 91 0.93 3.67 1.76 0.37 D 84 A P 87 D P 87 B P 87 B D 84 A 92 0.57 2.57 1.23 0.25 H 85 A N 88 D N 88 B N 88 B H 85 A 93 0.31 1.02 0.49 0.11 F 86 A P 89 D P 89 B P 89 B F 86 A 94 0.25 0.94 0.45 0.11 Q 87 A S 90 D S 90 B S 90 B Q 87 A 95 0.27 1.19 0.58 0.15 T 88 A I 91 D I 91 B I 91 B T 88 A 96 0.15 0.95 0.46 0.12 * T 89 A T 92 D T 92 B T 92 B T 89 A 97 0.15 0.68 0.33 0.08 I 90 A V 93 D V 93 B V 93 B I 90 A 98 0.27 0.88 0.43 0.10 T 91 A I 94 D I 94 B I 94 B T 91 A 99 0.40 1.51 0.74 0.14 F 92 A D 95 D D 95 B D 95 B F 92 A 100 0.47 2.60 1.25 0.27 D 93 A H 96 D H 96 B H 96 B D 93 A 101 0.64 2.90 1.40 0.28 T 94 A G 97 D G 97 B G 97 B T 94 A 102 0.49 1.58 0.77 0.15 H 95 A D 98 D D 98 B D 98 B H 95 A 103 0.24 0.73 0.37 0.08 T 96 A R 99 D R 99 B R 99 B T 96 A 104 0.12 0.74 0.36 0.13 * F 97 A F 100 D F 100 B F 100 B F 97 A 105 0.24 0.53 0.29 0.04 Y 98 A Q 101 D Q 101 B Q 101 B Y 98 A 106 0.10 0.59 0.31 0.07 * I 99 A I 102 D I 102 B I 102 B I 99 A 107 0.24 0.98 0.48 0.12 Q 100 A R 103 D R 103 B R 103 B Q 100 A 108 0.21 0.97 0.47 0.10 L 101 A F 104 D F 104 B F 104 B L 101 A 109 0.50 0.93 0.45 0.10 S 102 A D 105 D D 105 B D 105 B S 102 A 110 0.44 1.89 0.92 0.18 N 103 A Y 106 D Y 106 B Y 106 B N 103 A 111 0.83 4.91 2.37 0.49 * G 104 A G 107 D G 107 B G 107 B G 104 A 112 0.63 2.23 1.08 0.23 E 105 A T 108 D T 108 B T 108 B E 105 A 113 0.35 0.85 0.43 0.10 T 106 A S 109 D S 109 B S 109 B T 106 A 114 0.16 0.60 0.32 0.07 V 107 A I 110 D I 110 B I 110 B V 107 A 115 0.25 0.72 0.36 0.07 E 108 A Y 111 D Y 111 B Y 111 B E 108 A 116 0.18 0.80 0.40 0.07 F 109 A Y 112 D Y 112 B Y 112 B F 109 A 117 0.30 1.20 0.59 0.11 P 110 A N 113 D N 113 B N 113 B P 110 A 118 0.21 0.62 0.32 0.05 N 111 A K 114 D K 114 B K 114 B N 111 A 119 0.15 0.53 0.32 0.05 * R 112 A R 115 D R 115 B R 115 B R 112 A 120 0.46 1.50 0.74 0.15 N 113 A I 116 D I 116 B I 116 B N 113 A 121 0.35 2.52 1.24 0.29 * K 114 A K 117 D K 117 B K 117 B K 114 A 122 0.39 2.44 1.18 0.26 D 115 A E 118 D E 118 B E 118 B D 115 A 123 0.00 0.00 0.08 0.00 A 116 A - - - A 116 A 124 0.63 1.88 0.91 0.20 A 117 A N 119 D N 119 B N 119 B A 117 A 125 0.48 0.70 0.35 0.06 F 118 A A 120 D A 120 B A 120 B F 118 A 126 0.48 0.46 0.23 0.07 N 119 A A 121 D A 121 B A 121 B N 119 A 127 0.46 0.87 0.42 0.08 L 120 A A 122 D A 122 B A 122 B L 120 A 128 0.12 0.70 0.34 0.08 * I 121 A I 123 D I 123 B I 123 B I 121 A 129 0.34 1.64 0.79 0.18 Y 122 A A 124 D A 124 B A 124 B Y 122 A 130 0.29 1.40 0.68 0.15 L 123 A Y 125 D Y 125 B Y 125 B L 123 A 131 0.27 0.97 0.48 0.10 A 124 A N 126 D N 126 B N 126 B A 124 A 132 0.68 0.99 0.52 0.13 G 125 A A 127 D A 127 B A 127 B G 125 A 133 0.76 5.21 2.50 0.52 D 126 A E 128 D E 128 B E 128 B D 126 A 134 0.00 0.00 0.25 0.09 - N 129 D N 129 B N 129 B - 135 0.00 0.00 0.09 0.03 - S 130 D S 130 B S 130 B - 136 0.00 0.00 0.15 0.05 - L 131 D L 131 B L 131 B - 137 0.00 0.00 0.15 0.04 - F 132 D F 132 B F 132 B - 138 0.92 4.81 2.31 0.48 A 127 A S 133 D S 133 B S 133 B A 127 A 139 0.86 2.99 1.44 0.30 R 128 A S 134 D S 134 B S 134 B R 128 A 140 0.69 3.66 1.76 0.36 L 129 A P 135 D P 135 B P 135 B L 129 A 141 0.74 3.23 1.55 0.32 T 130 A V 136 D V 136 B V 136 B T 130 A 142 0.59 1.41 0.68 0.14 F 131 A T 137 D T 137 B T 137 B F 131 A 143 0.43 1.25 0.61 0.12 * V 132 A V 138 D V 138 B V 138 B V 132 A 144 0.23 0.66 0.34 0.05 R 133 A D 139 D D 139 B D 139 B R 133 A 145 0.12 0.23 0.14 0.04 L 134 A V 140 D V 140 B V 140 B L 134 A 146 0.28 1.14 0.55 0.11 E 135 A H 141 D H 141 B H 141 B E 135 A 147 0.00 0.00 0.06 0.03 - G 142 D G 142 B G 142 B - 148 0.00 0.00 0.04 0.01 - L 143 D L 143 B L 143 B - 149 0.00 0.00 0.10 0.04 - L 144 D L 144 B L 144 B - 150 0.00 0.00 0.15 0.04 - P 145 D P 145 B P 145 B - 151 0.00 0.00 0.19 0.06 - P 146 D P 146 B P 146 B - 152 0.00 0.00 0.16 0.05 - L 147 D L 147 B L 147 B - 153 0.00 0.00 0.24 0.05 - P 148 D P 148 B P 148 B - 154 0.00 0.00 0.36 0.10 - P 149 D P 149 B P 149 B - 155 0.00 0.00 0.34 0.09 - A 150 D A 150 B A 150 B - ------------------------------------------------------------------------------ SALIGN______> Raw QUALITY_SCORE of the multiple alignment: 124.8 QUALITY_SCORE (percentage) : 89.6 Number of unique protein pairs : 10 QUALITY_SCORE_min : 109 RMS_CUTOFF : 3.5000 QS is the average number of structurally equivalent residue pairs. Two residues are equivalent when closer than RMS_CUTOFF upon pairwise least-squares superposition given current alignment. SALIGN______> Matrix of pairwise equivalences from individual pairwise alignments: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 111 110 111 134 1uldD 0 0 150 150 110 1ulfB 0 0 0 150 109 1ulgB 0 0 0 0 111 1is5A 0 0 0 0 0 SALIGN______> Matrix of pairwise equivalences: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 111 110 112 134 1uldD 0 0 150 150 110 1ulfB 0 0 0 150 109 1ulgB 0 0 0 0 112 1is5A 0 0 0 0 0 SALIGN______> Matrix of differences in pairwise equivalences inferred from the tree and individually: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 0 0 1 0 1uldD 0 0 0 0 0 1ulfB 0 0 0 0 0 1ulgB 0 0 0 0 1 1is5A 0 0 0 0 0 SALIGN______> Matrix of %differences in pairwise equivalences inferred from the tree and individually: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 0 0 1 0 1uldD 0 0 0 0 0 1ulfB 0 0 0 0 0 1ulgB 0 0 0 0 1 1is5A 0 0 0 0 0 ALIGN_CODES : 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A Atom type for alignment (FIT_ATOMS) : CA FIT : T IMPROVE_ALIGNMENT : T WATER_IO, HETATM_IO, HYDROGEN_IO : F F F NO_TER : F OUTPUT : ALIGNMENT QUALITY FIT_ON_FIRST : F WRITE_FIT : T FIT_PDBNAM : T WRITE_WHOLE_PDB : F CURRENT_DIRECTORY : T Feature weights (FEATURE_WEIGHTS) : 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.0000 NORMALIZE_PP_SCORES : F Gap initiation penalty (GAP_PENALTIES[1]) : -450.0000 Gap extension penalty (GAP_PENALTIES[2]) : -50.0000 Break-break bonus : 10000.0000 Gap_function (align2d flag) : F 2-D Gap penalties : 3.50 3.50 3.50 0.20 4.00 6.50 2.00 0.00 GAP-GAP_SCORE : 0.0000 GAP-RESIDUE_SCORE : 0.0000 Perform gap-residue and gap-gap correction : T Residue type - residue type file (RR_FILE) : $(LIB)/as1.sim.mat OFF_DIAGONAL : 100 OVERHANG : 30 LOCAL_ALIGNMENT : F MATRIX_OFFSET : 0.0000 N_SUBOPT : 0 SUBOPT_OFFSET : 0.0000 Gap introduction penalty (GAP_PENALTIES_3D_1) : 0.0000 Gap extension penalty (GAP_PENALTIES_3D_2) : 3.0000 Max dist for equiv (2 * GAP_PENALTIES_3D_2) : 6.0000 ALIGN3D_TRF : F RMS_CUTOFF : 3.5 salign__276_> 'align_block' changed to 1. mkapsa__637W> No residue topology library is in memory. Better radii would be used if topology.read() is called first. openf___224_> Open $(LIB)/as1.sim.mat rdrrwgh_268_> Number of residue types: 20 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 122 122 1.7237 1.7237 0.0010 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 2 124 124 1.8358 1.8358 0.0001 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 3 124 124 1.8358 1.8358 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 122 122 1.7398 1.7398 0.0011 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 2 124 124 1.8459 1.8459 0.0001 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 3 124 124 1.8459 1.8459 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 122 123 1.6967 1.7744 0.0009 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 2 123 123 1.7646 1.7646 0.0001 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 3 123 123 1.7614 1.7614 0.0001 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 134 134 0.1238 0.1238 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 150 150 0.3062 0.3062 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 150 150 0.3143 0.3143 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 122 122 1.7216 1.7216 0.0010 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 2 124 124 1.8252 1.8252 0.0001 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 3 124 124 1.8252 1.8252 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 150 150 0.4088 0.4088 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 122 122 1.7416 1.7416 0.0011 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 2 124 124 1.8389 1.8389 0.0001 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 3 124 124 1.8389 1.8389 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 122 122 1.6888 1.6888 0.0010 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 2 123 123 1.7489 1.7489 0.0000 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 3 124 124 1.7945 1.7945 0.0001 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 4 124 124 1.7945 1.7945 0.0000 SALIGN______> Matrix of pairwise protein distances for the initial tree: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0.000 0.713 0.722 0.718 0.056 1uldD 0.713 0.000 0.089 0.091 0.720 1ulfB 0.722 0.089 0.000 0.095 0.720 1ulgB 0.718 0.091 0.095 0.000 0.713 1is5A 0.056 0.720 0.720 0.713 0.000 SALIGN____> Matrix of pairwise equivalences: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 111 110 112 134 1uldD 0 0 150 150 110 1ulfB 0 0 0 150 109 1ulgB 0 0 0 0 112 1is5A 0 0 0 0 0 openf___224_> Open 1is3A.tree .--- 1is4A 0.0555 | .---------------------------------------------------------- 1is5A 0.7173 | | .------ 1uldD 0.0895 | | | .------ 1ulfB 0.0932 | | .------------------------------------------------------------ 1ulgB +----+----+----+----+----+----+----+----+----+----+----+----+ 0.7438 0.6246 0.5055 0.3864 0.2673 0.1482 0.0290 0.6842 0.5651 0.4460 0.3268 0.2077 0.0886 SALIGN_____> adding the next group to the alignment; iteration 1 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 134 134 0.1238 0.1238 0.0000 Current alignment total score: 7.437 pos_scr ... position-position dissimilarity from the dynamic programming matrix avr_avr ... distance between the two averages avr_dst ... for all aligned structures, average distance to the average structure std_dev ... for all aligned structures, standard deviation of distance to ave str group: 1 2 N pos_scr avr_ave avr_dst std_dev 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A ------------------------------------------------------------------------------ 1 0.11 0.41 0.20 0.00 * D 2 A D 2 A 2 0.10 0.36 0.18 0.00 * R 3 A R 3 A 3 0.06 0.12 0.06 0.00 * A 4 A A 4 A 4 0.04 0.06 0.03 0.00 * E 5 A E 5 A 5 0.04 0.05 0.03 0.00 * V 6 A V 6 A 6 0.04 0.05 0.03 0.00 * R 7 A R 7 A 7 0.06 0.08 0.04 0.00 * N 8 A N 8 A 8 0.24 0.04 0.02 0.00 * I 9 A I 9 A 9 0.23 0.08 0.04 0.00 * P 10 A P 10 A 10 0.23 0.03 0.01 0.00 * F 11 A F 11 A 11 0.24 0.05 0.02 0.00 * K 12 A K 12 A 12 0.24 0.10 0.05 0.00 * L 13 A L 13 A 13 0.06 0.23 0.12 0.00 * G 14 A G 14 A 14 0.06 0.08 0.04 0.00 * M 15 A M 15 A 15 0.04 0.10 0.05 0.00 * Y 16 A Y 16 A 16 0.03 0.06 0.03 0.00 * L 17 A L 17 A 17 0.04 0.08 0.04 0.00 * T 18 A T 18 A 18 0.04 0.06 0.03 0.00 * V 19 A V 19 A 19 0.02 0.07 0.03 0.00 * G 20 A G 20 A 20 0.02 0.07 0.03 0.00 * G 21 A G 21 A 21 0.04 0.08 0.04 0.00 * V 22 A V 22 A 22 0.03 0.04 0.02 0.00 * V 23 A V 23 A 23 0.06 0.11 0.05 0.00 * N 24 A N 24 A 24 0.06 0.16 0.08 0.00 * S 25 A S 25 A 25 0.05 0.08 0.04 0.00 * N 26 A N 26 A 26 0.04 0.07 0.04 0.00 * A 27 A A 27 A 27 0.05 0.11 0.05 0.00 * T 28 A T 28 A 28 0.05 0.12 0.06 0.00 * R 29 A R 29 A 29 0.03 0.06 0.03 0.00 * F 30 A F 30 A 30 0.04 0.06 0.03 0.00 * S 31 A S 31 A 31 0.04 0.06 0.03 0.00 * I 32 A I 32 A 32 0.06 0.08 0.04 0.00 * N 33 A N 33 A 33 0.04 0.06 0.03 0.00 * V 34 A V 34 A 34 0.05 0.18 0.09 0.00 * G 35 A G 35 A 35 0.08 0.26 0.13 0.00 * E 36 A E 36 A 36 0.08 0.25 0.12 0.00 * S 37 A S 37 A 37 0.07 0.21 0.11 0.00 * T 38 A T 38 A 38 0.04 0.08 0.04 0.00 * D 39 A D 39 A 39 0.13 0.01 0.01 0.00 * S 40 A S 40 A 40 0.04 0.04 0.02 0.00 * I 41 A I 41 A 41 0.06 0.12 0.06 0.00 * A 42 A A 42 A 42 0.07 0.09 0.05 0.00 * M 43 A M 43 A 43 0.06 0.15 0.07 0.00 * H 44 A H 44 A 44 0.06 0.09 0.04 0.00 * M 45 A M 45 A 45 0.04 0.04 0.02 0.00 * D 46 A D 46 A 46 0.03 0.02 0.01 0.00 * H 47 A H 47 A 47 0.06 0.15 0.07 0.00 * R 48 A R 48 A 48 0.05 0.14 0.07 0.00 * F 49 A F 49 A 49 0.05 0.14 0.07 0.00 * S 50 A S 50 A 50 0.04 0.10 0.05 0.00 * Y 51 A Y 51 A 51 0.03 0.08 0.04 0.00 * G 52 A G 52 A 52 0.05 0.12 0.06 0.00 * A 53 A A 53 A 53 0.04 0.10 0.05 0.00 * D 54 A D 54 A 54 0.04 0.03 0.02 0.00 * Q 55 A Q 55 A 55 0.05 0.07 0.03 0.00 * N 56 A N 56 A 56 0.05 0.12 0.06 0.00 * V 57 A V 57 A 57 0.05 0.13 0.07 0.00 * L 58 A L 58 A 58 0.05 0.12 0.06 0.00 * V 59 A V 59 A 59 0.03 0.05 0.02 0.00 * L 60 A L 60 A 60 0.05 0.08 0.04 0.00 * N 61 A N 61 A 61 0.05 0.10 0.05 0.00 * S 62 A S 62 A 62 0.05 0.14 0.07 0.00 * L 63 A L 63 A 63 0.05 0.11 0.05 0.00 * V 64 A V 64 A 64 0.07 0.19 0.10 0.00 * H 65 A H 65 A 65 0.07 0.17 0.08 0.00 * N 66 A N 66 A 66 0.04 0.05 0.02 0.00 * V 67 A V 67 A 67 0.03 0.10 0.05 0.00 * G 68 A G 68 A 68 0.04 0.13 0.07 0.00 * W 69 A W 69 A 69 0.07 0.20 0.10 0.00 * Q 70 A Q 70 A 70 0.10 0.37 0.18 0.00 * Q 71 A Q 71 A 71 0.08 0.27 0.13 0.00 * E 72 A E 72 A 72 0.04 0.05 0.03 0.00 * E 73 A E 73 A 73 0.04 0.08 0.04 0.00 * R 74 A R 74 A 74 0.04 0.08 0.04 0.00 * S 75 A S 75 A 75 0.08 0.24 0.12 0.00 * K 76 A K 76 A 76 0.05 0.10 0.05 0.00 * K 77 A K 77 A 77 0.04 0.10 0.05 0.00 * F 78 A F 78 A 78 0.04 0.12 0.06 0.00 * P 79 A P 79 A 79 0.04 0.10 0.05 0.00 * F 80 A F 80 A 80 0.05 0.12 0.06 0.00 * T 81 A T 81 A 81 0.05 0.11 0.06 0.00 * K 82 A K 82 A 82 0.04 0.16 0.08 0.00 * G 83 A G 83 A 83 0.05 0.11 0.06 0.00 * D 84 A D 84 A 84 0.04 0.04 0.02 0.00 * H 85 A H 85 A 85 0.05 0.11 0.06 0.00 * F 86 A F 86 A 86 0.05 0.12 0.06 0.00 * Q 87 A Q 87 A 87 0.03 0.03 0.01 0.00 * T 88 A T 88 A 88 0.06 0.16 0.08 0.00 * T 89 A T 89 A 89 0.05 0.11 0.06 0.00 * I 90 A I 90 A 90 0.07 0.20 0.10 0.00 * T 91 A T 91 A 91 0.04 0.07 0.03 0.00 * F 92 A F 92 A 92 0.03 0.05 0.02 0.00 * D 93 A D 93 A 93 0.03 0.02 0.01 0.00 * T 94 A T 94 A 94 0.04 0.06 0.03 0.00 * H 95 A H 95 A 95 0.05 0.11 0.06 0.00 * T 96 A T 96 A 96 0.03 0.06 0.03 0.00 * F 97 A F 97 A 97 0.02 0.03 0.02 0.00 * Y 98 A Y 98 A 98 0.04 0.05 0.03 0.00 * I 99 A I 99 A 99 0.05 0.11 0.05 0.00 * Q 100 A Q 100 A 100 0.04 0.12 0.06 0.00 * L 101 A L 101 A 101 0.06 0.17 0.08 0.00 * S 102 A S 102 A 102 0.06 0.12 0.06 0.00 * N 103 A N 103 A 103 0.04 0.15 0.08 0.00 * G 104 A G 104 A 104 0.05 0.11 0.05 0.00 * E 105 A E 105 A 105 0.06 0.16 0.08 0.00 * T 106 A T 106 A 106 0.05 0.15 0.07 0.00 * V 107 A V 107 A 107 0.04 0.05 0.02 0.00 * E 108 A E 108 A 108 0.04 0.10 0.05 0.00 * F 109 A F 109 A 109 0.04 0.10 0.05 0.00 * P 110 A P 110 A 110 0.05 0.08 0.04 0.00 * N 111 A N 111 A 111 0.07 0.19 0.10 0.00 * R 112 A R 112 A 112 0.06 0.11 0.06 0.00 * N 113 A N 113 A 113 0.06 0.14 0.07 0.00 * K 114 A K 114 A 114 0.05 0.14 0.07 0.00 * D 115 A D 115 A 115 0.06 0.15 0.08 0.00 * A 116 A A 116 A 116 0.05 0.08 0.04 0.00 * A 117 A A 117 A 117 0.03 0.05 0.02 0.00 * F 118 A F 118 A 118 0.05 0.06 0.03 0.00 * N 119 A N 119 A 119 0.03 0.07 0.03 0.00 * L 120 A L 120 A 120 0.04 0.07 0.04 0.00 * I 121 A I 121 A 121 0.03 0.05 0.02 0.00 * Y 122 A Y 122 A 122 0.04 0.10 0.05 0.00 * L 123 A L 123 A 123 0.05 0.11 0.05 0.00 * A 124 A A 124 A 124 0.02 0.06 0.03 0.00 * G 125 A G 125 A 125 0.04 0.07 0.03 0.00 * D 126 A D 126 A 126 0.05 0.11 0.06 0.00 * A 127 A A 127 A 127 0.03 0.03 0.01 0.00 * R 128 A R 128 A 128 0.04 0.07 0.04 0.00 * L 129 A L 129 A 129 0.03 0.03 0.02 0.00 * T 130 A T 130 A 130 0.03 0.03 0.02 0.00 * F 131 A F 131 A 131 0.04 0.06 0.03 0.00 * V 132 A V 132 A 132 0.03 0.01 0.01 0.00 * R 133 A R 133 A 133 0.04 0.08 0.04 0.00 * L 134 A L 134 A 134 0.05 0.08 0.04 0.00 * E 135 A E 135 A ------------------------------------------------------------------------------ SALIGN_____> adding the next group to the alignment; iteration 2 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 150 150 0.3062 0.3062 0.0000 Current alignment total score: 13.42 pos_scr ... position-position dissimilarity from the dynamic programming matrix avr_avr ... distance between the two averages avr_dst ... for all aligned structures, average distance to the average structure std_dev ... for all aligned structures, standard deviation of distance to ave str group: 1 2 N pos_scr avr_ave avr_dst std_dev 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A ------------------------------------------------------------------------------ 1 0.09 0.24 0.12 0.00 * M 1 D M 1 B 2 0.06 0.20 0.10 0.00 * L 2 D L 2 B 3 0.05 0.15 0.08 0.00 * Y 3 D Y 3 B 4 0.05 0.13 0.06 0.00 * H 4 D H 4 B 5 0.05 0.13 0.07 0.00 * L 5 D L 5 B 6 0.05 0.13 0.06 0.00 * F 6 D F 6 B 7 0.06 0.17 0.08 0.00 * V 7 D V 7 B 8 0.08 0.17 0.09 0.00 * N 8 D N 8 B 9 0.08 0.20 0.10 0.00 * N 9 D N 9 B 10 0.05 0.10 0.05 0.00 * Q 10 D Q 10 B 11 0.05 0.15 0.07 0.00 * V 11 D V 11 B 12 0.06 0.16 0.08 0.00 * K 12 D K 12 B 13 0.06 0.16 0.08 0.00 * L 13 D L 13 B 14 0.07 0.19 0.09 0.00 * Q 14 D Q 14 B 15 0.09 0.23 0.11 0.00 * N 15 D N 15 B 16 0.23 0.03 0.02 0.00 * D 16 D D 16 B 17 0.25 0.12 0.06 0.00 * F 17 D F 17 B 18 0.28 0.24 0.12 0.00 * K 18 D K 18 B 19 0.26 0.21 0.11 0.00 * P 19 D P 19 B 20 0.28 0.23 0.12 0.00 * E 20 D E 20 B 21 0.05 0.12 0.06 0.00 * S 21 D S 21 B 22 0.05 0.11 0.06 0.00 * V 22 D V 22 B 23 0.05 0.09 0.04 0.00 * A 23 D A 23 B 24 0.05 0.08 0.04 0.00 * A 24 D A 24 B 25 0.06 0.16 0.08 0.00 * I 25 D I 25 B 26 0.05 0.12 0.06 0.00 * R 26 D R 26 B 27 0.07 0.24 0.12 0.00 * S 27 D S 27 B 28 0.08 0.27 0.13 0.00 * S 28 D S 28 B 29 0.10 0.33 0.16 0.00 * A 29 D A 29 B 30 0.13 0.46 0.23 0.00 * F 30 D F 30 B 31 0.13 0.35 0.18 0.00 * N 31 D N 31 B 32 0.14 0.53 0.26 0.00 * S 32 D S 32 B 33 0.14 0.49 0.25 0.00 * K 33 D K 33 B 34 0.05 0.15 0.07 0.00 * G 34 D G 34 B 35 0.03 0.08 0.04 0.00 * G 35 D G 35 B 36 0.04 0.04 0.02 0.00 * T 36 D T 36 B 37 0.06 0.15 0.07 0.00 * T 37 D T 37 B 38 0.07 0.22 0.11 0.00 * V 38 D V 38 B 39 0.05 0.13 0.06 0.00 * F 39 D F 39 B 40 0.08 0.21 0.10 0.00 * N 40 D N 40 B 41 0.04 0.09 0.04 0.00 * F 41 D F 41 B 42 0.04 0.11 0.06 0.00 * L 42 D L 42 B 43 0.06 0.19 0.09 0.00 * S 43 D S 43 B 44 0.08 0.22 0.11 0.00 * A 44 D A 44 B 45 0.10 0.46 0.23 0.00 * G 45 D G 45 B 46 0.09 0.30 0.15 0.00 * E 46 D E 46 B 47 0.08 0.18 0.09 0.00 * N 47 D N 47 B 48 0.04 0.05 0.03 0.00 * I 48 D I 48 B 49 0.04 0.09 0.04 0.00 * L 49 D L 49 B 50 0.05 0.13 0.06 0.00 * L 50 D L 50 B 51 0.04 0.05 0.03 0.00 * H 51 D H 51 B 52 0.05 0.08 0.04 0.00 * I 52 D I 52 B 53 0.05 0.11 0.06 0.00 * S 53 D S 53 B 54 0.07 0.20 0.10 0.00 * I 54 D I 54 B 55 0.08 0.25 0.12 0.00 * R 55 D R 55 B 56 0.10 0.40 0.20 0.00 * P 56 D P 56 B 57 0.12 0.55 0.27 0.00 * G 57 D G 57 B 58 0.15 0.57 0.29 0.00 * E 58 D E 58 B 59 0.12 0.41 0.20 0.00 * N 59 D N 59 B 60 0.07 0.19 0.09 0.00 * V 60 D V 60 B 61 0.06 0.13 0.07 0.00 * I 61 D I 61 B 62 0.05 0.10 0.05 0.00 * V 62 D V 62 B 63 0.06 0.17 0.09 0.00 * F 63 D F 63 B 64 0.07 0.12 0.06 0.00 * N 64 D N 64 B 65 0.07 0.21 0.11 0.00 * S 65 D S 65 B 66 0.32 0.46 0.23 0.00 * R 66 D R 66 B 67 0.06 0.12 0.06 0.00 * L 67 D L 67 B 68 0.11 0.37 0.18 0.00 * K 68 D K 68 B 69 0.37 1.64 0.82 0.00 * N 69 D N 69 B 70 0.09 0.33 0.16 0.00 * G 70 D G 70 B 71 0.19 0.76 0.38 0.00 * A 71 D A 71 B 72 0.12 0.53 0.26 0.00 * W 72 D W 72 B 73 0.12 0.55 0.28 0.00 * G 73 D G 73 B 74 0.09 0.38 0.19 0.00 * P 74 D P 74 B 75 0.08 0.25 0.12 0.00 * E 75 D E 75 B 76 0.09 0.28 0.14 0.00 * E 76 D E 76 B 77 0.11 0.42 0.21 0.00 * R 77 D R 77 B 78 0.10 0.36 0.18 0.00 * I 78 D I 78 B 79 0.06 0.23 0.11 0.00 * P 79 D P 79 B 80 0.06 0.18 0.09 0.00 * Y 80 D Y 80 B 81 0.09 0.27 0.13 0.00 * A 81 D A 81 B 82 0.11 0.39 0.19 0.00 * E 82 D E 82 B 83 0.08 0.22 0.11 0.00 * K 83 D K 83 B 84 0.04 0.08 0.04 0.00 * F 84 D F 84 B 85 0.05 0.13 0.06 0.00 * R 85 D R 85 B 86 0.06 0.21 0.11 0.00 * P 86 D P 86 B 87 0.05 0.14 0.07 0.00 * P 87 D P 87 B 88 0.09 0.26 0.13 0.00 * N 88 D N 88 B 89 0.06 0.20 0.10 0.00 * P 89 D P 89 B 90 0.05 0.14 0.07 0.00 * S 90 D S 90 B 91 0.06 0.16 0.08 0.00 * I 91 D I 91 B 92 0.06 0.14 0.07 0.00 * T 92 D T 92 B 93 0.04 0.04 0.02 0.00 * V 93 D V 93 B 94 0.06 0.14 0.07 0.00 * I 94 D I 94 B 95 0.06 0.16 0.08 0.00 * D 95 D D 95 B 96 0.07 0.21 0.11 0.00 * H 96 D H 96 B 97 0.27 0.31 0.15 0.00 * G 97 D G 97 B 98 0.29 0.31 0.16 0.00 * D 98 D D 98 B 99 0.08 0.23 0.12 0.00 * R 99 D R 99 B 100 0.06 0.20 0.10 0.00 * F 100 D F 100 B 101 0.06 0.13 0.07 0.00 * Q 101 D Q 101 B 102 0.05 0.08 0.04 0.00 * I 102 D I 102 B 103 0.09 0.27 0.14 0.00 * R 103 D R 103 B 104 0.05 0.13 0.06 0.00 * F 104 D F 104 B 105 0.05 0.11 0.06 0.00 * D 105 D D 105 B 106 0.09 0.36 0.18 0.00 * Y 106 D Y 106 B 107 0.06 0.21 0.10 0.00 * G 107 D G 107 B 108 0.08 0.23 0.11 0.00 * T 108 D T 108 B 109 0.07 0.17 0.09 0.00 * S 109 D S 109 B 110 0.07 0.20 0.10 0.00 * I 110 D I 110 B 111 0.06 0.21 0.11 0.00 * Y 111 D Y 111 B 112 0.05 0.13 0.07 0.00 * Y 112 D Y 112 B 113 0.07 0.15 0.08 0.00 * N 113 D N 113 B 114 0.07 0.14 0.07 0.00 * K 114 D K 114 B 115 0.13 0.39 0.20 0.00 * R 115 D R 115 B 116 0.14 0.46 0.23 0.00 * I 116 D I 116 B 117 0.22 0.91 0.45 0.00 * K 117 D K 117 B 118 0.14 0.51 0.26 0.00 * E 118 D E 118 B 119 0.09 0.23 0.11 0.00 * N 119 D N 119 B 120 0.08 0.23 0.12 0.00 * A 120 D A 120 B 121 0.04 0.06 0.03 0.00 * A 121 D A 121 B 122 0.05 0.12 0.06 0.00 * A 122 D A 122 B 123 0.05 0.09 0.04 0.00 * I 123 D I 123 B 124 0.07 0.20 0.10 0.00 * A 124 D A 124 B 125 0.06 0.19 0.09 0.00 * Y 125 D Y 125 B 126 0.10 0.26 0.13 0.00 * N 126 D N 126 B 127 0.30 0.32 0.16 0.00 * A 127 D A 127 B 128 0.07 0.18 0.09 0.00 * E 128 D E 128 B 129 0.06 0.10 0.05 0.00 * N 129 D N 129 B 130 0.06 0.18 0.09 0.00 * S 130 D S 130 B 131 0.09 0.33 0.16 0.00 * L 131 D L 131 B 132 0.09 0.32 0.16 0.00 * F 132 D F 132 B 133 0.10 0.36 0.18 0.00 * S 133 D S 133 B 134 0.08 0.25 0.13 0.00 * S 134 D S 134 B 135 0.05 0.13 0.07 0.00 * P 135 D P 135 B 136 0.05 0.14 0.07 0.00 * V 136 D V 136 B 137 0.05 0.11 0.05 0.00 * T 137 D T 137 B 138 0.06 0.16 0.08 0.00 * V 138 D V 138 B 139 0.07 0.19 0.10 0.00 * D 139 D D 139 B 140 0.07 0.21 0.10 0.00 * V 140 D V 140 B 141 0.07 0.18 0.09 0.00 * H 141 D H 141 B 142 0.04 0.16 0.08 0.00 * G 142 D G 142 B 143 0.04 0.08 0.04 0.00 * L 143 D L 143 B 144 0.07 0.24 0.12 0.00 * L 144 D L 144 B 145 0.07 0.25 0.13 0.00 * P 145 D P 145 B 146 0.11 0.43 0.21 0.00 * P 146 D P 146 B 147 0.10 0.38 0.19 0.00 * L 147 D L 147 B 148 0.12 0.52 0.26 0.00 * P 148 D P 148 B 149 0.14 0.62 0.31 0.00 * P 149 D P 149 B 150 0.16 0.62 0.31 0.00 * A 150 D A 150 B ------------------------------------------------------------------------------ SALIGN_____> adding the next group to the alignment; iteration 3 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 150 150 0.3309 0.3309 0.0000 Current alignment total score: 13.22 pos_scr ... position-position dissimilarity from the dynamic programming matrix avr_avr ... distance between the two averages avr_dst ... for all aligned structures, average distance to the average structure std_dev ... for all aligned structures, standard deviation of distance to ave str group: 1 1 2 N pos_scr avr_ave avr_dst std_dev 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A ------------------------------------------------------------------------------ 1 0.08 0.17 0.12 0.04 * M 1 D M 1 B M 1 B 2 0.06 0.21 0.12 0.04 * L 2 D L 2 B L 2 B 3 0.05 0.15 0.08 0.04 * Y 3 D Y 3 B Y 3 B 4 0.08 0.24 0.11 0.05 * H 4 D H 4 B H 4 B 5 0.06 0.20 0.10 0.04 * L 5 D L 5 B L 5 B 6 0.07 0.22 0.11 0.05 * F 6 D F 6 B F 6 B 7 0.09 0.31 0.14 0.08 * V 7 D V 7 B V 7 B 8 0.10 0.30 0.15 0.04 * N 8 D N 8 B N 8 B 9 0.08 0.19 0.12 0.00 * N 9 D N 9 B N 9 B 10 0.06 0.18 0.08 0.04 * Q 10 D Q 10 B Q 10 B 11 0.05 0.12 0.08 0.02 * V 11 D V 11 B V 11 B 12 0.07 0.21 0.12 0.02 * K 12 D K 12 B K 12 B 13 0.07 0.24 0.13 0.03 * L 13 D L 13 B L 13 B 14 0.08 0.27 0.14 0.04 * Q 14 D Q 14 B Q 14 B 15 0.10 0.29 0.15 0.06 * N 15 D N 15 B N 15 B 16 0.17 0.22 0.10 0.03 * D 16 D D 16 B D 16 B 17 0.14 0.09 0.06 0.01 * F 17 D F 17 B F 17 B 18 0.15 0.08 0.10 0.04 * K 18 D K 18 B K 18 B 19 0.14 0.13 0.10 0.03 * P 19 D P 19 B P 19 B 20 0.15 0.09 0.10 0.03 * E 20 D E 20 B E 20 B 21 0.03 0.03 0.05 0.02 * S 21 D S 21 B S 21 B 22 0.05 0.12 0.07 0.00 * V 22 D V 22 B V 22 B 23 0.07 0.18 0.09 0.03 * A 23 D A 23 B A 23 B 24 0.06 0.13 0.07 0.02 * A 24 D A 24 B A 24 B 25 0.05 0.11 0.08 0.03 * I 25 D I 25 B I 25 B 26 0.06 0.16 0.09 0.02 * R 26 D R 26 B R 26 B 27 0.06 0.12 0.11 0.03 * S 27 D S 27 B S 27 B 28 0.08 0.26 0.16 0.04 * S 28 D S 28 B S 28 B 29 0.11 0.39 0.23 0.03 * A 29 D A 29 B A 29 B 30 0.09 0.32 0.24 0.05 * F 30 D F 30 B F 30 B 31 0.15 0.50 0.27 0.04 * N 31 D N 31 B N 31 B 32 0.12 0.45 0.30 0.06 * S 32 D S 32 B S 32 B 33 0.16 0.63 0.33 0.13 * K 33 D K 33 B K 33 B 34 0.11 0.48 0.22 0.07 * G 34 D G 34 B G 34 B 35 0.09 0.37 0.17 0.06 * G 35 D G 35 B G 35 B 36 0.09 0.28 0.13 0.04 * T 36 D T 36 B T 36 B 37 0.05 0.12 0.08 0.02 * T 37 D T 37 B T 37 B 38 0.04 0.08 0.09 0.03 * V 38 D V 38 B V 38 B 39 0.05 0.12 0.07 0.02 * F 39 D F 39 B F 39 B 40 0.08 0.18 0.11 0.04 * N 40 D N 40 B N 40 B 41 0.05 0.14 0.07 0.02 * F 41 D F 41 B F 41 B 42 0.06 0.17 0.09 0.02 * L 42 D L 42 B L 42 B 43 0.04 0.07 0.08 0.02 * S 43 D S 43 B S 43 B 44 0.05 0.08 0.09 0.03 * A 44 D A 44 B A 44 B 45 0.03 0.09 0.17 0.08 * G 45 D G 45 B G 45 B 46 0.09 0.28 0.18 0.01 * E 46 D E 46 B E 46 B 47 0.11 0.35 0.17 0.07 * N 47 D N 47 B N 47 B 48 0.06 0.16 0.08 0.02 * I 48 D I 48 B I 48 B 49 0.04 0.08 0.05 0.02 * L 49 D L 49 B L 49 B 50 0.06 0.18 0.10 0.03 * L 50 D L 50 B L 50 B 51 0.06 0.13 0.06 0.02 * H 51 D H 51 B H 51 B 52 0.06 0.13 0.06 0.02 * I 52 D I 52 B I 52 B 53 0.08 0.24 0.11 0.04 * S 53 D S 53 B S 53 B 54 0.06 0.13 0.10 0.03 * I 54 D I 54 B I 54 B 55 0.10 0.31 0.18 0.03 * R 55 D R 55 B R 55 B 56 0.12 0.46 0.27 0.03 * P 56 D P 56 B P 56 B 57 0.12 0.52 0.33 0.01 * G 57 D G 57 B G 57 B 58 0.11 0.37 0.29 0.03 * E 58 D E 58 B E 58 B 59 0.10 0.25 0.20 0.03 * N 59 D N 59 B N 59 B 60 0.06 0.15 0.10 0.04 * V 60 D V 60 B V 60 B 61 0.06 0.15 0.08 0.03 * I 61 D I 61 B I 61 B 62 0.06 0.16 0.08 0.02 * V 62 D V 62 B V 62 B 63 0.06 0.17 0.10 0.03 * F 63 D F 63 B F 63 B 64 0.08 0.21 0.11 0.02 * N 64 D N 64 B N 64 B 65 0.04 0.06 0.08 0.03 * S 65 D S 65 B S 65 B 66 0.17 0.20 0.20 0.06 * R 66 D R 66 B R 66 B 67 0.12 0.45 0.20 0.07 * L 67 D L 67 B L 67 B 68 0.12 0.41 0.24 0.06 * K 68 D K 68 B K 68 B 69 0.24 0.94 0.76 0.25 * N 69 D N 69 B N 69 B 70 0.23 1.02 0.46 0.18 * G 70 D G 70 B G 70 B 71 0.33 1.43 0.65 0.36 * A 71 D A 71 B A 71 B 72 0.16 0.72 0.34 0.20 * W 72 D W 72 B W 72 B 73 0.15 0.68 0.34 0.20 * G 73 D G 73 B G 73 B 74 0.16 0.68 0.32 0.15 * P 74 D P 74 B P 74 B 75 0.08 0.21 0.13 0.04 * E 75 D E 75 B E 75 B 76 0.07 0.17 0.14 0.03 * E 76 D E 76 B E 76 B 77 0.06 0.18 0.18 0.05 * R 77 D R 77 B R 77 B 78 0.07 0.21 0.18 0.03 * I 78 D I 78 B I 78 B 79 0.08 0.28 0.16 0.02 * P 79 D P 79 B P 79 B 80 0.08 0.25 0.13 0.04 * Y 80 D Y 80 B Y 80 B 81 0.20 0.81 0.38 0.13 * A 81 D A 81 B A 81 B 82 0.21 0.85 0.38 0.20 * E 82 D E 82 B E 82 B 83 0.13 0.42 0.20 0.08 * K 83 D K 83 B K 83 B 84 0.07 0.21 0.10 0.03 * F 84 D F 84 B F 84 B 85 0.08 0.22 0.11 0.02 * R 85 D R 85 B R 85 B 86 0.09 0.33 0.17 0.03 * P 86 D P 86 B P 86 B 87 0.08 0.32 0.16 0.04 * P 87 D P 87 B P 87 B 88 0.06 0.09 0.11 0.03 * N 88 D N 88 B N 88 B 89 0.03 0.08 0.09 0.03 * P 89 D P 89 B P 89 B 90 0.06 0.19 0.11 0.02 * S 90 D S 90 B S 90 B 91 0.09 0.29 0.15 0.04 * I 91 D I 91 B I 91 B 92 0.07 0.19 0.10 0.03 * T 92 D T 92 B T 92 B 93 0.05 0.12 0.05 0.02 * V 93 D V 93 B V 93 B 94 0.05 0.10 0.07 0.01 * I 94 D I 94 B I 94 B 95 0.08 0.28 0.14 0.04 * D 95 D D 95 B D 95 B 96 0.08 0.25 0.14 0.03 * H 96 D H 96 B H 96 B 97 0.17 0.28 0.18 0.03 * G 97 D G 97 B G 97 B 98 0.16 0.19 0.15 0.05 * D 98 D D 98 B D 98 B 99 0.09 0.28 0.15 0.06 * R 99 D R 99 B R 99 B 100 0.09 0.30 0.15 0.07 * F 100 D F 100 B F 100 B 101 0.10 0.35 0.17 0.05 * Q 101 D Q 101 B Q 101 B 102 0.11 0.37 0.17 0.06 * I 102 D I 102 B I 102 B 103 0.07 0.19 0.14 0.04 * R 103 D R 103 B R 103 B 104 0.06 0.16 0.09 0.01 * F 104 D F 104 B F 104 B 105 0.07 0.20 0.10 0.03 * D 105 D D 105 B D 105 B 106 0.07 0.24 0.18 0.03 * Y 106 D Y 106 B Y 106 B 107 0.12 0.53 0.26 0.07 * G 107 D G 107 B G 107 B 108 0.09 0.30 0.16 0.04 * T 108 D T 108 B T 108 B 109 0.10 0.36 0.16 0.09 * S 109 D S 109 B S 109 B 110 0.09 0.32 0.16 0.08 * I 110 D I 110 B I 110 B 111 0.06 0.17 0.11 0.03 * Y 111 D Y 111 B Y 111 B 112 0.08 0.30 0.14 0.06 * Y 112 D Y 112 B Y 112 B 113 0.11 0.34 0.16 0.06 * N 113 D N 113 B N 113 B 114 0.09 0.27 0.13 0.05 * K 114 D K 114 B K 114 B 115 0.11 0.37 0.22 0.08 * R 115 D R 115 B R 115 B 116 0.08 0.20 0.20 0.07 * I 116 D I 116 B I 116 B 117 0.07 0.19 0.35 0.16 * K 117 D K 117 B K 117 B 118 0.08 0.24 0.23 0.06 * E 118 D E 118 B E 118 B 119 0.07 0.12 0.11 0.02 * N 119 D N 119 B N 119 B 120 0.07 0.16 0.12 0.02 * A 120 D A 120 B A 120 B 121 0.08 0.24 0.11 0.04 * A 121 D A 121 B A 121 B 122 0.07 0.18 0.09 0.03 * A 122 D A 122 B A 122 B 123 0.06 0.15 0.08 0.02 * I 123 D I 123 B I 123 B 124 0.06 0.16 0.11 0.03 * A 124 D A 124 B A 124 B 125 0.05 0.17 0.11 0.03 * Y 125 D Y 125 B Y 125 B 126 0.10 0.27 0.16 0.05 * N 126 D N 126 B N 126 B 127 0.24 0.54 0.26 0.12 * A 127 D A 127 B A 127 B 128 0.13 0.46 0.22 0.07 * E 128 D E 128 B E 128 B 129 0.16 0.56 0.25 0.09 * N 129 D N 129 B N 129 B 130 0.05 0.11 0.09 0.03 * S 130 D S 130 B S 130 B 131 0.06 0.18 0.15 0.05 * L 131 D L 131 B L 131 B 132 0.06 0.18 0.15 0.04 * F 132 D F 132 B F 132 B 133 0.05 0.11 0.15 0.05 * S 133 D S 133 B S 133 B 134 0.07 0.22 0.14 0.03 * S 134 D S 134 B S 134 B 135 0.06 0.20 0.10 0.04 * P 135 D P 135 B P 135 B 136 0.05 0.12 0.08 0.02 * V 136 D V 136 B V 136 B 137 0.07 0.23 0.11 0.03 * T 137 D T 137 B T 137 B 138 0.06 0.19 0.10 0.04 * V 138 D V 138 B V 138 B 139 0.07 0.22 0.12 0.05 * D 139 D D 139 B D 139 B 140 0.06 0.15 0.11 0.03 * V 140 D V 140 B V 140 B 141 0.05 0.11 0.09 0.01 * H 141 D H 141 B H 141 B 142 0.02 0.03 0.06 0.03 * G 142 D G 142 B G 142 B 143 0.03 0.05 0.04 0.01 * L 143 D L 143 B L 143 B 144 0.04 0.06 0.10 0.04 * L 144 D L 144 B L 144 B 145 0.07 0.24 0.15 0.04 * P 145 D P 145 B P 145 B 146 0.06 0.20 0.19 0.06 * P 146 D P 146 B P 146 B 147 0.05 0.13 0.16 0.05 * L 147 D L 147 B L 147 B 148 0.07 0.25 0.24 0.05 * P 148 D P 148 B P 148 B 149 0.13 0.57 0.36 0.10 * P 149 D P 149 B P 149 B 150 0.14 0.52 0.34 0.09 * A 150 D A 150 B A 150 B ------------------------------------------------------------------------------ SALIGN_____> adding the next group to the alignment; iteration 4 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 1 122 122 1.7071 1.7071 0.0010 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 2 124 124 1.8143 1.8143 0.0001 rr_dist_318_> I,NEQVCUT,NEQV,RMSCUT,RMS,RMSROT: 3 124 124 1.8143 1.8143 0.0000 Current alignment total score: 110.8 pos_scr ... position-position dissimilarity from the dynamic programming matrix avr_avr ... distance between the two averages avr_dst ... for all aligned structures, average distance to the average structure std_dev ... for all aligned structures, standard deviation of distance to ave str group: 1 1 2 2 2 N pos_scr avr_ave avr_dst std_dev 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A ------------------------------------------------------------------------------ 1 0.00 0.00 0.12 0.04 - M 1 D M 1 B M 1 B - 2 0.00 0.00 0.12 0.04 - L 2 D L 2 B L 2 B - 3 0.00 0.00 0.08 0.04 - Y 3 D Y 3 B Y 3 B - 4 0.00 0.00 0.11 0.05 - H 4 D H 4 B H 4 B - 5 0.00 0.00 0.10 0.04 - L 5 D L 5 B L 5 B - 6 0.00 0.00 0.11 0.05 - F 6 D F 6 B F 6 B - 7 0.00 0.00 0.14 0.08 - V 7 D V 7 B V 7 B - 8 0.92 4.10 1.97 0.40 D 2 A N 8 D N 8 B N 8 B D 2 A 9 0.69 2.54 1.23 0.26 R 3 A N 9 D N 9 B N 9 B R 3 A 10 1.12 4.79 2.30 0.47 A 4 A Q 10 D Q 10 B Q 10 B A 4 A 11 0.85 2.93 1.41 0.29 E 5 A V 11 D V 11 B V 11 B E 5 A 12 1.09 4.21 2.03 0.41 V 6 A K 12 D K 12 B K 12 B V 6 A 13 1.16 3.98 1.91 0.39 R 7 A L 13 D L 13 B L 13 B R 7 A 14 1.12 4.74 2.28 0.46 N 8 A Q 14 D Q 14 B Q 14 B N 8 A 15 1.04 3.68 1.77 0.38 I 9 A N 15 D N 15 B N 15 B I 9 A 16 0.62 1.86 0.89 0.19 P 10 A D 16 D D 16 B D 16 B P 10 A 17 0.37 1.13 0.54 0.12 * F 11 A F 17 D F 17 B F 17 B F 11 A 18 0.49 1.73 0.83 0.18 * K 12 A K 18 D K 18 B K 18 B K 12 A 19 0.48 1.16 0.56 0.11 L 13 A P 19 D P 19 B P 19 B L 13 A 20 0.29 0.52 0.25 0.11 G 14 A E 20 D E 20 B E 20 B G 14 A 21 0.41 1.28 0.62 0.13 M 15 A S 21 D S 21 B S 21 B M 15 A 22 0.45 0.59 0.29 0.06 Y 16 A V 22 D V 22 B V 22 B Y 16 A 23 0.21 0.46 0.23 0.05 L 17 A A 23 D A 23 B A 23 B L 17 A 24 0.36 0.28 0.15 0.04 T 18 A A 24 D A 24 B A 24 B T 18 A 25 0.17 0.45 0.22 0.08 V 19 A I 25 D I 25 B I 25 B V 19 A 26 0.44 0.52 0.25 0.08 G 20 A R 26 D R 26 B R 26 B G 20 A 27 0.34 1.03 0.50 0.10 G 21 A S 27 D S 27 B S 27 B G 21 A 28 0.00 0.00 0.16 0.04 - S 28 D S 28 B S 28 B - 29 1.17 2.94 1.42 0.30 V 22 A A 29 D A 29 B A 29 B V 22 A 30 1.02 3.48 1.68 0.34 V 23 A F 30 D F 30 B F 30 B V 23 A 31 0.78 2.60 1.26 0.30 * N 24 A N 31 D N 31 B N 31 B N 24 A 32 1.00 3.69 1.78 0.40 * S 25 A S 32 D S 32 B S 32 B S 25 A 33 0.46 1.75 0.87 0.24 N 26 A K 33 D K 33 B K 33 B N 26 A 34 0.33 1.04 0.54 0.09 A 27 A G 34 D G 34 B G 34 B A 27 A 35 0.47 1.53 0.75 0.14 T 28 A G 35 D G 35 B G 35 B T 28 A 36 0.36 1.06 0.51 0.15 R 29 A T 36 D T 36 B T 36 B R 29 A 37 0.22 0.20 0.12 0.03 F 30 A T 37 D T 37 B T 37 B F 30 A 38 0.40 1.36 0.65 0.15 S 31 A V 38 D V 38 B V 38 B S 31 A 39 0.41 1.50 0.72 0.15 I 32 A F 39 D F 39 B F 39 B I 32 A 40 0.25 0.97 0.47 0.10 * N 33 A N 40 D N 40 B N 40 B N 33 A 41 0.27 0.71 0.35 0.07 V 34 A F 41 D F 41 B F 41 B V 34 A 42 0.50 1.41 0.68 0.14 G 35 A L 42 D L 42 B L 42 B G 35 A 43 0.80 2.11 1.02 0.22 E 36 A S 43 D S 43 B S 43 B E 36 A 44 1.64 6.31 3.03 0.62 S 37 A A 44 D A 44 B A 44 B S 37 A 45 2.10 9.47 4.55 0.93 T 38 A G 45 D G 45 B G 45 B T 38 A 46 1.44 5.32 2.56 0.53 D 39 A E 46 D E 46 B E 46 B D 39 A 47 0.74 2.01 0.97 0.22 S 40 A N 47 D N 47 B N 47 B S 40 A 48 0.41 0.75 0.36 0.08 * I 41 A I 48 D I 48 B I 48 B I 41 A 49 0.27 0.75 0.36 0.08 A 42 A L 49 D L 49 B L 49 B A 42 A 50 0.40 0.61 0.30 0.08 M 43 A L 50 D L 50 B L 50 B M 43 A 51 0.14 0.53 0.26 0.07 * H 44 A H 51 D H 51 B H 51 B H 44 A 52 0.28 0.86 0.42 0.09 M 45 A I 52 D I 52 B I 52 B M 45 A 53 0.27 0.84 0.41 0.08 D 46 A S 53 D S 53 B S 53 B D 46 A 54 0.33 0.83 0.40 0.11 H 47 A I 54 D I 54 B I 54 B H 47 A 55 0.13 0.50 0.27 0.08 * R 48 A R 55 D R 55 B R 55 B R 48 A 56 0.35 0.84 0.45 0.12 F 49 A P 56 D P 56 B P 56 B F 49 A 57 0.48 1.29 0.66 0.19 S 50 A G 57 D G 57 B G 57 B S 50 A 58 0.00 0.00 0.05 0.00 Y 51 A - - - Y 51 A 59 0.00 0.00 0.04 0.00 G 52 A - - - G 52 A 60 0.00 0.00 0.06 0.00 A 53 A - - - A 53 A 61 0.00 0.00 0.05 0.00 D 54 A - - - D 54 A 62 0.62 1.97 0.97 0.23 Q 55 A E 58 D E 58 B E 58 B Q 55 A 63 0.36 1.39 0.67 0.18 * N 56 A N 59 D N 59 B N 59 B N 56 A 64 0.20 0.78 0.39 0.08 * V 57 A V 60 D V 60 B V 60 B V 57 A 65 0.25 0.85 0.41 0.09 L 58 A I 61 D I 61 B I 61 B L 58 A 66 0.17 0.71 0.35 0.08 * V 59 A V 62 D V 62 B V 62 B V 59 A 67 0.20 0.57 0.29 0.05 L 60 A F 63 D F 63 B F 63 B L 60 A 68 0.16 0.57 0.29 0.06 * N 61 A N 64 D N 64 B N 64 B N 61 A 69 0.19 0.68 0.33 0.09 * S 62 A S 65 D S 65 B S 65 B S 62 A 70 0.67 1.94 0.94 0.24 L 63 A R 66 D R 66 B R 66 B L 63 A 71 0.56 1.25 0.62 0.11 V 64 A L 67 D L 67 B L 67 B V 64 A 72 0.66 1.53 0.75 0.17 H 65 A K 68 D K 68 B K 68 B H 65 A 73 0.38 1.39 0.81 0.43 * N 66 A N 69 D N 69 B N 69 B N 66 A 74 0.48 1.48 0.80 0.17 V 67 A G 70 D G 70 B G 70 B V 67 A 75 0.49 1.92 1.07 0.27 G 68 A A 71 D A 71 B A 71 B G 68 A 76 0.25 1.12 0.61 0.16 * W 69 A W 72 D W 72 B W 72 B W 69 A 77 0.36 1.14 0.61 0.21 Q 70 A G 73 D G 73 B G 73 B Q 70 A 78 0.33 0.96 0.54 0.13 Q 71 A P 74 D P 74 B P 74 B Q 71 A 79 0.17 0.65 0.33 0.11 * E 72 A E 75 D E 75 B E 75 B E 72 A 80 0.18 0.70 0.34 0.10 * E 73 A E 76 D E 76 B E 76 B E 73 A 81 0.18 0.71 0.37 0.09 * R 74 A R 77 D R 77 B R 77 B R 74 A 82 0.30 0.72 0.36 0.10 S 75 A I 78 D I 78 B I 78 B S 75 A 83 0.54 1.90 0.92 0.22 K 76 A P 79 D P 79 B P 79 B K 76 A 84 1.41 5.16 2.48 0.51 K 77 A Y 80 D Y 80 B Y 80 B K 77 A 85 1.04 3.14 1.54 0.29 F 78 A A 81 D A 81 B A 81 B F 78 A 86 0.71 2.48 1.24 0.21 P 79 A E 82 D E 82 B E 82 B P 79 A 87 1.35 4.72 2.27 0.47 F 80 A K 83 D K 83 B K 83 B F 80 A 88 1.83 6.10 2.93 0.60 T 81 A F 84 D F 84 B F 84 B T 81 A 89 2.37 9.82 4.71 0.96 K 82 A R 85 D R 85 B R 85 B K 82 A 90 1.64 7.12 3.42 0.70 G 83 A P 86 D P 86 B P 86 B G 83 A 91 1.20 3.67 1.76 0.37 D 84 A P 87 D P 87 B P 87 B D 84 A 92 0.77 2.57 1.23 0.25 H 85 A N 88 D N 88 B N 88 B H 85 A 93 0.38 1.02 0.49 0.11 F 86 A P 89 D P 89 B P 89 B F 86 A 94 0.32 0.94 0.45 0.11 Q 87 A S 90 D S 90 B S 90 B Q 87 A 95 0.36 1.19 0.58 0.15 T 88 A I 91 D I 91 B I 91 B T 88 A 96 0.23 0.95 0.46 0.12 * T 89 A T 92 D T 92 B T 92 B T 89 A 97 0.21 0.68 0.33 0.08 I 90 A V 93 D V 93 B V 93 B I 90 A 98 0.33 0.88 0.43 0.10 T 91 A I 94 D I 94 B I 94 B T 91 A 99 0.51 1.51 0.74 0.14 F 92 A D 95 D D 95 B D 95 B F 92 A 100 0.68 2.60 1.25 0.27 D 93 A H 96 D H 96 B H 96 B D 93 A 101 0.87 2.90 1.40 0.28 T 94 A G 97 D G 97 B G 97 B T 94 A 102 0.60 1.58 0.77 0.15 H 95 A D 98 D D 98 B D 98 B H 95 A 103 0.29 0.73 0.38 0.08 T 96 A R 99 D R 99 B R 99 B T 96 A 104 0.18 0.74 0.36 0.13 * F 97 A F 100 D F 100 B F 100 B F 97 A 105 0.27 0.53 0.29 0.04 Y 98 A Q 101 D Q 101 B Q 101 B Y 98 A 106 0.15 0.59 0.31 0.07 * I 99 A I 102 D I 102 B I 102 B I 99 A 107 0.31 0.98 0.48 0.12 Q 100 A R 103 D R 103 B R 103 B Q 100 A 108 0.29 0.97 0.47 0.10 L 101 A F 104 D F 104 B F 104 B L 101 A 109 0.54 0.93 0.45 0.10 S 102 A D 105 D D 105 B D 105 B S 102 A 110 0.58 1.89 0.92 0.18 N 103 A Y 106 D Y 106 B Y 106 B N 103 A 111 1.24 4.91 2.37 0.49 * G 104 A G 107 D G 107 B G 107 B G 104 A 112 0.79 2.23 1.08 0.23 E 105 A T 108 D T 108 B T 108 B E 105 A 113 0.40 0.85 0.43 0.10 T 106 A S 109 D S 109 B S 109 B T 106 A 114 0.21 0.60 0.32 0.07 V 107 A I 110 D I 110 B I 110 B V 107 A 115 0.30 0.72 0.36 0.06 E 108 A Y 111 D Y 111 B Y 111 B E 108 A 116 0.25 0.80 0.40 0.07 F 109 A Y 112 D Y 112 B Y 112 B F 109 A 117 0.39 1.20 0.59 0.11 P 110 A N 113 D N 113 B N 113 B P 110 A 118 0.25 0.62 0.32 0.05 N 111 A K 114 D K 114 B K 114 B N 111 A 119 0.19 0.53 0.32 0.05 * R 112 A R 115 D R 115 B R 115 B R 112 A 120 0.57 1.50 0.74 0.15 N 113 A I 116 D I 116 B I 116 B N 113 A 121 0.56 2.52 1.24 0.29 * K 114 A K 117 D K 117 B K 117 B K 114 A 122 0.60 2.44 1.18 0.26 D 115 A E 118 D E 118 B E 118 B D 115 A 123 0.00 0.00 0.08 0.00 A 116 A - - - A 116 A 124 0.75 1.88 0.91 0.20 A 117 A N 119 D N 119 B N 119 B A 117 A 125 0.50 0.70 0.35 0.06 F 118 A A 120 D A 120 B A 120 B F 118 A 126 0.48 0.46 0.23 0.07 N 119 A A 121 D A 121 B A 121 B N 119 A 127 0.50 0.87 0.42 0.08 L 120 A A 122 D A 122 B A 122 B L 120 A 128 0.18 0.70 0.34 0.08 * I 121 A I 123 D I 123 B I 123 B I 121 A 129 0.47 1.64 0.79 0.18 Y 122 A A 124 D A 124 B A 124 B Y 122 A 130 0.40 1.40 0.68 0.15 L 123 A Y 125 D Y 125 B Y 125 B L 123 A 131 0.34 0.97 0.48 0.10 A 124 A N 126 D N 126 B N 126 B A 124 A 132 0.71 0.99 0.52 0.13 G 125 A A 127 D A 127 B A 127 B G 125 A 133 1.20 5.21 2.50 0.52 D 126 A E 128 D E 128 B E 128 B D 126 A 134 0.00 0.00 0.25 0.09 - N 129 D N 129 B N 129 B - 135 0.00 0.00 0.09 0.03 - S 130 D S 130 B S 130 B - 136 0.00 0.00 0.15 0.05 - L 131 D L 131 B L 131 B - 137 0.00 0.00 0.15 0.04 - F 132 D F 132 B F 132 B - 138 1.31 4.81 2.31 0.48 A 127 A S 133 D S 133 B S 133 B A 127 A 139 1.07 2.99 1.44 0.30 R 128 A S 134 D S 134 B S 134 B R 128 A 140 0.99 3.66 1.76 0.36 L 129 A P 135 D P 135 B P 135 B L 129 A 141 0.99 3.23 1.55 0.32 T 130 A V 136 D V 136 B V 136 B T 130 A 142 0.67 1.41 0.68 0.14 F 131 A T 137 D T 137 B T 137 B F 131 A 143 0.51 1.25 0.61 0.12 * V 132 A V 138 D V 138 B V 138 B V 132 A 144 0.28 0.66 0.34 0.05 R 133 A D 139 D D 139 B D 139 B R 133 A 145 0.13 0.23 0.14 0.04 L 134 A V 140 D V 140 B V 140 B L 134 A 146 0.37 1.14 0.55 0.11 E 135 A H 141 D H 141 B H 141 B E 135 A 147 0.00 0.00 0.06 0.03 - G 142 D G 142 B G 142 B - 148 0.00 0.00 0.04 0.01 - L 143 D L 143 B L 143 B - 149 0.00 0.00 0.10 0.04 - L 144 D L 144 B L 144 B - 150 0.00 0.00 0.15 0.04 - P 145 D P 145 B P 145 B - 151 0.00 0.00 0.19 0.06 - P 146 D P 146 B P 146 B - 152 0.00 0.00 0.16 0.05 - L 147 D L 147 B L 147 B - 153 0.00 0.00 0.24 0.05 - P 148 D P 148 B P 148 B - 154 0.00 0.00 0.36 0.10 - P 149 D P 149 B P 149 B - 155 0.00 0.00 0.34 0.09 - A 150 D A 150 B A 150 B - ------------------------------------------------------------------------------ openf___224_> Open 1is4_fit.pdb wrpdb___568_> Residues, atoms, selected atoms: 134 1078 1078 openf___224_> Open 1uld_fit.pdb wrpdb___568_> Residues, atoms, selected atoms: 150 1188 1188 openf___224_> Open 1ulf_fit.pdb wrpdb___568_> Residues, atoms, selected atoms: 150 1188 1188 openf___224_> Open 1ulg_fit.pdb wrpdb___568_> Residues, atoms, selected atoms: 150 1188 1188 openf___224_> Open 1is5_fit.pdb wrpdb___568_> Residues, atoms, selected atoms: 134 1078 1078 SALIGN______> Raw QUALITY_SCORE of the multiple alignment: 124.8 QUALITY_SCORE (percentage) : 89.6 Number of unique protein pairs : 10 QUALITY_SCORE_min : 109 RMS_CUTOFF : 3.5000 QS is the average number of structurally equivalent residue pairs. Two residues are equivalent when closer than RMS_CUTOFF upon pairwise least-squares superposition given current alignment. SALIGN______> Matrix of pairwise equivalences from individual pairwise alignments: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 111 110 112 134 1uldD 0 0 150 150 110 1ulfB 0 0 0 150 109 1ulgB 0 0 0 0 112 1is5A 0 0 0 0 0 SALIGN______> Matrix of pairwise equivalences: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 111 110 112 134 1uldD 0 0 150 150 110 1ulfB 0 0 0 150 109 1ulgB 0 0 0 0 112 1is5A 0 0 0 0 0 SALIGN______> Matrix of differences in pairwise equivalences inferred from the tree and individually: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 0 0 0 0 1uldD 0 0 0 0 0 1ulfB 0 0 0 0 0 1ulgB 0 0 0 0 0 1is5A 0 0 0 0 0 SALIGN______> Matrix of %differences in pairwise equivalences inferred from the tree and individually: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 0 0 0 0 1uldD 0 0 0 0 0 1ulfB 0 0 0 0 0 1ulgB 0 0 0 0 0 1is5A 0 0 0 0 0 openf___224_> Open 1is3A.pap openf___224_> Open 1is3A.ali ALIGN_CODES : 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A Atom type for alignment (FIT_ATOMS) : CA FIT : F IMPROVE_ALIGNMENT : F WATER_IO, HETATM_IO, HYDROGEN_IO : F F F NO_TER : F OUTPUT : QUALITY FIT_ON_FIRST : F WRITE_FIT : T FIT_PDBNAM : T WRITE_WHOLE_PDB : F CURRENT_DIRECTORY : T Feature weights (FEATURE_WEIGHTS) : 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 NORMALIZE_PP_SCORES : F Gap initiation penalty (GAP_PENALTIES[1]) : -450.0000 Gap extension penalty (GAP_PENALTIES[2]) : -50.0000 Break-break bonus : 10000.0000 Gap_function (align2d flag) : F 2-D Gap penalties : 3.50 3.50 3.50 0.20 4.00 6.50 2.00 0.00 GAP-GAP_SCORE : 0.0000 GAP-RESIDUE_SCORE : 0.0000 Perform gap-residue and gap-gap correction : T Residue type - residue type file (RR_FILE) : $(LIB)/as1.sim.mat OFF_DIAGONAL : 100 OVERHANG : 30 LOCAL_ALIGNMENT : F MATRIX_OFFSET : 0.0000 N_SUBOPT : 0 SUBOPT_OFFSET : 0.0000 Gap introduction penalty (GAP_PENALTIES_3D_1) : 0.0000 Gap extension penalty (GAP_PENALTIES_3D_2) : 3.0000 Max dist for equiv (2 * GAP_PENALTIES_3D_2) : 6.0000 ALIGN3D_TRF : F RMS_CUTOFF : 1.0 salign__276_> 'align_block' changed to 1. Current alignment total score: 0 pos_scr ... position-position dissimilarity from the dynamic programming matrix avr_avr ... distance between the two averages avr_dst ... for all aligned structures, average distance to the average structure std_dev ... for all aligned structures, standard deviation of distance to ave str group: 1 1 1 1 2 N pos_scr avr_ave avr_dst std_dev 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A ------------------------------------------------------------------------------ 1 0.00 0.00 0.12 0.04 - M 1 D M 1 B M 1 B - 2 0.00 0.00 0.12 0.04 - L 2 D L 2 B L 2 B - 3 0.00 0.00 0.08 0.04 - Y 3 D Y 3 B Y 3 B - 4 0.00 0.00 0.11 0.05 - H 4 D H 4 B H 4 B - 5 0.00 0.00 0.10 0.04 - L 5 D L 5 B L 5 B - 6 0.00 0.00 0.11 0.05 - F 6 D F 6 B F 6 B - 7 0.00 0.00 0.14 0.08 - V 7 D V 7 B V 7 B - 8 0.00 3.01 1.97 0.40 D 2 A N 8 D N 8 B N 8 B D 2 A 9 0.00 1.84 1.23 0.26 R 3 A N 9 D N 9 B N 9 B R 3 A 10 0.00 3.56 2.30 0.47 A 4 A Q 10 D Q 10 B Q 10 B A 4 A 11 0.00 2.16 1.41 0.29 E 5 A V 11 D V 11 B V 11 B E 5 A 12 0.00 3.13 2.03 0.41 V 6 A K 12 D K 12 B K 12 B V 6 A 13 0.00 2.99 1.91 0.39 R 7 A L 13 D L 13 B L 13 B R 7 A 14 0.00 3.53 2.28 0.46 N 8 A Q 14 D Q 14 B Q 14 B N 8 A 15 0.00 2.78 1.77 0.38 I 9 A N 15 D N 15 B N 15 B I 9 A 16 0.00 1.39 0.89 0.19 P 10 A D 16 D D 16 B D 16 B P 10 A 17 0.00 0.85 0.54 0.12 * F 11 A F 17 D F 17 B F 17 B F 11 A 18 0.00 1.32 0.83 0.18 * K 12 A K 18 D K 18 B K 18 B K 12 A 19 0.00 0.84 0.56 0.11 L 13 A P 19 D P 19 B P 19 B L 13 A 20 0.00 0.25 0.25 0.11 G 14 A E 20 D E 20 B E 20 B G 14 A 21 0.00 0.91 0.62 0.13 M 15 A S 21 D S 21 B S 21 B M 15 A 22 0.00 0.38 0.29 0.06 Y 16 A V 22 D V 22 B V 22 B Y 16 A 23 0.00 0.33 0.23 0.05 L 17 A A 23 D A 23 B A 23 B L 17 A 24 0.00 0.19 0.15 0.04 T 18 A A 24 D A 24 B A 24 B T 18 A 25 0.00 0.32 0.22 0.08 V 19 A I 25 D I 25 B I 25 B V 19 A 26 0.00 0.41 0.25 0.08 G 20 A R 26 D R 26 B R 26 B G 20 A 27 0.00 0.79 0.50 0.10 G 21 A S 27 D S 27 B S 27 B G 21 A 28 0.00 0.00 0.16 0.04 - S 28 D S 28 B S 28 B - 29 0.00 2.18 1.42 0.30 V 22 A A 29 D A 29 B A 29 B V 22 A 30 0.00 2.60 1.68 0.34 V 23 A F 30 D F 30 B F 30 B V 23 A 31 0.00 1.96 1.26 0.30 * N 24 A N 31 D N 31 B N 31 B N 24 A 32 0.00 2.68 1.78 0.40 * S 25 A S 32 D S 32 B S 32 B S 25 A 33 0.00 1.32 0.87 0.24 N 26 A K 33 D K 33 B K 33 B N 26 A 34 0.00 0.82 0.54 0.09 A 27 A G 34 D G 34 B G 34 B A 27 A 35 0.00 1.19 0.75 0.14 T 28 A G 35 D G 35 B G 35 B T 28 A 36 0.00 0.74 0.51 0.15 R 29 A T 36 D T 36 B T 36 B R 29 A 37 0.00 0.12 0.12 0.03 F 30 A T 37 D T 37 B T 37 B F 30 A 38 0.00 1.00 0.65 0.15 S 31 A V 38 D V 38 B V 38 B S 31 A 39 0.00 1.12 0.72 0.15 I 32 A F 39 D F 39 B F 39 B I 32 A 40 0.00 0.76 0.47 0.10 * N 33 A N 40 D N 40 B N 40 B N 33 A 41 0.00 0.56 0.35 0.07 V 34 A F 41 D F 41 B F 41 B V 34 A 42 0.00 1.14 0.68 0.14 G 35 A L 42 D L 42 B L 42 B G 35 A 43 0.00 1.46 1.02 0.22 E 36 A S 43 D S 43 B S 43 B E 36 A 44 0.00 4.59 3.03 0.62 S 37 A A 44 D A 44 B A 44 B S 37 A 45 0.00 7.03 4.55 0.93 T 38 A G 45 D G 45 B G 45 B T 38 A 46 0.00 3.96 2.56 0.53 D 39 A E 46 D E 46 B E 46 B D 39 A 47 0.00 1.51 0.97 0.22 S 40 A N 47 D N 47 B N 47 B S 40 A 48 0.00 0.57 0.36 0.08 * I 41 A I 48 D I 48 B I 48 B I 41 A 49 0.00 0.51 0.36 0.08 A 42 A L 49 D L 49 B L 49 B A 42 A 50 0.00 0.42 0.30 0.08 M 43 A L 50 D L 50 B L 50 B M 43 A 51 0.00 0.44 0.26 0.07 * H 44 A H 51 D H 51 B H 51 B H 44 A 52 0.00 0.66 0.42 0.09 M 45 A I 52 D I 52 B I 52 B M 45 A 53 0.00 0.61 0.41 0.08 D 46 A S 53 D S 53 B S 53 B D 46 A 54 0.00 0.62 0.40 0.11 H 47 A I 54 D I 54 B I 54 B H 47 A 55 0.00 0.33 0.27 0.08 * R 48 A R 55 D R 55 B R 55 B R 48 A 56 0.00 0.60 0.45 0.12 F 49 A P 56 D P 56 B P 56 B F 49 A 57 0.00 0.99 0.66 0.19 S 50 A G 57 D G 57 B G 57 B S 50 A 58 0.00 0.10 0.05 0.00 Y 51 A - - - Y 51 A 59 0.00 0.08 0.04 0.00 G 52 A - - - G 52 A 60 0.00 0.12 0.06 0.00 A 53 A - - - A 53 A 61 0.00 0.10 0.05 0.00 D 54 A - - - D 54 A 62 0.00 1.50 0.97 0.23 Q 55 A E 58 D E 58 B E 58 B Q 55 A 63 0.00 1.05 0.67 0.18 * N 56 A N 59 D N 59 B N 59 B N 56 A 64 0.00 0.56 0.39 0.08 * V 57 A V 60 D V 60 B V 60 B V 57 A 65 0.00 0.66 0.41 0.09 L 58 A I 61 D I 61 B I 61 B L 58 A 66 0.00 0.55 0.35 0.08 * V 59 A V 62 D V 62 B V 62 B V 59 A 67 0.00 0.41 0.29 0.05 L 60 A F 63 D F 63 B F 63 B L 60 A 68 0.00 0.45 0.29 0.06 * N 61 A N 64 D N 64 B N 64 B N 61 A 69 0.00 0.57 0.33 0.09 * S 62 A S 65 D S 65 B S 65 B S 62 A 70 0.00 1.50 0.94 0.24 L 63 A R 66 D R 66 B R 66 B L 63 A 71 0.00 0.99 0.62 0.11 V 64 A L 67 D L 67 B L 67 B V 64 A 72 0.00 1.12 0.75 0.17 H 65 A K 68 D K 68 B K 68 B H 65 A 73 0.00 1.00 0.81 0.43 * N 66 A N 69 D N 69 B N 69 B N 66 A 74 0.00 1.09 0.80 0.17 V 67 A G 70 D G 70 B G 70 B V 67 A 75 0.00 1.50 1.07 0.27 G 68 A A 71 D A 71 B A 71 B G 68 A 76 0.00 0.93 0.61 0.16 * W 69 A W 72 D W 72 B W 72 B W 69 A 77 0.00 0.93 0.61 0.21 Q 70 A G 73 D G 73 B G 73 B Q 70 A 78 0.00 0.80 0.54 0.13 Q 71 A P 74 D P 74 B P 74 B Q 71 A 79 0.00 0.57 0.33 0.11 * E 72 A E 75 D E 75 B E 75 B E 72 A 80 0.00 0.55 0.34 0.10 * E 73 A E 76 D E 76 B E 76 B E 73 A 81 0.00 0.54 0.37 0.09 * R 74 A R 77 D R 77 B R 77 B R 74 A 82 0.00 0.54 0.36 0.10 S 75 A I 78 D I 78 B I 78 B S 75 A 83 0.00 1.57 0.92 0.22 K 76 A P 79 D P 79 B P 79 B K 76 A 84 0.00 3.86 2.48 0.51 K 77 A Y 80 D Y 80 B Y 80 B K 77 A 85 0.00 2.37 1.54 0.29 F 78 A A 81 D A 81 B A 81 B F 78 A 86 0.00 1.84 1.24 0.21 P 79 A E 82 D E 82 B E 82 B P 79 A 87 0.00 3.51 2.27 0.47 F 80 A K 83 D K 83 B K 83 B F 80 A 88 0.00 4.52 2.93 0.60 T 81 A F 84 D F 84 B F 84 B T 81 A 89 0.00 7.37 4.71 0.96 K 82 A R 85 D R 85 B R 85 B K 82 A 90 0.00 5.35 3.42 0.70 G 83 A P 86 D P 86 B P 86 B G 83 A 91 0.00 2.80 1.76 0.37 D 84 A P 87 D P 87 B P 87 B D 84 A 92 0.00 1.94 1.23 0.25 H 85 A N 88 D N 88 B N 88 B H 85 A 93 0.00 0.80 0.49 0.11 F 86 A P 89 D P 89 B P 89 B F 86 A 94 0.00 0.76 0.45 0.11 Q 87 A S 90 D S 90 B S 90 B Q 87 A 95 0.00 0.89 0.58 0.15 T 88 A I 91 D I 91 B I 91 B T 88 A 96 0.00 0.75 0.46 0.12 * T 89 A T 92 D T 92 B T 92 B T 89 A 97 0.00 0.46 0.33 0.08 I 90 A V 93 D V 93 B V 93 B I 90 A 98 0.00 0.68 0.43 0.10 T 91 A I 94 D I 94 B I 94 B T 91 A 99 0.00 1.17 0.74 0.14 F 92 A D 95 D D 95 B D 95 B F 92 A 100 0.00 1.96 1.25 0.27 D 93 A H 96 D H 96 B H 96 B D 93 A 101 0.00 2.18 1.40 0.28 T 94 A G 97 D G 97 B G 97 B T 94 A 102 0.00 1.19 0.77 0.15 H 95 A D 98 D D 98 B D 98 B H 95 A 103 0.00 0.62 0.38 0.08 T 96 A R 99 D R 99 B R 99 B T 96 A 104 0.00 0.58 0.36 0.13 * F 97 A F 100 D F 100 B F 100 B F 97 A 105 0.00 0.41 0.29 0.04 Y 98 A Q 101 D Q 101 B Q 101 B Y 98 A 106 0.00 0.45 0.31 0.07 * I 99 A I 102 D I 102 B I 102 B I 99 A 107 0.00 0.80 0.48 0.12 Q 100 A R 103 D R 103 B R 103 B Q 100 A 108 0.00 0.76 0.47 0.10 L 101 A F 104 D F 104 B F 104 B L 101 A 109 0.00 0.70 0.45 0.10 S 102 A D 105 D D 105 B D 105 B S 102 A 110 0.00 1.48 0.92 0.18 N 103 A Y 106 D Y 106 B Y 106 B N 103 A 111 0.00 3.70 2.37 0.49 * G 104 A G 107 D G 107 B G 107 B G 104 A 112 0.00 1.65 1.08 0.23 E 105 A T 108 D T 108 B T 108 B E 105 A 113 0.00 0.58 0.43 0.10 T 106 A S 109 D S 109 B S 109 B T 106 A 114 0.00 0.49 0.32 0.07 V 107 A I 110 D I 110 B I 110 B V 107 A 115 0.00 0.53 0.36 0.06 E 108 A Y 111 D Y 111 B Y 111 B E 108 A 116 0.00 0.64 0.40 0.07 F 109 A Y 112 D Y 112 B Y 112 B F 109 A 117 0.00 0.91 0.59 0.11 P 110 A N 113 D N 113 B N 113 B P 110 A 118 0.00 0.45 0.32 0.05 N 111 A K 114 D K 114 B K 114 B N 111 A 119 0.00 0.36 0.32 0.05 * R 112 A R 115 D R 115 B R 115 B R 112 A 120 0.00 1.09 0.74 0.15 N 113 A I 116 D I 116 B I 116 B N 113 A 121 0.00 1.93 1.24 0.29 * K 114 A K 117 D K 117 B K 117 B K 114 A 122 0.00 1.86 1.18 0.26 D 115 A E 118 D E 118 B E 118 B D 115 A 123 0.00 0.15 0.08 0.00 A 116 A - - - A 116 A 124 0.00 1.36 0.91 0.20 A 117 A N 119 D N 119 B N 119 B A 117 A 125 0.00 0.51 0.35 0.06 F 118 A A 120 D A 120 B A 120 B F 118 A 126 0.00 0.36 0.23 0.07 N 119 A A 121 D A 121 B A 121 B N 119 A 127 0.00 0.63 0.42 0.08 L 120 A A 122 D A 122 B A 122 B L 120 A 128 0.00 0.50 0.34 0.08 * I 121 A I 123 D I 123 B I 123 B I 121 A 129 0.00 1.20 0.79 0.18 Y 122 A A 124 D A 124 B A 124 B Y 122 A 130 0.00 1.08 0.68 0.15 L 123 A Y 125 D Y 125 B Y 125 B L 123 A 131 0.00 0.77 0.48 0.10 A 124 A N 126 D N 126 B N 126 B A 124 A 132 0.00 0.71 0.52 0.13 G 125 A A 127 D A 127 B A 127 B G 125 A 133 0.00 3.90 2.50 0.52 D 126 A E 128 D E 128 B E 128 B D 126 A 134 0.00 0.00 0.25 0.09 - N 129 D N 129 B N 129 B - 135 0.00 0.00 0.09 0.03 - S 130 D S 130 B S 130 B - 136 0.00 0.00 0.15 0.05 - L 131 D L 131 B L 131 B - 137 0.00 0.00 0.15 0.04 - F 132 D F 132 B F 132 B - 138 0.00 3.58 2.31 0.48 A 127 A S 133 D S 133 B S 133 B A 127 A 139 0.00 2.24 1.44 0.30 R 128 A S 134 D S 134 B S 134 B R 128 A 140 0.00 2.71 1.76 0.36 L 129 A P 135 D P 135 B P 135 B L 129 A 141 0.00 2.42 1.55 0.32 T 130 A V 136 D V 136 B V 136 B T 130 A 142 0.00 1.08 0.68 0.14 F 131 A T 137 D T 137 B T 137 B F 131 A 143 0.00 0.96 0.61 0.12 * V 132 A V 138 D V 138 B V 138 B V 132 A 144 0.00 0.50 0.34 0.05 R 133 A D 139 D D 139 B D 139 B R 133 A 145 0.00 0.21 0.14 0.04 L 134 A V 140 D V 140 B V 140 B L 134 A 146 0.00 0.88 0.55 0.11 E 135 A H 141 D H 141 B H 141 B E 135 A 147 0.00 0.00 0.06 0.03 - G 142 D G 142 B G 142 B - 148 0.00 0.00 0.04 0.01 - L 143 D L 143 B L 143 B - 149 0.00 0.00 0.10 0.04 - L 144 D L 144 B L 144 B - 150 0.00 0.00 0.15 0.04 - P 145 D P 145 B P 145 B - 151 0.00 0.00 0.19 0.06 - P 146 D P 146 B P 146 B - 152 0.00 0.00 0.16 0.05 - L 147 D L 147 B L 147 B - 153 0.00 0.00 0.24 0.05 - P 148 D P 148 B P 148 B - 154 0.00 0.00 0.36 0.10 - P 149 D P 149 B P 149 B - 155 0.00 0.00 0.34 0.09 - A 150 D A 150 B A 150 B - ------------------------------------------------------------------------------ openf___224_> Open 1is4_fit.pdb wrpdb___568_> Residues, atoms, selected atoms: 134 1078 1078 openf___224_> Open 1uld_fit.pdb wrpdb___568_> Residues, atoms, selected atoms: 150 1188 1188 openf___224_> Open 1ulf_fit.pdb wrpdb___568_> Residues, atoms, selected atoms: 150 1188 1188 openf___224_> Open 1ulg_fit.pdb wrpdb___568_> Residues, atoms, selected atoms: 150 1188 1188 openf___224_> Open 1is5_fit.pdb wrpdb___568_> Residues, atoms, selected atoms: 134 1078 1078 openf___224_> Open 1uld_fit.pdb openf___224_> Open 1uld_fit.pdb openf___224_> Open 1ulf_fit.pdb openf___224_> Open 1ulf_fit.pdb openf___224_> Open 1ulg_fit.pdb openf___224_> Open 1ulg_fit.pdb openf___224_> Open 1is5_fit.pdb openf___224_> Open 1is5_fit.pdb SALIGN______> Raw QUALITY_SCORE of the multiple alignment: 83.4 QUALITY_SCORE (percentage) : 58.7 Number of unique protein pairs : 10 QUALITY_SCORE_min : 42 RMS_CUTOFF : 1.0000 QS is the average number of structurally equivalent residue pairs. Two residues are equivalent when closer than RMS_CUTOFF upon pairwise least-squares superposition given current alignment. SALIGN______> Matrix of pairwise equivalences: 1is4A 1uldD 1ulfB 1ulgB 1is5A 1is4A 0 42 43 43 134 1uldD 0 0 149 148 42 1ulfB 0 0 0 147 44 1ulgB 0 0 0 0 42 1is5A 0 0 0 0 0 Dynamically allocated memory at finish [B,KiB,MiB]: 842889 823.134 0.804 Starting time : 2016/04/05 22:42:17 Closing time : 2016/04/05 22:42:19 Total CPU time [seconds] : 1.34