Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -4 0 1 -3 9 -2 -4 -3 -2 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 6 0 87 0 0 0 0 0 0 5 1.58 0.71 2 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -1 -3 -4 -3 2 -2 -5 -4 -1 82 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 0 0 0 11 0 0 0 3 1.03 0.75 3 G 2 -3 -2 -3 -3 -3 -1 4 -3 -1 -2 -1 -3 -3 -3 1 1 -4 -4 -1 16 0 0 0 0 0 3 41 0 4 4 2 0 1 0 11 12 0 0 3 0.54 0.73 4 Q -1 3 1 -1 -4 5 0 -2 -1 -4 -3 2 -2 -4 -3 -1 -1 1 -3 -3 3 17 6 3 0 39 4 2 1 1 2 11 0 0 1 2 4 2 0 2 0.63 0.70 5 A 5 -3 -1 -3 -3 -3 -3 -2 -4 -2 -2 -2 2 -4 -3 2 0 -4 -4 1 56 0 2 0 0 0 0 1 0 1 1 1 8 0 0 14 4 0 0 12 0.69 0.83 6 F 1 -4 -2 -4 -4 -4 -4 -3 -4 3 0 0 -1 6 -4 -2 -2 -3 -1 0 12 0 2 0 0 0 0 1 0 22 9 8 1 38 0 3 2 0 0 3 0.64 0.83 7 R -3 6 -2 -3 -5 -1 -2 -4 -1 -4 -4 4 1 -5 -4 -1 1 -5 -4 -1 0 45 0 0 0 1 0 0 1 0 0 34 4 0 0 2 10 0 0 4 0.97 0.84 8 K -1 2 3 -2 -5 0 -2 -3 -3 -5 -5 6 -4 -5 -3 1 -2 -5 -4 -4 3 10 15 0 0 2 0 1 0 0 0 55 0 0 0 13 1 0 0 0 0.95 0.97 9 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -1 3 3 -5 -1 6 -5 -3 -4 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 19 28 0 0 45 0 2 0 0 0 5 1.08 0.99 10 L -1 5 -3 -4 -4 -1 -3 -5 -3 1 2 3 0 -4 -3 -3 -2 -5 -4 0 4 34 0 0 0 2 0 0 0 9 23 17 1 0 1 1 2 0 0 7 0.61 1.00 11 P -3 -3 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -4 -5 -3 -3 -5 -6 9 -3 -3 -6 -5 -5 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 96 1 0 0 0 0 2.68 1.00 12 L -4 -4 -5 -6 -2 -4 -5 -6 -1 0 6 -5 1 -1 -5 -4 -2 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 88 0 3 2 0 1 2 0 0 1 1.27 1.01 13 F -1 -2 -1 -3 -5 -1 -3 0 7 -3 1 -4 0 5 -3 -3 -3 -3 1 -3 4 1 2 1 0 3 1 8 30 0 15 0 2 29 1 1 0 0 2 0 0.83 1.01 14 D -4 -4 2 8 -6 -2 0 -3 -3 -5 -5 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -7 -5 -5 0 0 7 87 0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.83 1.01 15 R -4 8 -3 -4 -6 1 -2 -3 -2 -5 -4 0 -4 -5 -4 -3 -3 -3 -4 -5 0 92 0 0 0 4 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1.82 1.01 16 V -3 -5 -5 -6 -2 -5 -5 -6 -6 3 -1 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -5 -4 7 0 0 0 0 1 0 0 0 0 13 1 0 0 0 0 0 1 0 0 85 1.41 1.02 17 L -3 -5 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 2 5 -5 0 -1 -5 -3 -3 -4 -3 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 9 65 0 0 1 0 2 0 0 0 22 1.02 1.03 18 V -2 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -6 3 -1 -5 -1 -2 -5 -4 -2 -5 -3 7 1 0 0 0 0 0 0 0 0 14 2 0 0 1 0 0 0 0 0 82 1.38 1.03 19 E -3 4 -2 -2 -4 4 4 -4 -2 -5 -4 4 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -5 0 19 0 0 0 20 34 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 1.02 1.03 20 R -3 7 -3 -4 -4 -1 -2 -5 -2 -4 -3 2 -4 -5 1 -3 -3 -5 -4 -3 0 78 0 0 0 1 0 0 0 0 2 8 0 0 7 0 0 0 0 2 1.49 1.03 21 S 0 -2 -2 -4 0 -3 -4 -3 -4 3 2 -3 1 2 -4 2 -1 -4 -3 2 8 2 1 0 2 1 0 1 0 19 17 1 4 10 0 16 2 0 0 15 0.36 1.03 22 A 2 -2 -2 1 -4 0 5 -3 -3 -2 -4 2 -3 -5 0 -1 -1 -5 -4 -1 20 0 1 7 0 2 41 0 0 3 1 12 0 0 4 2 2 0 0 5 0.61 1.02 23 A 4 -2 -2 -3 -3 0 2 -1 -3 -4 -4 -2 -2 -5 2 1 -1 -5 -4 -1 45 1 1 0 0 5 16 3 0 0 0 1 0 0 11 8 3 0 0 3 0.61 1.00 24 E -1 -2 -2 1 -5 0 6 -3 -3 -4 -4 1 -4 -5 0 -2 -2 -5 -4 -2 3 0 0 5 0 2 72 1 0 1 2 6 0 0 4 0 1 0 0 3 1.16 1.01 25 T 0 0 -2 -2 -4 -1 4 -3 -3 -2 -4 -1 -3 -5 -2 0 5 -5 -4 -2 8 5 1 1 0 2 27 1 0 2 0 2 0 0 1 5 43 0 0 2 0.73 1.01 26 V -3 0 -3 -3 -4 0 -2 -4 -3 -2 -3 6 -2 -4 -4 -2 1 -5 -4 3 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 1 57 1 0 0 1 11 0 0 25 0.93 1.01 27 T -2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -4 -3 2 7 -5 -4 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 11 84 0 0 1 1.42 1.01 28 K 4 0 -2 -3 -4 -1 -1 -3 -3 -4 -4 5 -3 -5 -2 -1 -2 -5 -4 -3 41 4 1 0 0 1 2 0 0 0 0 44 0 0 2 3 1 0 0 1 0.89 1.03 29 G -1 -4 -2 -3 -4 -4 -4 6 -4 -6 -6 -3 -5 -4 -4 3 -1 -5 -5 -5 3 0 0 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 1 0 21 3 0 0 0 1.42 1.03 30 G -2 -5 -3 -2 0 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -3 -5 -3 -4 -5 -5 -5 0 0 0 1 2 0 0 96 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1.95 1.03 31 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 1 -5 -1 -2 -5 -5 -3 -5 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 8 0 0 1 0 0 0 0 0 2 1.59 1.03 32 M -3 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -4 4 1 -5 6 2 -5 -4 -3 -3 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 10 0 26 10 0 0 0 0 7 17 0.95 1.03 33 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 5 -5 0 -2 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 46 54 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.26 1.03 34 P -2 -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -4 -5 -4 -3 -5 -6 9 -3 -3 -6 -5 -5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 96 0 0 0 0 0 2.71 1.01 35 E -2 -3 -2 6 -6 -1 5 -2 -3 -5 -5 -2 -5 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -5 2 1 0 45 0 0 44 3 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 1.27 1.01 36 K -1 -2 0 -3 -4 -1 -2 -3 -3 -4 -4 4 -3 -5 -3 3 4 -5 -4 -3 4 0 3 0 0 1 1 0 0 0 0 33 0 0 0 26 31 0 0 0 0.82 1.01 37 S 5 -3 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 4 -1 -5 -4 -2 59 0 2 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 32 2 0 0 2 0.97 1.01 38 Q 0 0 -2 -3 -4 5 -1 -3 -3 -3 -4 5 -3 -5 -3 -2 1 -5 -4 0 8 3 1 0 0 30 0 1 0 0 1 38 0 0 0 0 8 0 0 8 0.79 1.01 39 G -2 -1 -1 -1 -5 -1 6 3 -3 -5 -5 1 -4 -5 -2 0 -3 -5 -4 -4 2 2 2 2 0 1 53 24 0 0 0 6 0 0 2 5 0 0 0 1 0.92 1.01 40 K -2 0 -2 -2 -5 1 0 -4 -3 -3 -4 7 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 1 0 1 1 0 3 4 0 0 1 0 83 0 0 0 2 1 0 0 0 1.38 0.99 41 V -2 -4 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 0 0 -3 -1 -4 7 -3 -3 -5 -4 3 1 0 0 0 0 2 1 0 0 4 10 0 1 0 54 1 0 0 0 24 1.29 0.99 42 L -1 -2 3 0 -3 4 -2 -4 -2 0 3 -2 2 -2 -3 0 -2 -4 -3 -2 5 1 14 5 0 23 0 0 0 5 29 0 6 1 1 7 1 0 0 2 0.44 0.99 43 Q -3 1 -2 -1 -5 6 5 -4 -1 -4 -4 1 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 -4 1 6 1 1 0 38 38 0 1 1 0 5 1 1 0 4 1 0 1 0 0.99 0.99 44 A 4 -4 -3 -4 -4 -3 -4 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -4 39 0 0 0 0 0 0 59 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.29 0.99 45 T -3 -1 -2 -2 -4 0 4 -4 -3 -1 -3 2 -1 -4 -3 -2 4 -5 -4 -1 0 2 1 0 0 2 35 0 0 4 0 16 2 0 0 1 33 0 0 4 0.73 0.99 46 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 -1 -4 -1 -3 -4 -4 -2 -5 -3 7 1 0 0 0 0 0 0 0 0 12 1 0 0 0 0 0 0 0 0 85 1.38 0.99 47 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -3 -5 -5 4 2 -4 1 -2 -4 -4 -2 -5 -3 5 0 0 0 0 0 0 1 0 0 24 15 1 2 1 0 0 0 0 0 54 0.99 0.99 48 A 6 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 0 -2 -5 -4 -2 90 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 5 1 0 0 1 1.32 0.99 49 V -1 -4 -4 -5 -1 -4 -4 -5 -2 1 -1 -4 -1 -3 -4 -3 -1 -5 -3 6 5 0 1 0 1 0 0 0 1 4 2 0 0 0 0 0 3 0 0 80 1.18 0.99 50 G -2 -3 -3 -3 -5 -4 -3 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 1 0 0 0 0 2 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.90 0.99 51 S -1 -3 1 -2 -4 -2 -1 -3 -2 -4 -3 0 -4 -5 6 2 0 -3 -4 -4 3 0 7 2 0 1 4 1 1 0 3 5 0 0 49 20 4 0 0 0 1.11 0.99 52 G -2 -4 -3 -3 0 -4 -4 7 0 -6 -5 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 0 0 0 3 0 0 92 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.83 0.99 53 S 3 1 -2 -3 -4 -1 -2 0 -3 -2 -3 3 -1 -1 -3 2 -1 -4 -3 -2 26 8 1 0 0 2 1 7 0 2 2 21 1 3 0 19 2 0 0 3 0.40 0.99 54 K -3 5 -3 -4 -4 -1 -2 -4 -1 0 -1 4 -1 -3 0 -2 -1 -5 -2 1 1 34 0 0 0 1 1 0 1 5 7 26 1 1 4 2 3 0 1 10 0.62 0.99 55 G -1 -2 3 4 -4 -2 -1 3 -2 -3 0 -1 -2 -4 -4 -1 0 -5 -4 -3 5 1 17 28 0 1 1 21 1 1 10 3 1 0 0 4 5 0 0 2 0.53 0.99 56 K -3 1 -1 4 -5 1 4 -3 -3 -5 -4 4 -3 -5 -1 -2 -2 -5 -4 -4 1 5 1 23 0 3 31 1 0 0 1 27 0 0 2 2 1 0 0 0 0.82 0.99 57 G 0 -2 4 4 -1 -1 0 2 -1 -5 -5 1 -4 -5 -3 1 -1 -1 -4 -4 6 1 18 22 2 2 4 16 1 0 0 10 0 0 0 13 3 1 0 0 0.52 0.97 58 G -2 -1 -2 -3 -3 -4 -3 7 -4 -6 -5 -2 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 1 3 1 0 1 0 1 90 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1.73 0.99 59 E -2 0 1 1 -5 2 4 -3 -3 -5 -5 4 -4 -5 -3 0 0 -5 -4 -3 2 2 7 7 0 8 32 1 0 0 0 28 0 0 0 5 4 0 0 2 0.69 1.00 60 I -3 2 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 4 3 -1 0 -1 -3 -3 -1 -4 -3 3 1 13 0 0 0 1 0 0 3 28 24 3 1 1 1 1 3 0 0 20 0.58 1.00 61 Q -2 1 -2 -4 -3 4 -1 -5 0 4 0 -2 -1 -2 -4 -3 0 -4 -3 3 1 9 2 0 0 23 3 0 3 24 6 1 1 1 0 1 4 0 0 21 0.51 1.00 62 P 1 -4 -3 -3 -4 -2 0 -4 -3 -5 -4 -2 -4 -5 8 -1 -2 -6 -5 -3 15 0 0 0 0 1 5 0 0 0 0 2 0 0 69 4 1 0 0 1 1.73 1.01 63 V -2 -4 -5 -3 -1 -4 -5 -5 -5 1 3 -4 5 -2 1 -4 -1 -4 -3 4 1 0 0 1 1 0 0 0 0 5 34 0 17 1 6 0 4 0 0 30 0.76 1.02 64 S 0 -2 -1 4 -1 1 1 -1 -2 -4 -4 -2 -4 -5 -3 4 1 -5 -4 -4 8 1 1 27 2 5 9 4 1 1 1 0 0 0 0 34 7 0 0 0 0.64 1.03 65 V -2 -5 -5 -6 -2 -4 -5 -4 -5 1 0 -5 2 -3 -5 -3 -2 -5 -3 7 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 5 0 4 0 0 1 0 0 0 87 1.35 1.03 66 K -1 0 -1 -3 -5 0 0 -3 -3 -5 -5 7 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 4 2 2 0 0 3 3 0 0 0 0 80 0 0 0 3 1 0 0 0 1.32 1.03 67 V 2 -4 -4 -4 -3 -3 1 -4 -4 0 -2 -2 -2 -4 0 -2 -1 -5 -4 5 21 0 0 0 0 0 10 0 0 1 0 3 0 0 5 2 2 0 0 56 0.76 1.03 68 G -2 -4 -2 -3 -5 -2 -3 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 0 0 1 0 1 1 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.91 1.01 69 D -4 -4 0 8 -6 -2 0 -2 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 2 92 0 1 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.92 1.01 70 K -3 5 -2 -3 -5 1 -1 -4 -1 -3 -3 5 -3 -4 -4 -2 1 -5 -4 -3 0 32 1 0 0 4 2 0 1 1 2 46 0 0 0 1 9 0 0 2 0.98 1.03 71 V -2 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -6 3 -1 -5 -1 -2 -5 -4 -2 -5 -3 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 1 0 0 0 0 0 88 1.46 1.03 72 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 1 6 -5 1 -1 -4 -5 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 90 0 1 1 1 0 0 0 0 2 1.37 1.03 73 L -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -4 1 4 -5 -1 6 -5 -5 -4 -2 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 42 0 0 43 0 0 0 0 6 1 1.17 1.01 74 P -1 -4 -2 -3 -5 -3 -4 4 -4 -5 -4 -3 -5 -6 6 1 -3 -5 -5 -5 2 0 2 0 0 0 0 38 0 0 1 1 0 0 47 10 0 0 0 0 1.40 0.99 75 E -3 -1 -2 -1 -6 2 4 -2 -3 -5 -5 5 -4 -5 -2 -1 -3 -5 -4 -5 0 0 0 1 0 7 36 3 0 0 0 50 0 0 1 2 0 0 0 0 1.09 0.99 76 Y -4 -4 -4 -6 -3 -4 -5 -5 -1 -4 -3 -4 -3 3 -5 -4 -4 8 8 -4 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 24 67 0 2.11 0.99 77 G 2 -3 -2 -3 -4 -3 -2 5 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 3 -2 -5 -5 -4 16 0 0 0 0 0 1 53 0 0 0 0 0 0 0 29 0 0 0 0 1.10 0.99 78 G -2 -3 -3 -2 -5 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