Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -3 -1 -2 -2 -5 4 4 -4 -2 -5 -5 5 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 20 32 0 0 0 0 48 0 0 0 0 0 0 0 0 1.15 0.91 2 T -3 -3 -1 -3 -4 3 0 -3 -1 -4 -4 1 -3 -5 -1 1 6 -5 -4 -2 0 0 1 0 0 17 6 1 1 0 0 9 0 0 3 10 51 0 0 1 0.90 1.17 3 I -3 -5 -5 -6 -4 -5 -6 -5 -6 4 5 -5 0 -2 -6 -5 -3 -5 -4 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 28 63 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1.23 1.35 4 T -3 -1 -3 -4 -4 -1 -3 -5 -3 -1 -1 2 -3 -4 -4 -2 5 -5 -4 4 0 3 1 0 0 3 1 0 1 1 6 13 0 0 0 1 42 0 0 29 0.83 1.36 5 V -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 5 2 -5 2 -2 -5 -5 -3 -5 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 40 21 0 4 1 0 0 0 0 1 33 1.16 1.36 6 W -5 -4 -6 -6 -5 -4 -5 -5 -5 -5 -3 -4 -4 -2 -6 -5 -2 12 1 -5 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 2 1 0 0 0 0 2 89 2 0 3.57 1.32 7 S 0 -4 -3 -3 0 -3 0 -3 4 3 -2 -3 -1 -3 -3 0 2 -4 -2 4 7 0 1 1 2 1 7 1 12 15 3 0 1 0 1 8 12 0 1 27 0.48 1.27 8 W 1 -3 3 2 -3 -1 -2 -1 2 -3 -3 -2 -3 -3 1 2 -1 6 0 -3 10 1 17 11 0 3 1 4 6 1 2 1 0 1 6 19 2 11 3 1 0.49 1.11 9 Q -1 -2 0 1 -2 -1 3 -2 -2 -1 0 -1 2 0 -2 -1 1 2 1 1 5 2 4 8 1 2 19 3 1 2 9 4 5 4 1 3 9 3 5 10 0.17 1.05 10 T -2 -1 1 5 -5 -1 0 3 -3 -4 -4 -3 -3 -5 -2 -1 1 -5 -3 -5 1 4 7 39 0 2 5 24 0 1 1 0 1 0 2 4 8 0 1 0 0.79 1.31 11 G 1 -2 -2 3 -4 0 1 2 -3 -1 -4 0 -3 -4 2 -1 1 -4 -2 -3 12 1 1 19 0 3 9 15 0 4 1 6 0 1 9 4 10 0 1 1 0.34 1.18 12 P 1 -2 0 0 -4 0 1 1 -2 -3 -3 4 -3 -4 2 0 0 -4 -3 -2 12 1 5 4 0 4 11 9 1 1 2 25 1 0 9 5 5 0 1 4 0.34 1.24 13 E -3 2 -2 0 -5 2 4 1 0 -4 -4 2 -4 -4 -3 -2 -2 -4 3 -4 1 13 1 6 0 11 25 10 2 1 1 14 0 0 1 2 2 0 9 1 0.53 1.28 14 L 1 -1 -3 -2 -4 -2 0 -2 -2 1 1 1 0 0 -4 0 -2 -3 3 2 10 4 0 2 0 1 8 3 1 6 12 10 2 4 1 7 2 0 13 15 0.21 1.22 15 Q 1 -2 1 4 -5 1 2 -2 -3 -3 -5 0 -4 -4 2 0 -1 -5 -4 -2 14 1 7 22 0 7 15 2 0 1 0 7 0 0 11 6 3 0 0 2 0.47 1.31 16 D 2 -4 -4 -3 -4 -2 -2 2 -3 -1 -3 -3 -3 2 -3 0 -1 4 4 1 17 0 0 1 0 2 2 19 0 3 1 1 0 9 1 7 3 6 18 9 0.48 1.36 17 V -2 -3 -5 -6 -4 -5 -5 -3 -4 3 4 -5 3 2 -5 -5 -2 -4 3 1 3 1 0 0 0 0 0 2 0 20 36 0 6 7 0 0 2 0 12 10 0.75 1.37 18 K 1 1 1 0 -5 3 3 -4 -3 -4 -4 4 -4 -6 -4 -2 0 -6 -5 -3 14 7 7 3 0 13 17 0 0 1 1 29 0 0 0 1 5 0 0 2 0.62 1.37 19 Q 1 -2 -2 2 -5 2 3 -3 -1 -4 -5 2 -3 -4 1 0 0 -2 0 -4 13 1 1 13 0 11 24 1 1 1 0 12 1 0 6 7 5 1 3 0 0.49 1.37 20 I 3 -5 -4 -5 -4 -1 -4 -5 -5 4 1 -4 0 -1 -4 -3 -2 -2 -1 3 26 0 1 0 0 3 0 0 0 25 13 0 2 2 0 1 2 1 2 22 0.65 1.37 21 A 4 -4 -4 -5 -2 -4 -3 2 -5 1 -2 0 -2 -2 -4 -2 -1 -5 -4 2 42 0 0 0 1 0 1 17 0 9 3 6 1 1 0 0 4 0 0 16 0.64 1.37 22 A 2 -1 0 1 -5 2 3 -1 -1 -5 -5 4 -4 -6 -2 -1 -1 -6 -5 -4 20 2 3 8 0 8 17 3 1 0 0 29 0 0 2 2 3 0 0 0 0.60 1.37 23 Q 2 0 -1 2 -5 3 2 -2 -3 -4 -2 3 -2 -5 -4 0 0 -4 -5 -4 18 4 2 11 0 13 15 2 0 1 4 19 1 0 0 5 4 0 0 1 0.46 1.37 24 W -4 -5 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -3 -2 -2 -6 -3 8 -6 -5 -5 5 4 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 77 0 0 0 6 13 0 2.09 1.37 25 A -1 -2 1 -2 -5 0 5 0 0 -4 -5 0 1 -5 -4 -1 3 -6 -5 -4 6 1 8 0 0 2 48 6 2 0 0 4 3 0 0 3 17 0 0 0 0.81 1.37 26 K 2 -1 -2 0 -5 2 3 -4 -3 -4 -5 5 -4 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -4 19 1 1 3 0 9 23 0 0 1 0 39 0 0 0 3 1 0 0 0 0.87 1.37 27 A 1 -2 -2 3 -5 2 4 -3 -3 -5 -3 3 -2 -6 -4 -1 0 -6 -5 -5 10 1 0 19 0 8 30 1 0 0 3 20 1 0 0 3 5 0 0 0 0.71 1.37 28 H -3 -2 3 -3 -1 -2 -3 -4 4 -4 -3 -3 -4 0 -4 1 4 -3 5 -4 1 1 18 0 1 1 0 0 12 0 2 1 0 3 0 10 28 0 22 0 0.84 1.37 29 G -2 -4 1 1 -5 -3 -3 6 -4 -6 -6 0 -5 -6 4 -2 -4 -6 -6 -6 1 0 6 7 0 0 1 57 0 0 0 6 0 0 21 1 0 0 0 0 1.27 1.36 30 D -3 -4 3 1 -3 -2 -3 -2 1 4 -2 -2 -3 -2 -5 -3 -1 -5 2 4 1 0 13 7 0 2 1 3 3 24 0 2 0 1 0 1 2 0 7 32 0.62 1.36 31 K -2 -1 -2 0 -5 0 1 -5 -3 2 -3 5 -3 -5 1 -1 1 -5 -2 1 3 2 1 5 0 3 8 0 0 11 1 34 0 0 8 3 10 0 2 9 0.49 1.36 32 V -3 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -5 -5 2 -2 0 -2 -4 -5 -3 0 -2 -4 6 1 1 1 3 1 2 2 0 0 11 0 7 0 0 0 1 6 1 0 63 0.98 1.35 33 I -2 -2 1 0 -5 -1 3 -5 -4 3 -3 3 -3 -3 -4 -2 2 -5 -4 2 3 1 7 4 0 2 19 0 0 16 1 20 0 1 0 2 11 0 0 13 0.44 1.35 34 V -3 -2 -2 -3 -4 -2 -1 -5 -5 2 1 -1 0 -1 -5 -3 -1 -5 -3 5 1 2 3 1 0 2 4 0 0 12 11 4 1 3 0 1 3 0 1 52 0.75 1.34 35 V -1 -3 -3 -3 -4 3 2 -4 -1 1 -1 -1 -1 1 -3 -1 0 -2 1 4 5 1 1 0 0 13 12 1 1 6 5 3 1 6 1 3 5 1 5 31 0.38 1.24 36 D -1 -2 0 -1 -4 2 4 -3 3 -1 -2 1 -2 -1 -1 -2 1 -4 -1 0 5 1 3 2 0 9 28 1 9 3 4 7 1 3 4 1 10 0 2 7 0.37 1.27 37 Q -2 0 2 -3 -4 2 -2 -3 0 -1 -1 2 2 -1 3 -2 -1 -4 0 2 2 4 9 1 0 11 2 2 2 2 5 13 5 3 14 1 4 0 4 17 0.30 1.25 38 S 0 -2 1 1 -3 -1 1 0 -3 -1 -3 1 -3 -4 2 2 -1 -4 -2 1 7 2 8 8 0 2 7 8 0 3 2 8 1 1 9 17 4 0 1 13 0.22 1.18 39 S 0 -3 0 1 -4 -1 2 0 -3 -2 -2 -2 4 3 2 0 -2 -3 1 -2 6 1 4 10 0 2 12 6 0 2 4 1 11 11 12 9 1 0 6 3 0.29 1.22 40 N 2 -3 2 2 -4 -1 -1 1 -1 -1 0 -3 -1 2 1 0 0 -4 -3 -2 16 1 10 10 0 2 4 9 1 4 9 1 2 9 6 8 5 0 0 2 0.18 1.22 41 P -1 -3 -1 5 -4 -1 2 1 -2 -2 -1 -2 0 -3 3 -1 1 -5 -2 -2 4 1 1 29 0 2 11 9 1 2 6 2 2 1 12 3 9 0 1 2 0.46 1.26 42 K -2 -2 -1 4 -5 4 0 -1 -3 1 -3 2 -1 -5 -4 0 -2 -5 -2 -3 3 1 2 27 0 19 6 5 0 9 2 13 1 0 0 8 1 0 1 1 0.55 1.30 43 G 3 0 -3 -1 -3 2 -2 -1 -3 0 2 0 1 -2 -2 -1 0 -4 -3 -1 22 6 1 3 0 10 1 6 0 4 18 6 4 2 2 4 7 0 0 3 0.21 1.19 44 F -1 2 1 -1 -4 3 1 -3 -3 0 1 -1 0 1 0 -2 0 -4 -2 0 6 10 7 3 0 13 9 1 0 5 13 3 2 7 5 1 6 0 1 7 0.18 1.18 45 Q 0 -2 1 3 -5 2 4 -1 -3 -3 -5 0 -4 -5 -3 1 1 -5 -4 -4 9 1 8 18 0 8 28 3 0 1 0 5 0 0 1 8 7 0 0 0 0.57 1.30 46 F 1 1 2 1 -5 1 -2 -3 -2 -5 -4 5 -3 0 -4 0 -2 -5 -4 -3 12 5 11 7 0 5 1 1 0 0 1 43 1 6 0 5 1 0 0 2 0.68 1.32 47 Y -4 -5 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -4 2 4 -4 1 5 -5 -4 -1 -1 2 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 10 37 1 4 29 0 0 5 0 5 7 0.90 1.32 48 A 1 1 -2 0 -4 2 -1 -4 -2 2 0 1 -1 -4 1 1 1 -5 -4 -2 14 7 1 5 0 9 4 1 1 13 8 9 1 0 7 11 7 0 0 2 0.21 1.29 49 T 0 -2 0 -2 -4 4 -2 -4 -4 -1 3 0 0 -4 -4 -2 3 -5 -4 0 6 1 4 2 0 23 1 0 0 2 28 7 2 0 0 2 17 0 0 5 0.49 1.31 50 A 3 -4 -2 5 -4 0 -1 -1 -3 -3 -4 -2 -4 -4 -4 -1 -2 -6 -5 1 30 0 0 40 0 4 2 5 1 1 0 1 0 0 0 4 2 0 0 10 0.80 1.32 51 A 4 -4 1 -4 -3 -3 -4 4 -2 0 -3 -1 -3 -4 -1 -1 -2 -5 -3 1 32 0 6 0 0 0 0 29 1 5 2 5 0 1 3 4 2 0 1 9 0.56 1.27 52 R 1 -2 -2 0 -5 1 -3 -2 -3 -5 -3 -2 -1 -6 7 1 -3 -6 -4 -4 12 1 1 4 0 7 1 3 0 0 2 2 2 0 51 11 1 0 0 0 1.17 1.34 53 T 4 -1 -2 -4 -4 0 -3 -2 -2 -3 -4 -2 -4 -5 0 2 4 -5 -4 -2 38 3 1 0 0 4 0 1 1 1 0 2 0 0 5 14 27 0 0 2 0.72 1.33 54 G -1 -4 -2 -2 -4 -2 -3 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 0 -2 -4 -3 -3 5 0 1 2 0 1 1 79 0 0 1 1 0 0 0 5 2 0 1 2 1.51 1.26 55 K -2 0 1 1 -5 2 1 -1 -3 0 -2 4 -2 -4 -4 -1 0 -5 -3 0 2 4 8 8 0 10 10 4 0 6 4 26 1 0 0 4 5 0 1 6 0.36 1.26 56 G 3 -3 -3 -4 -5 -4 -3 6 -5 -5 -5 -2 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -4 -2 22 1 0 0 0 0 1 69 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 3 1.42 1.34 57 P 3 -5 -5 -4 -5 -4 -4 -3 -5 -5 -5 -3 -5 -3 8 -2 -3 -6 -5 -4 25 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 2 70 1 0 0 0 0 1.99 1.34 58 D -4 -4 -1 8 -6 -1 -1 -4 -2 -6 -6 -3 -6 -4 -4 -3 -4 -7 -6 -6 1 0 0 96 0 2 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2.22 1.34 59 V -2 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -6 -6 5 2 -5 0 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 1 0 0 1 0 0 0 0 0 32 19 0 1 0 0 0 0 0 0 44 1.13 1.31 60 V -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 4 1 -2 4 1 -2 -1 0 -2 -2 2 5 2 2 2 1 1 3 2 1 21 12 2 11 5 2 4 6 0 1 17 0.35 0.89 61 F -3 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -5 -2 1 0 -4 3 7 -5 -4 -3 2 0 3 1 0 0 0 0 0 1 1 1 7 5 0 8 49 0 1 0 2 1 20 1.13 1.23 62 G 2 -3 -2 -3 -1 -2 0 3 -3 2 -2 -2 2 -3 -2 1 1 -3 -1 -2 15 1 1 1 1 1 8 22 0 11 4 2 7 1 2 9 11 0 2 2 0.29 1.08 63 M 1 -3 -3 -3 -3 1 -2 -2 -2 1 1 -2 2 1 -3 -1 -2 8 -1 1 11 1 1 1 1 6 2 3 1 10 11 2 6 6 1 4 2 19 2 10 0.51 0.98 64 P 4 -4 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 7 -1 -2 -6 -5 -4 40 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 51 3 1 0 0 0 1.55 1.32 65 H -4 -3 3 -3 -1 0 -3 -3 10 -6 -5 -3 -4 -1 -5 -2 -4 -4 2 -5 1 0 13 0 1 3 0 2 69 0 0 0 0 2 0 2 0 0 7 0 1.98 1.34 66 D -4 -4 -1 8 -6 -3 -1 -3 -4 -6 -6 -3 -6 -6 -4 -3 -4 -7 -6 -6 0 0 1 96 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.26 1.33 67 N -3 5 1 -4 -5 4 -3 -2 2 -5 -2 -1 -1 -4 -5 -2 -2 8 -3 -4 2 31 7 0 0 21 0 2 5 0 3 2 1 0 0 2 2 22 0 0 1.13 1.33 68 N -2 -5 -4 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 4 -5 3 3 -5 -4 -1 -4 -1 2 4 0 1 0 0 0 0 0 0 25 35 0 7 10 0 0 3 0 1 14 0.82 1.34 69 G -2 -3 -3 -4 -5 -4 -4 7 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -4 -2 -4 -5 -6 -6 2 1 0 0 0 0 1 93 0 0 1 0 0 0 1 2 0 0 0 0 2.00 1.34 70 V 0 0 2 0 -5 2 2 2 -3 -3 -3 0 -4 -5 0 1 1 -6 -5 -3 8 5 9 5 0 11 17 14 0 1 3 6 0 0 5 9 8 0 0 1 0.32 1.34 71 F 1 -5 -4 -6 -4 -3 -5 -4 -4 -1 3 -5 4 4 -5 -2 -4 5 3 -1 11 0 1 0 0 1 0 1 0 2 35 0 12 16 0 3 0 8 10 2 0.78 1.34 72 A 3 -4 -4 -5 -4 -2 -4 0 0 1 -2 -3 -1 -4 -4 -2 -2 -3 0 4 31 0 0 0 0 2 0 8 2 8 1 2 1 0 0 1 2 0 3 38 0.68 1.34 73 E 0 -1 0 1 -5 4 3 -4 -2 -1 -1 0 -3 -5 -4 0 1 -5 -4 0 8 2 5 7 0 20 20 0 0 3 6 5 0 0 0 6 9 0 0 8 0.40 1.34 74 E 4 -1 3 0 -4 3 1 -1 -3 -5 -4 -1 -1 -5 -4 2 -2 -5 -5 -4 32 2 17 4 0 15 7 4 0 0 1 3 2 0 0 13 1 0 0 0 0.62 1.34 75 G -2 -4 0 -2 -5 -3 -4 7 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -6 -6 0 1 5 2 0 1 0 87 1 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 1.84 1.34 76 L 0 -4 -3 -5 -4 -1 -5 -5 3 1 4 -4 -1 -2 -5 -4 -1 -2 1 2 8 0 1 0 0 4 0 0 8 6 47 0 0 1 0 0 4 0 5 16 0.69 1.34 77 M -1 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 5 4 -5 1 -2 -5 -5 -3 -5 -4 3 4 0 0 0 1 0 0 0 0 32 41 0 3 1 0 0 1 0 0 17 1.01 1.36 78 A 3 -1 0 0 -4 2 2 -4 -3 -4 0 0 -2 -4 -4 0 -1 -3 0 -2 31 3 5 5 0 11 13 0 0 0 10 6 1 0 0 7 3 0 3 3 0.37 1.36 79 P -3 -4 -1 0 -6 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221 Y -2 -5 -3 -4 -4 -3 -4 -6 0 4 0 -5 4 3 -5 -4 2 0 2 2 2 0 1 1 0 1 1 0 2 28 6 0 12 11 0 0 13 1 7 16 0.67 1.34 222 V -4 -5 -6 -6 -4 -3 -2 -6 -5 6 1 -5 1 0 -3 -5 -3 -2 -3 3 0 0 0 0 0 1 3 0 0 58 12 0 3 3 1 0 0 1 0 17 1.15 1.34 223 S -1 -4 6 2 -5 -2 -2 -1 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -4 3 3 -6 -4 -3 3 0 37 13 0 0 0 5 0 2 0 0 0 0 0 22 16 0 0 1 0.90 1.34 224 G -2 -5 -3 -3 -5 -5 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -5 0 0 0 1 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2.20 1.34 225 P -3 -5 -4 -2 -6 -3 -4 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -6 8 -3 -4 -6 -6 -5 0 0 1 2 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 93 1 0 0 0 0 2.66 1.34 226 W -5 -5 -5 -7 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -4 -6 -4 -2 -6 -4 -5 12 0 -6 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 98 0 0 4.08 1.34 227 D 3 -3 3 2 -4 -1 -2 -2 -4 -3 -3 -1 0 0 -4 2 -1 -1 -1 -2 31 0 13 13 0 2 2 1 0 1 2 3 3 4 0 18 2 1 2 2 0.49 1.34 228 T 1 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -4 -5 4 2 -3 0 1 -5 -4 -1 7 1 3 11 0 0 0 0 0 0 1 0 22 17 1 2 5 0 0 3 15 5 18 0.77 1.34 229 A 3 -2 0 0 -4 2 1 2 -4 -5 -5 1 -4 -6 1 2 -1 -6 -5 -3 22 1 5 5 0 9 8 19 0 0 0 7 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M -2 -2 -5 -6 -4 -2 -5 -5 -4 -1 0 -4 10 -2 -5 -4 -1 -4 -4 -2 2 2 0 0 0 1 0 0 0 1 5 0 85 1 0 0 3 0 0 0 2.13 1.38 328 P -3 -5 -5 -4 -6 -4 -4 -5 -5 -5 -6 -4 -5 -6 9 -4 -4 -7 -6 -5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 0 0 0 0 0 2.97 1.38 329 N 0 -3 6 -2 -5 -1 -3 -2 -3 -2 -5 2 -3 -5 -4 2 0 -6 -4 -1 7 0 47 1 0 2 0 2 0 2 0 11 0 0 0 18 4 0 0 4 0.93 1.38 330 I -2 -5 -2 -4 -4 -5 -5 -6 -2 6 1 -5 0 -3 -5 -1 -1 -5 -4 2 2 0 3 1 0 0 0 0 1 59 10 0 2 0 0 6 4 0 0 13 1.07 1.38 331 P -2 -5 -3 -4 -5 -3 -4 -5 -5 -5 -4 -2 -5 -6 8 0 -2 -6 -6 -4 2 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 2 0 0 84 7 2 0 0 1 2.34 1.38 332 Q 1 -1 -3 -1 -6 5 6 -4 -2 -6 -5 0 -4 -4 -4 -2 -3 -5 -4 -5 10 2 0 1 0 25 54 0 1 0 0 5 0 1 0 0 0 0 0 0 1.22 1.38 333 M -2 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -5 -4 1 0 -4 10 -2 -5 -4 -2 -4 -4 -1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 5 2 0 87 1 0 0 1 0 0 2 2.21 1.38 334 Q 2 0 1 -2 -4 1 -2 4 -4 -5 -5 -2 -1 -5 -4 3 0 -5 -5 -3 20 4 8 2 0 8 1 27 0 0 0 2 1 0 0 21 5 0 0 1 0.59 1.38 335 A 3 1 0 -3 -3 1 2 -3 -3 -3 -4 0 0 -3 -1 1 1 -2 -1 -2 31 6 5 1 0 6 12 1 0 1 1 5 2 1 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