/*  $Id: sm_blosum80.c,v 1.3 2006/09/25 19:30:59 madden Exp $
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* Author:  Aaron Ucko, Mike Gertz
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* File Description:
*   Protein alignment score matrices; shared between the two toolkits.
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*/

#include <util/tables/raw_scoremat.h>

/** Entries for the BLOSUM80 matrix at a scale of ln(2)/2.0. */

static const TNCBIScore s_Blosum80PSM[25 * 25] = {
    /*       A,  R,  N,  D,  C,  Q,  E,  G,  H,  I,  L,  K,  M,
             F,  P,  S,  T,  W,  Y,  V,  B,  J,  Z,  X,  *        */ 
    /*A*/    5, -2, -2, -2, -1, -1, -1,  0, -2, -2, -2, -1, -1,
            -3, -1,  1,  0, -3, -2,  0, -2, -2, -1, -1, -6,
    /*R*/   -2,  6, -1, -2, -4,  1, -1, -3,  0, -3, -3,  2, -2,
            -4, -2, -1, -1, -4, -3, -3, -1, -3,  0, -1, -6,
    /*N*/   -2, -1,  6,  1, -3,  0, -1, -1,  0, -4, -4,  0, -3,
            -4, -3,  0,  0, -4, -3, -4,  5, -4,  0, -1, -6,
    /*D*/   -2, -2,  1,  6, -4, -1,  1, -2, -2, -4, -5, -1, -4,
            -4, -2, -1, -1, -6, -4, -4,  5, -5,  1, -1, -6,
    /*C*/   -1, -4, -3, -4,  9, -4, -5, -4, -4, -2, -2, -4, -2,
            -3, -4, -2, -1, -3, -3, -1, -4, -2, -4, -1, -6,
    /*Q*/   -1,  1,  0, -1, -4,  6,  2, -2,  1, -3, -3,  1,  0,
            -4, -2,  0, -1, -3, -2, -3,  0, -3,  4, -1, -6,
    /*E*/   -1, -1, -1,  1, -5,  2,  6, -3,  0, -4, -4,  1, -2,
            -4, -2,  0, -1, -4, -3, -3,  1, -4,  5, -1, -6,
    /*G*/    0, -3, -1, -2, -4, -2, -3,  6, -3, -5, -4, -2, -4,
            -4, -3, -1, -2, -4, -4, -4, -1, -5, -3, -1, -6,
    /*H*/   -2,  0,  0, -2, -4,  1,  0, -3,  8, -4, -3, -1, -2,
            -2, -3, -1, -2, -3,  2, -4, -1, -4,  0, -1, -6,
    /*I*/   -2, -3, -4, -4, -2, -3, -4, -5, -4,  5,  1, -3,  1,
            -1, -4, -3, -1, -3, -2,  3, -4,  3, -4, -1, -6,
    /*L*/   -2, -3, -4, -5, -2, -3, -4, -4, -3,  1,  4, -3,  2,
             0, -3, -3, -2, -2, -2,  1, -4,  3, -3, -1, -6,
    /*K*/   -1,  2,  0, -1, -4,  1,  1, -2, -1, -3, -3,  5, -2,
            -4, -1, -1, -1, -4, -3, -3, -1, -3,  1, -1, -6,
    /*M*/   -1, -2, -3, -4, -2,  0, -2, -4, -2,  1,  2, -2,  6,
             0, -3, -2, -1, -2, -2,  1, -3,  2, -1, -1, -6,
    /*F*/   -3, -4, -4, -4, -3, -4, -4, -4, -2, -1,  0, -4,  0,
             6, -4, -3, -2,  0,  3, -1, -4,  0, -4, -1, -6,
    /*P*/   -1, -2, -3, -2, -4, -2, -2, -3, -3, -4, -3, -1, -3,
            -4,  8, -1, -2, -5, -4, -3, -2, -4, -2, -1, -6,
    /*S*/    1, -1,  0, -1, -2,  0,  0, -1, -1, -3, -3, -1, -2,
            -3, -1,  5,  1, -4, -2, -2,  0, -3,  0, -1, -6,
    /*T*/    0, -1,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -2, -1, -1,
            -2, -2,  1,  5, -4, -2,  0, -1, -1, -1, -1, -6,
    /*W*/   -3, -4, -4, -6, -3, -3, -4, -4, -3, -3, -2, -4, -2,
             0, -5, -4, -4, 11,  2, -3, -5, -3, -3, -1, -6,
    /*Y*/   -2, -3, -3, -4, -3, -2, -3, -4,  2, -2, -2, -3, -2,
             3, -4, -2, -2,  2,  7, -2, -3, -2, -3, -1, -6,
    /*V*/    0, -3, -4, -4, -1, -3, -3, -4, -4,  3,  1, -3,  1,
            -1, -3, -2,  0, -3, -2,  4, -4,  2, -3, -1, -6,
    /*B*/   -2, -1,  5,  5, -4,  0,  1, -1, -1, -4, -4, -1, -3,
            -4, -2,  0, -1, -5, -3, -4,  5, -4,  0, -1, -6,
    /*J*/   -2, -3, -4, -5, -2, -3, -4, -5, -4,  3,  3, -3,  2,
             0, -4, -3, -1, -3, -2,  2, -4,  3, -3, -1, -6,
    /*Z*/   -1,  0,  0,  1, -4,  4,  5, -3,  0, -4, -3,  1, -1,
            -4, -2,  0, -1, -3, -3, -3,  0, -3,  5, -1, -6,
    /*X*/   -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
            -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -6,
    /***/   -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6,
            -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6,  1
};
const SNCBIPackedScoreMatrix NCBISM_Blosum80 = {
    "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBJZX*",
    s_Blosum80PSM,
    -6
};